Published July 1, 2018 | Version v1
Publication Open

Genetics and genomic medicine in Argentina

  • 1. Fundación Ciencias Exactas y Naturales
  • 2. University of Buenos Aires
  • 3. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas
  • 4. Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación
  • 5. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud
  • 6. Ministerio de Salud
  • 7. Hospital General de Niños Ricardo Gutierrez

Description

A historical summary of genetics and genomic medicine in Argentina. We go through the achievements and difficulties in the implementation of genetic and genomic services both in academia and health care. Located in the southernmost region of Latin America, Argentina is the largest Spanish-speaking country in the world with an estimated area of 2,791,810 sq. km of continental land (plus 969,464 sq. km of islands and Antarctic land). It is bordered on the west by Chile, on the north by Bolivia and Paraguay, and on the east by Brazil, Uruguay, and the Atlantic Ocean. From a historical and geographical viewpoint, Argentina can be divided into five regions: central (the most populous), west (Cuyo), northwest, northeast, and south (Patagonia) (Figure 1). The continental area is divided into 23 provinces plus the capital city, Buenos Aires, harboring an estimated total population of 44 million people (INDEC, 2010; United Nations Data, 2017), living 91% in urban areas. Around 65% of the population is concentrated in the central region provinces, particularly in the province of Buenos Aires, with 38.95% of the country population. Argentina's population was heavily influenced my numerous migration waves, mostly from Europe, that admixed with the original Amerindian communities. Several studies (Avena et al., 2012; Homburger et al., 2015; Seldin et al., 2007) concluded that the ethnical composition of Argentina is mostly composed by European descent (52%–78%), followed by Amerindian (19%–31%), African (2%–9%), and Asiatic (1%). Although the European genetic imprint is high, it is estimated that most inhabitants do have some Amerindian admixture. (Avena et al., 2012). Additionally, in Argentina inhabit, there were several ethnic minorities such as German, Arab, Polish, Jewish, Armenian, Peruvian, Chilean, Uruguayan, Japanese, Chinese, and Korean. The healthcare system in Argentina is divided into three settings: public, social security, and private insurance. The public system is funded through taxes and is available free of charge to the entire population. It handles approximately 46% of the population, mainly those of lower income, who lack other health coverage. The social security setting is comprised of labor union-based coverage, funded by mandatory contributions from employers and registered workers, covering about 44% of the population (workers, employees, and retirees). The private insurance setting (for-profit) is funded by specific payments from the insured and serves 10% of the population, mainly the higher income fraction. The three systems are independently managed with little interaction between them, which results in overlapping, inefficiency, and high health expenditure (about 6.61% of the Gross Domestic Product). (DEIS, 2010). The National Ministry of Health has a leading role in public health policy, being responsible for introducing specific regulations, and running national health programs (i.e., immunizations, noncommunicable diseases, sexual and reproductive health and maternal and child health). Provincial ministries of health are autonomous in terms of planning and decision-making on human resources, purchases, infrastructure, and other actions to provide services to their people. Given its different settings and administrative jurisdictions, the Argentine healthcare system can be considered a fragmented model (PNUD, 2011). There are more than 25 thousand different health centers countrywide. The combined life expectancy at birth is 76.7 years, which is the third greatest in the region (80.4 years for women and 73.0 for men) (PAHO/WHO, 2017). The natality and adult mortality rate are 17.9 and 7.7 for every 1000 habitants, and the child death rate is 9.7 per 1,000 births (DEIS, 2015b). In 2015, 99.5% of births occurred in official health centers, highlighting a high degree of institutionalized deliveries (Langou & Sachetti, 2017). Although the child mortality rate has been going down steadily in the last decades, mainly due to improvement in prevention and treatment of infectious diseases and pre- and postnatal nutritional factors, the value is still high, with congenital defects a major cause (ca. 26%) (DEIS, 2015a). Between years 1976 and 1983, Argentina went through one of the cruelest and bloodiest military dictatorships of Latin America. About 30,000 people were kidnapped, tortured and killed, and their bodies remain missing. In Argentina they are called "Desaparecidos" as disappeared or vanished by the de facto government. (CONADEP, 1984). Argentina's history of genetics is tightly related to forensic development and applications that contributed to solve identity crimes performed in this dark period. Many women undergoing pregnancies or kidnapped along their children were taken to clandestine detention centers, where they were tortured, gave birth in subhuman conditions, separated from their offspring, and ultimately shot or pushed from airplanes to drown in the Río de la Plata river—what were called "flights of death". About 500 kidnapped children were never restored to their biological families. They were abandoned in the streets, taken to foster homes or given to foster families of militaries (or friends of them), erasing their identities and depriving them of their true biological links and history. This repeated practice evidences that, in Argentina, there was a systematic plan of appropriation and stealing of babies by the Armed Forces (Nosiglia, 1985). Year 1984 marked an inflection point in the history of Science and Human Rights, both in Argentina and the world. Democracy was again restored, and the grandmothers of missing children—joined in the "Asociación Abuelas de Plaza de Mayo" (Grandmothers of Plaza de Mayo Association)—were visited by a delegation of the American Association for the Advancement of Science (AASS) in order to develop a scientific method that would allow the identification of the robbed grandchildren, especially in the absence of both parents due to forced disappearance. The method was based in the study of the Histocompatibility Antigens and Blood Groups inheritance pattern and led to the development of the first statistical value for the "index of grandpaternity" (Di Lonardo, Darlu, Baur, Orrego, & King, 1984). In December of 1984, an 8-year-old girl named Paula Eva Logares Grinspon, previously kidnapped along her parents when she was 2 years old and then appropriated by a member of the police forces, was returned to her biological family with the help of these genetic studies. In 1987 by National Law 23,511, it was the National Bank of Genetic Data (BNDG) was created, whose aim is to collect the genetic profiles of all relatives of missing grandchildren in order to compare them with potential "kidnapped" children. This bank was the seed and inspiration to many other genetic banks that sprouted in the early nineties in order to identify missing people, victims of human trafficking, and stealing of children (ICMP 2018). Different and new forensic genetic techniques were employed and added during the following years. Initially histocompatibility and maternal lineage studies using mitochondrial DNA sequencing enabled the recovery of grandchildren in Argentina (Orrego & King, 1990) Later, polymerase chain reaction (PCR) also contributed to the development of new genetic markers, both in autosomal and sex chromosomes. (Ruitberg, Reeder, & Butler, 2001). Thirty years after the creation of the BNDG, new mathematical advancements were applied to the identification of missing people (Kling, Egeland, Piñero, & Vigeland, 2017) as well as new software specialized in massive search for Missing People Identification (MPI) and Disaster Victim Identification (DVI) (Brenner, 2006; CODIS 1990; Egeland, Mostad, Mevåg, & Stenersen, 2000; Kling, Tillmar, & Egeland, 2014). Table 1 shows a summary of methods employed along the years. Up to date, 127 identifications have been achieved, 50 of them were completed without need of genetic testing, (34 children had been already born when kidnapped and directly recognized by their families, while other 16 have never been born as their mothers were found dead and buried as "No Name" and the burial dates were incompatible to them giving birth before being killed). Figure 2 shows the number of genetic-based grandchildren recoveries performed by the BNDG over the years. Posterior analysis of the documentation of the 111 living recoveries demonstrated a behavior pattern in the appropriation felonies. About 70% of the children were registered as biological with certificates of domiciliary births signed by obstetricians linked to the Armed Forces or in clinics associated with baby trafficking. Additionally, 85% of these babies were appropriated by couples belonging to the Armed Forces or related to them. The results obtained by the BNDG also served as proof in the numerous trials for crimes against humanity perpetuated in our country (Data supplied by Unidad especializada para casos de apropiación de niños durante el terrorismo de Estado. https://www.fiscales.gob.ar/unidad-de-apropiacion/). The archives of the BNDG evidence the history and evolution of forensic genetics and are unique in a way that there is no other database for the search and identification of appropriated children in the world (Lerman, 2017). The persistent fight carried by las Abuelas de Plaza de Mayo (The Grandmothers of Plaza de Mayo) allowed science to stand by the side of the Human Rights, to not be used as a tool for discrimination, but for the right of identity and repairment of serious violations to human kind. (Stern, 2013 March). This year 2018, las Abuelas de Plaza de Mayo have been nominated for the sixth time to Nobel Peace Prize for their labor in Humans Rights (Por los más de 40 años de lucha, 2018). The first medical GENETIC services in Argentina started in the late 1960s brought by pediatricians and obstetricians trained abroad. The National Center of Medical Genetics (CENAGEM), under the National Ministry of Health, was established in 1969, followed by other genetic services located in the main pediatric hospitals. However, the development of medical genetics services in Argentina lacked a planned strategy. In 1979, CENAGEM started a medical genetics residency, which was followed by the cytogenetics residency. In the early years of 21st century, different surveys showed that health professionals in Argentina still had little knowledge of medical genetics (Barbero et al., 2003). Ten of the 24 jurisdictions had no genetic services in the public healthcare sector, with most of the services settled in the central region of the country (Liascovich, Rozental, Barbero, Alba, & Ortiz, 2006) and no coordination between services due to dependency from multiple authorities (academic, municipal, provincial, and/or national). Some practices, such as prenatal diagnosis, were only offered in the private setting. It is important to note, that since abortion has been illegal unless the life or health of the mother is at risk, or in case of rape, (an issue which is currently under intense debate in the congress), the development of prenatal diagnosis in the public setting is stagnant (Penchaszadeh, 2013). Promoted by the CENAGEM, the National Program of the Genetics Network was designed in 2008 through a decree issued by the National Ministry of Health (Resolution 1227/2008). This program aimed to build a network of genetic services from the public sector and train healthcare professionals in medical genetics. Since 2012, each province appointed a local healthcare professional to work with the central coordination of this National Program. The central coordination of the program trained locally selected health professionals, which led to strengthen local genetic services. Among new initiatives addressing birth defects in Argentina, there is a new area working on surveying, diagnosing, and treating rare diseases, organized after a national law on the topic was enacted (National Law 26.689, 2011). Nowadays, most genetics services make clinical and cytogenetic diagnoses and only a few perform molecular diagnostics for some specific monogenic diseases. Newborn screening (NBS) describes the procedures that, if performed during the first few hours or days of a newborn's life, have the potential of preventing severe health problems, including death. Traditionally based on biochemical studies, evolution of NBS has boosted in the genomic era, nowadays being able, in principle, to cover—or detect—hundreds of conditions for which early detection and treatment modify the outcome (Friedman et al., 2017). In Latin America, NBS began in the early 70s with the Cuban experience, quickly followed by Argentina and other countries. (Borrajo, 2007; Therrell & Adams, 2007; Therrell et al., 2015). Each country, depending on the health circumstances and available resources, offers a different program regarding disorders, methodology, and screening strategies. In Argentina, the neonatal screening program for congenital hypothyroidism (CH) and phenylketonuria (PKU) carried out by "Fundación de Endocrinología Infantil" (FEI)—a nonprofit institution closely related to the Division of Endocrinology Research in the Buenos Aires Children's Hospital R. Gutiérrez started in August 1985 with the systematic detection of these diseases in several maternities along the country (Chiesa et al., 2013). Initially, screening was not mandatory by law; thus, it was implemented by "request." The slogan "a single drop of blood can prevent a sea of tears" aimed to call the attention of parents and doctors about the need of testing every baby. As awareness of doctors and health authorities grew, screening practices began to increase, and FEI became the referent organization for guidelines for National NBS development. In 1986, national law (Law Nr. 23,413) obliged to test every newborn for PKU. CH and Cystic Fibrosis (CF) were added also by law in 1990 and 1994, respectively. Finally, with the approval of a new law in 2007 (Law Nr. 26,279), it was stated that every newborn in Argentina had to be tested to detect and treat PKU, CH, CF, galactosemia, congenital adrenal hyperplasia, biotinidase deficiency, preterm retinopathy, Chagas disease, and syphilis. Moreover, the law stated that other diseases (genetic, metabolic, or congenital) inapparent at birth should be screened if there was a medical justification and/or political health needs (MSAL 2011). The first public funding program (PRODYTEC) for NBS was held in 1995 by the Argentine Biochemical Foundation (FABA) in Buenos Aires province and in 2001, Buenos Aires' city government started its own program giving full coverage to babies born in the city's public maternity hospitals. In the national arena, the "National Program for Neonatal Screening Strengthening" was held in 2006 with the aim of helping those provinces without NBS programs or with them but experiencing difficulties. Although each province had its own NBS laboratory, the experience was centrally coordinated in Buenos Aires. Following international guidelines, other diseases were consecutively included in many of these programs. Nowadays, screening for all previous stated diseases are performed routinely in all programs, while Maple Syrup Urine Disease (MSUD) was included in the Buenos Aires Province, FEI, and the Buenos Aires City programs. Since 2014, with availability of the MS/MS methodology, the Buenos Aires City program began with Medium-chain acyl-CoA dehydrogenase (MCAD) deficiency screening. Although the estimated coverage of NBS in Argentina surpasses 90% of newborns, it is important to mention that: (a) not all the babies are tested for the same disorders or undergo the same procedures and (b) not all studies necessarily follow a precise molecular genetic diagnostic test (i.e., identification of mutation responsible for disease development). Table 2 shows the number of newborns screened and the mean estimated incidence of each disorder since the start of the FEI NBS screening program (1985), the Biochemical Foundation screening program (1995), the Buenos Aires City screening program (2001), and the National program for the strengthen of neonatal screening (2006), up to December 2017 (kindly provided by each program). The disease marker, methodology, and cutoff chosen for detection may have varied between programs and along the years, but the data included assure the correct interpretation and confirmation of every case. As shown, primary CH, screened by TSH levels, is the most prevalent condition in the population. Congenital adrenal hyperplasia—mainly the salt wasting forms—is detected by the neonatal rise in 17 OH-progesterone levels, evidencing the enzymatic blockade. The search for hyperphenylalaninemia is based on the determination of phenylalanine levels or on the phenylalanine/tyrosine ratio, when MS/MS methodology is available. The disease is more frequent in populations with European ancestors and less frequent in those regions with more native ethnicity, so dissimilarities in incidence may be found by different programs (Borrajo, 2007). CF is prevalent in our population and its screening is complex because immunoreactive trypsin (IRT) is a relatively weak marker. For that reason, a second step has to be added to the screening strategy. In our country, another IRT or pancreatitis-associated protein (PAP) assay is preferred over molecular testing for confirmation, due to its lower cost. Total galactose allows the identification of the galactosemic state produced by any of the three enzymatic defects in the galactose pathway. Detection of Biotinidase deficiency is worth screening for in our population where total and partial forms are found. Finally, MSUD is not frequent in our population and the recently included screening for MCAD does not have enough number of screened babies to reflect its real incidence. 1:31,087 1:31,754 C8 C10 Birth defects (BD), also called congenital anomalies, are structural or functional defects that originate during the prenatal period. BD are etiologically heterogeneous, either multifactorial (predisposing genes that are expressed in the presence of environmental triggers), predominantly genetic (chromosomal or monogenic abnormalities), or predominantly environmental (prenatal exposure to teratogenic agents) (Stevenson, Hall, & Goodman, 1993). Around 94% of newborns with birth defects are born in low- and middle-income countries, placing an additional burden on families, communities, and health systems (Christianson, Howson, & Modell, 2006). As previously stated, in Argentina, BD are a leading cause of infant deaths. Among 7,093 infant deaths that occurred in 2016, 2,175 (30%) were due to BD (DEIS, 2016). In 2009, members of CENAGEM started the implementation of the National Network of Congenital Anomalies of Argentina (RENAC). RENAC objectives are to monitor continuously and systematically the frequency of BD; respond to alarms linked to possible epidemics of congenital anomalies; evaluate risk factors that contribute to the occurrence of BD in Argentina and the impact of preventive population interventions; and promote the training of maternity health teams for the recognition of BD in newborns and their timely referral to care services (Groisman, Bidondo, Gili, Barbero, & Liascovich, 2013; Groisman, Bidondo, Barbero, et al., 2013). The RENAC is an official and hospital-based surveillance system, which includes 134 public and 26 nonpublic hospitals from the 24 provinces of the country. Annual coverage is approximately 300,000 births, which accounts for 65% from the public health sector and 38% of all births in the country (RENAC, 2017). Since 2012, the RENAC has become an active member of the International Clearinghouse for BD Surveillance and Research (ICBDSR), an international consortium of BD surveillance programs (Botto et al., 2006). To ensure proper data collection, in each participating hospital, there are two RENAC "champions." These motivated health professionals (neonatologists, pediatricians, or nurses) are in charge of collecting information about the affected cases and sending the data to the RENAC coordination through a web-based forum. The website allows sending data, photographs, solving operational issues, and providing quality control of data. Members of the RENAC coordination have expertise in medical genetics and epidemiology. Surveillance systems have a big potential for early detection of infants with BD, thus allowing referral to adequate health services (Botto & Mastroiacovo, 2000). As already mentioned, many physicians are not trained in the basics of medical genetics and Argentina has few and scattered genetic services, with some provinces having no genetic service at all (Liascovich et al., 2006). In this context, RENAC has developed guidelines for the consultation of patients and the training of health professionals in medical genetics. RENAC champions can enter the web forum at any time and post messages with patient photographs, x-rays, laboratory results, and other studies that allow discussion of the clinical case (Groisman, Bidondo, Gili, et al., 2013). RENAC coordination contributes in diagnosis, detection of associated birth defects, providing tools for basic genetic counseling, and referral to genetic services. By belonging to RENAC, local teams in maternity hospitals can receive help in the diagnosis of complex cases with rare or multiple defects, or at life risk, whose families require support and counseling. This significantly improves patients' health and their families leave the maternity wards with a presumptive diagnosis that allows a shorter diagnostic journey and a proper follow-up. Regarding BD prevalence in the country, the most frequent BD reported by RENAC in 2016 were down syndrome, talipes, critical congenital heart defects, neural tube defects, and cleft lip with cleft palate (Table 3). The CENAGEM and national NBS and RENAC BD surveillance program provide the pillars for the application of medical genetics in Argentina as well as carrying training initiatives for healthcare professionals. They are ideally suited and expected to increasingly adopt the new genomic technologies in the upcoming years. Interestingly, and as will be shown below, entry to the genomic era was initially performed by research and academia-based initiatives. With the aim of implementing and settling the basis for genomic studies in the country, in 2012, the Argentinean Genomic and Bioinformatic Platforms were created as initial 4-year projects, with the help and financing of the National Ministry of Science and Technology (MINCyT). The main aims of these platforms were to develop and transfer genomic and bioinformatic knowledge as well as facilitating those services to public and private parties. It was during this period that, in collaboration with the local hospital "Hospital de Agudos Ramos Mejia," the very first three whole genomes were entirely sequenced in the country: the hospital made the link with the patients and their family and got written consent from all individuals involved, DNA was extracted and sequenced in INDEAR (Agrobiotechnology institute of Rosario), as member of the genomic sequencing platform, and bioinformatic analysis was performed in the bioinformatic platform in Buenos Aires (www.biargentina.com.ar). These genomes comprised three siblings, all with autism spectrum disorder, whose careful analysis finally led to the discovery of a shared de novo variant in the SHANK3 gene (OMIM 606230, Genbank NM_033517) (Nemirovsky et al., 2015). Following this first success, it was important to continue expanding the reach of new generation sequencing technologies and genomic studies to a broader group of medical specialists and patients with rare genetic diseases and no molecular diagnosis, countrywide. With this idea in mind, in 2016, we launched a new project whose aim was to sequence 100 exomes of patients with rare genetic disorders throughout the country. The "100 Exomes Campaign" was jointly financed and performed by the research group of Dr. Marti and Dr. Turjanski at the Department of Biological Chemistry of the Faculty of Science of the University of Buenos Aires, and Bitgenia (www.bitgenia.com), a local Genomics company (Bitgenia, 2016). The exomes were sequenced at no cost for the patients and their families, and we performed all downstream analysis also free of charge. Variant prioritization was performed, whenever possible, jointly with the healthcare professionals in order to train them in the interpretation of genomic data. Results were provided to the physician in charge, so they could offer proper genetic counseling to the patients involved in the project. Throughout the campaign, the project involved 58 health professionals working in 32 different public or private institutions, and included patients with a variety of clinical diagnostics such as cardiopathies, skin disorders, familial cancer, neurodevelopmental disorders, cranial malformations, inborn errors of the metabolism, mitochondrial disorders, endocrine disorders, absorption disorders, and primary immunodeficiencies or autoimmune disorders, for naming some. Among the 100 analyzed cases, for 31, we found one or more known pathogenic variants with reported evidence of association with the initial diagnosis, while for another 27 cases, we found novel likely pathogenic variants in genes previously associated with disease. Some of these variants were then confirmed to cause disease by functional studies in collaboration with other groups (Ma et al., 2017). We consider these cases, which represent about 50% of those sequenced, as potential successful diagnostics, clearly highlighting the potential of whole exome sequence for medical genetics. A parallel initiative to promote and coordinate the development of genomic technologies and data sharing, led to the creation of The National Genomics Data System of Argentina (SNDG by its name in Spanish: Sistema Nacional de Datos Genómicos, http://www.datosgenomicos.mincyt.gob.ar/) in 2015, under the Ministry of Science, Technology and Innovation (Ministerial Resolution 761/14). The SNDG emerged as a natural consequence of different initiatives—including the mentioned Bioinformatics Platform—and due to the establishment of several local bioinformatics and genomics research groups. Taking this into account, the development of a national system to organize the data generated by the different projects around the country became an imperative goal. The main objective of the system is to establish an unified national database of genomic information, for all species of ecological, agricultural, biotechnological, and health interest, derived from research and surveys taken into place or funded by the country, warranting Argentinean researchers their availability and accessibility . Parallel objectives also include training local researchers in how to generate and analyze genomic data, generating a local interdisciplinary and cooperative community of laboratory scientists and bioinformaticians, promoting and facilitating the generation of genomic information, generating quality standards both for generation and analysis of genomic data, and promoting the development of bioinformatic tools locally. Since its creation, the SNDG incorporated more than 20 centers around the country, gave grants to more than 10 projects related to genomics, and generated the pipeline and web portal to upload and analyze genomic data. Nowadays genomics medicine is flooding Argentina, since most government supported initiatives from both Health and Science central agencies, private healthcare institutions and clinical diagnostic laboratories are offering genomic services, either supervised by healthcare professionals or with a direct to consumer sales model. These genomic services offer either precise molecular tests for (rare) Mendelian diseases (González-Morón et al., 2017) -using both whole exome or panel-based sequencing-; evaluation of cancer risk -mainly based on BRCA1/2 genes analysis (OMIM 113705, NM_007300; OMIM 600185, NM_000059) (Israel, 2013); or Non Invasive Prenatal Testing (NIPT) (Vázquez et al., 2017) of chromosomal anomalies. Sequencing is either performed locally (currently there are between 10–20 next generation sequencers in health centers in the country) or outsourced abroad. The same is true for the analysis of raw data and/or interpretation of results in a clinical context, with several health- or research-based institutions harboring clinical genomics interpretation services (or even research groups, such as our own). Prices also vary greatly, possibly due to inherent differences in the nature of the provided service. They can be as high as 2,000 USD for a complete service, including sequencing and clinical interpretation, and possibly no lower than 400 USD. Interestingly, there is no correlation between the amount of sequenced/analyzed data and the total cost (i.e, a whole exome is not necessarily more expensive than a gene panel). The wider access to genomic services (for both providers and consumers), together with increased presence of genomic-related content in the local media, is creating an increasing demand of genomic interpretation services in our country, which contrasts with the scarce number of trained professionals in clinical genomics and related areas. To overcome this issue, not only are specialized courses in genomics for scientists and healthcare professionals needed (such as the "School of Clinical Genomics" which is held every August at the local Department of Biological Chemistry and financed by the Centro Latinoamericano de Formación Interdisciplinaria, CELFI, http://www.celfi.gob.ar/programas/detalle?p=100) but a significant increase of Molecular Genetics training in basic physicians curricula would also be welcomed. However, the current lack of local regulation of these kind of services constitutes a big setback, a fact that not only impacts the quality of the results and ethical issues related to patients' rights but also is tightly related to people's accessibility in the context of Argentina's healthcare system. This lack of proper regulation of clinical genomic services ultimately results in an accessibility bias toward the higher income strata of society. In 2017, Argentina's Ministry of Science and Technology launched a Precision Medicine Initiative Grant whose aim was to establish the scientific know-how and protocols required to implement "omic" technologies in the clinical practice, by performing a proof of concept of the process in a small number of patients. Three grants were awarded, including ours which targeted "Clinical Genomics of Pediatric Diseases," one related to the creation of a National Biobank, and the third related to cancer genomics. Projects involve both healthcare institutions harboring NGS equipment and research groups from academia, thus displaying a high potential for synergic collaboration. Our project started in early 2018 and is expected to develop several targeted sequencing panels for pediatric disease groups and analyze a cohort of about 1000 patients in the following years. This initiative shows that precision medicine and genomics are part of the political scientific agenda; however, it is difficult to guess the real impact that these projects are going to have on the overall healthcare system. Argentina is a country with inequalities in terms of healthcare, including medical genetics. Although all inhabitants (and immigrants) by law are granted access to health services, the fragmented system of public, social security, and private funding contributes to wide disparities in the population's effective use of key technologies, especially in the genetics and genomics area. The use of genetic testing in the forensics field for the recovery of appropriated grandchildren and the fight for human rights seems to have had little influence on human health in Argentina. Until now, the vast majority of physicians trained in the country have little knowledge of genetics and the underlying molecular basis of human diseases. In this context, it is important to highlight the efforts of several public organizations such as BNDG, CENAGEM, RENAC, NBS Program, and local hospitals in training healthcare professionals in medical and molecular genetics and developing new initiatives available for the Argentinean population. Concerning genomics, the first genomes sequenced and the "100 Exome" campaign serve as a proof of concept, that it is possible to implement a local molecular diagnosis service based on next generation sequencing for research and clinical innovation. The implementation was based on the knowledge and capacity of local professionals. It is an example of how these projects can be set and then expanded in a national fashion, with guidelines and protocols adapted from the already existent internationally available services to satisfy the regional needs. Key to success of any of these techniques in the daily life of scientists and physicians is to create links between the different agents of change, to truly create interdisciplinary teams capable of tackling the problems that are sure to arise. Next steps to strengthen the quality and availability of these genetic analyses include the creation of local human genetic databases of variant frequencies that truly represent the genetic imprint of the Argentinean population, which is underrepresented in international databases, with a questionable "Latino" ethnicity component, that fails to truly represent the Amerindian ancestry of Argentina and other Latin American countries. In the public health and political field, new initiatives are required to expand the results achieved by the initial projects in the area of genomics. Some public pediatric hospitals, such as Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez and Hospital Garrahan, have recently acquired some next generation sequencers and are already using them for diagnosing different pathologies. Moreover, several health insurance companies are starting to acknowledge the utility of these genomic tests and to cover the costs of diagnosis using these technologies. However, there is much to be done to expand the access to these tests to the whole population. Most advances are made in the central region of the country, while the other regions fall behind. In this case, it is imperative that policy makers of the country take into consideration this reality and promote the access and availability of these services in an ethical and egalitarian way. We thank Dr. Gustavo Borrajo and Dr. Gustavo Dratler for their kindness in providing us the data of their newborn screening programs. We also thank Bitgenia (www.bitgenia.com) for providing resources for NGS studies. This work was partially funded with grant FS-BIO2017 from Agencia Nacional de Promoción Cientifica y Tecnologica awarded to MAM. The authors state no conflict of interest.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

ملخص تاريخي لعلم الوراثة والطب الجيني في الأرجنتين. نتناول الإنجازات والصعوبات في تنفيذ الخدمات الوراثية والجينية في كل من الأوساط الأكاديمية والرعاية الصحية. تقع الأرجنتين في أقصى جنوب أمريكا اللاتينية، وهي أكبر دولة ناطقة بالإسبانية في العالم بمساحة تقدر بـ 2,791,810 كيلومتر مربع من الأراضي القارية (بالإضافة إلى 969,464 كيلومتر مربع من الجزر وأراضي القارة القطبية الجنوبية). يحدها من الغرب تشيلي، ومن الشمال بوليفيا وباراغواي، ومن الشرق البرازيل وأوروغواي والمحيط الأطلسي. من وجهة نظر تاريخية وجغرافية، يمكن تقسيم الأرجنتين إلى خمس مناطق: الوسطى (الأكثر اكتظاظًا بالسكان)، والغرب (كويو)، والشمال الغربي، والشمال الشرقي، والجنوب (باتاغونيا) (الشكل 1). تنقسم المنطقة القارية إلى 23 مقاطعة بالإضافة إلى العاصمة بوينس آيرس، التي تؤوي ما يقدر بنحو 44 مليون نسمة (INDEC، 2010 ؛ بيانات الأمم المتحدة، 2017)، ويعيش 91 ٪ في المناطق الحضرية. يتركز حوالي 65 ٪ من السكان في مقاطعات المنطقة الوسطى، لا سيما في مقاطعة بوينس آيرس، مع 38.95 ٪ من سكان البلاد. تأثر سكان الأرجنتين بشكل كبير بموجات الهجرة العديدة، ومعظمها من أوروبا، والتي اختلطت مع مجتمعات الهنود الحمر الأصلية. العديد من الدراسات (Avena et al.، 2012 ؛ هومبورغر وآخرون.، 2015 ؛ Seldin et al.، 2007) خلص إلى أن التكوين العرقي للأرجنتين يتكون في الغالب من أصل أوروبي (52 ٪-78 ٪)، يليه الهنود الحمر (19٪ -31 ٪)، والأفارقة (2 ٪-9 ٪)، والآسيويين (1 ٪). على الرغم من أن البصمة الوراثية الأوروبية عالية، إلا أن التقديرات تشير إلى أن معظم السكان لديهم بعض المزيج من الهنود الحمر. (أفينا وآخرون، 2012). بالإضافة إلى ذلك، في الأرجنتين، كان هناك العديد من الأقليات العرقية مثل الألمانية والعربية والبولندية واليهودية والأرمنية والبيروية والتشيلي والأوروغوايانية واليابانية والصينية والكورية. ينقسم نظام الرعاية الصحية في الأرجنتين إلى ثلاثة أوضاع: القطاع العام، والضمان الاجتماعي، والتأمين الخاص. يتم تمويل النظام العام من خلال الضرائب وهو متاح مجانًا لجميع السكان. وهي تتعامل مع ما يقرب من 46 ٪ من السكان، ولا سيما ذوي الدخل المنخفض، الذين يفتقرون إلى تغطية صحية أخرى. يتكون إطار الضمان الاجتماعي من التغطية النقابية العمالية، الممولة من الاشتراكات الإلزامية من أصحاب العمل والعمال المسجلين، والتي تغطي حوالي 44 ٪ من السكان (العمال والموظفون والمتقاعدون). يتم تمويل بيئة التأمين الخاص (للربح) من خلال مدفوعات محددة من المؤمن عليه ويخدم 10 ٪ من السكان، وخاصة الجزء الأعلى دخلاً. تتم إدارة الأنظمة الثلاثة بشكل مستقل مع القليل من التفاعل بينها، مما يؤدي إلى التداخل وعدم الكفاءة وارتفاع الإنفاق الصحي (حوالي 6.61 ٪ من الناتج المحلي الإجمالي). (DEIS، 2010). تلعب وزارة الصحة الوطنية دورًا رائدًا في سياسة الصحة العامة، وهي مسؤولة عن إدخال لوائح محددة، وإدارة البرامج الصحية الوطنية (أي التطعيمات، والأمراض غير المعدية، والصحة الجنسية والإنجابية، وصحة الأم والطفل). تتمتع وزارات الصحة في المقاطعات بالاستقلال الذاتي من حيث التخطيط وصنع القرار بشأن الموارد البشرية والمشتريات والبنية التحتية وغيرها من الإجراءات لتقديم الخدمات لشعبها. نظرًا لاختلاف بيئاته واختصاصاته الإدارية، يمكن اعتبار نظام الرعاية الصحية الأرجنتيني نموذجًا مجزأً (PNUD، 2011). هناك أكثر من 25 ألف مركز صحي مختلف في جميع أنحاء البلاد. ويبلغ متوسط العمر المتوقع عند الولادة 76.7 سنة، وهو ثالث أكبر متوسط في المنطقة (80.4 سنة للنساء و 73.0 للرجال) (منظمة الصحة للبلدان الأمريكية/منظمة الصحة العالمية، 2017). يبلغ معدل وفيات المواليد والبالغين 17.9 و 7.7 لكل 1000 من السكان، ومعدل وفيات الأطفال هو 9.7 لكل 1000 ولادة (DEIS، 2015b). في عام 2015، حدثت 99.5 ٪ من الولادات في المراكز الصحية الرسمية، مما يسلط الضوء على درجة عالية من الولادات المؤسسية (Langou & Sachetti، 2017). على الرغم من أن معدل وفيات الأطفال قد انخفض بشكل مطرد في العقود الأخيرة، ويرجع ذلك أساسًا إلى التحسن في الوقاية والعلاج من الأمراض المعدية والعوامل الغذائية قبل الولادة وبعدها، إلا أن القيمة لا تزال مرتفعة، مع العيوب الخلقية كسبب رئيسي (حوالي 26 ٪) (DEIS، 2015a). بين عامي 1976 و 1983، مرت الأرجنتين بواحدة من أقسى الديكتاتوريات العسكرية وأكثرها دموية في أمريكا اللاتينية. تعرض حوالي 30 ألف شخص للاختطاف والتعذيب والقتل، ولا تزال جثثهم مفقودة. في الأرجنتين يطلق عليهم "Desaparecidos" كما اختفت أو اختفت من قبل حكومة الأمر الواقع. (CONADEP، 1984). يرتبط تاريخ علم الوراثة في الأرجنتين ارتباطًا وثيقًا بتطوير الطب الشرعي والتطبيقات التي ساهمت في حل جرائم الهوية التي ارتكبت في هذه الفترة المظلمة. تم نقل العديد من النساء الحوامل أو المختطفات على طول أطفالهن إلى مراكز احتجاز سرية، حيث تعرضن للتعذيب، وأنجبن في ظروف غير إنسانية، وفصلن عن أبنائهن، وفي النهاية أطلقن النار أو دفعن من الطائرات ليغرقن في نهر ريو دي لا بلاتا - ما يسمى "رحلات الموت". لم تتم إعادة حوالي 500 طفل مختطف إلى عائلاتهم البيولوجية. تم التخلي عنهم في الشوارع، أو نقلهم إلى دور الحضانة أو منحهم لعائلات حاضنة للجيوش (أو أصدقائهم)، ومحو هوياتهم وحرمانهم من روابطهم البيولوجية الحقيقية وتاريخهم. تثبت هذه الممارسة المتكررة أنه في الأرجنتين، كانت هناك خطة منهجية للاستيلاء على الأطفال وسرقتهم من قبل القوات المسلحة (Nosiglia، 1985). شهد عام 1984 نقطة تحول في تاريخ العلوم وحقوق الإنسان، في كل من الأرجنتين والعالم. تمت استعادة الديمقراطية مرة أخرى، وزار وفد من الجمعية الأمريكية لتقدم العلوم (AASS) جدات الأطفال المفقودين - اللواتي انضممن إلى "جمعية جدات بلازا دي مايو" - من أجل تطوير طريقة علمية من شأنها أن تسمح بتحديد هوية الأحفاد المسروقين، خاصة في غياب كلا الوالدين بسبب الاختفاء القسري. استندت الطريقة إلى دراسة نمط وراثة مستضدات التوافق النسيجي وفصائل الدم وأدت إلى تطوير القيمة الإحصائية الأولى لـ "مؤشر الجدّة" (دي لوناردو، دارلو، باور، أوريغو، وكينغ، 1984). في ديسمبر من عام 1984، أعيدت فتاة تبلغ من العمر 8 سنوات تدعى بولا إيفا لوغاريس غرينسبون، اختطفت سابقًا مع والديها عندما كانت في الثانية من عمرها ثم استولى عليها أحد أفراد قوات الشرطة، إلى عائلتها البيولوجية بمساعدة هذه الدراسات الوراثية. في عام 1987 بموجب القانون الوطني 23،511، تم إنشاء البنك الوطني للبيانات الوراثية (BNDG)، الذي يهدف إلى جمع الملفات الوراثية لجميع أقارب الأحفاد المفقودين من أجل مقارنتهم بالأطفال "المختطفين" المحتملين. كان هذا البنك هو البذرة والإلهام للعديد من البنوك الوراثية الأخرى التي نشأت في أوائل التسعينيات من أجل تحديد الأشخاص المفقودين وضحايا الاتجار بالبشر وسرقة الأطفال (اللجنة الدولية لشؤون المفقودين 2018). تم استخدام تقنيات وراثية جنائية مختلفة وجديدة وإضافتها خلال السنوات التالية. في البداية، مكنت دراسات التوافق النسيجي وسلالة الأم باستخدام تسلسل الحمض النووي للميتوكوندريا من تعافي الأحفاد في الأرجنتين (Orrego & King، 1990) في وقت لاحق، ساهم تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) أيضًا في تطوير علامات وراثية جديدة، سواء في الكروموسومات الجسدية أو الجنسية. (Ruitberg, Reeder, & Butler, 2001). بعد ثلاثين عامًا من إنشاء BNDG، تم تطبيق تطورات رياضية جديدة لتحديد هوية الأشخاص المفقودين (Kling، Egeland، Piñero، & Vigeland، 2017) بالإضافة إلى برامج جديدة متخصصة في البحث المكثف عن تحديد هوية الأشخاص المفقودين (MPI) وتحديد هوية ضحايا الكوارث (DVI) (Brenner، 2006 ؛ CODIS 1990 ؛ Egeland، Mostad، Mevåg، & Stenersen، 2000 ؛ Kling، Tillmar، & Egeland، 2014). يوضح الجدول 1 ملخصًا للأساليب المستخدمة على مر السنين. حتى الآن، تم تحقيق 127 عملية تحديد هوية، تم الانتهاء من 50 منها دون الحاجة إلى اختبار جيني، (34 طفلاً ولدوا بالفعل عند اختطافهم والتعرف عليهم مباشرة من قبل عائلاتهم، في حين أن 16 طفلاً آخر لم يولدوا أبداً حيث تم العثور على أمهاتهم ميتات ودفنهن باسم "لا اسم" وكانت تواريخ الدفن غير متوافقة مع ولادتهم قبل قتلهم). يوضح الشكل 2 عدد عمليات استعادة الأحفاد القائمة على الجينات التي أجرتها BNDG على مر السنين. أظهر التحليل اللاحق لتوثيق حالات التعافي الحية البالغ عددها 111 نمطًا سلوكيًا في جنايات الاستيلاء. تم تسجيل حوالي 70 ٪ من الأطفال على أنهم بيولوجيين بشهادات ولادة منزلية موقعة من أطباء التوليد المرتبطين بالقوات المسلحة أو في العيادات المرتبطة بالاتجار بالأطفال. بالإضافة إلى ذلك، تم الاستيلاء على 85 ٪ من هؤلاء الأطفال من قبل أزواج ينتمون إلى القوات المسلحة أو مرتبطين بها. كما كانت النتائج التي حصلت عليها BNDG بمثابة دليل في المحاكمات العديدة للجرائم ضد الإنسانية المرتكبة في بلدنا (البيانات المقدمة من Unidad especializada para casos de apropiación de niños durante el terrorismo de Estado. https://www.fiscales.gob.ar/unidad-de-apropiacion/). تثبت أرشيفات BNDG تاريخ وتطور علم الوراثة الشرعي وهي فريدة من نوعها بطريقة لا توجد فيها قاعدة بيانات أخرى للبحث عن الأطفال المستحوذ عليهم وتحديد هويتهم في العالم (ليرمان، 2017). سمحت المعركة المستمرة التي خاضتها جدات بلازا دي مايو للعلم بالوقوف إلى جانب حقوق الإنسان، وعدم استخدامها كأداة للتمييز، ولكن من أجل الحق في الهوية وإصلاح الانتهاكات الخطيرة للجنس البشري. (ستيرن، 2013 مارس). هذا العام 2018، تم ترشيح لاس أبويلاس دي بلازا دي مايو للمرة السادسة لجائزة نوبل للسلام لعملهم في مجال حقوق الإنسان (Por los más de 40 años de lucha، 2018). بدأت الخدمات الوراثية الطبية الأولى في الأرجنتين في أواخر الستينيات من القرن الماضي من قبل أطباء الأطفال وأطباء التوليد المدربين في الخارج. تأسس المركز الوطني لعلم الوراثة الطبية (CENAGEM)، التابع لوزارة الصحة الوطنية، في عام 1969، تلاه خدمات وراثية أخرى تقع في مستشفيات طب الأطفال الرئيسية. ومع ذلك، فإن تطوير خدمات علم الوراثة الطبية في الأرجنتين يفتقر إلى استراتيجية مخططة. في عام 1979، بدأت CENAGEM الإقامة في علم الوراثة الطبية، والتي أعقبتها الإقامة في علم الوراثة الخلوية. في السنوات الأولى من القرن الحادي والعشرين، أظهرت استطلاعات مختلفة أن المهنيين الصحيين في الأرجنتين لا يزال لديهم معرفة قليلة بعلم الوراثة الطبية (Barbero et al.، 2003). لم يكن لدى عشر من الولايات القضائية الـ 24 خدمات وراثية في قطاع الرعاية الصحية العام، حيث استقرت معظم الخدمات في المنطقة الوسطى من البلاد (لياسكوفيتش، روزنتال، باربيرو، ألبا، وأورتيز، 2006) ولا يوجد تنسيق بين الخدمات بسبب التبعية من سلطات متعددة (أكاديمية، بلدية، إقليمية، و/أو وطنية). تم تقديم بعض الممارسات، مثل التشخيص قبل الولادة، فقط في الأماكن الخاصة. من المهم ملاحظة أنه نظرًا لأن الإجهاض كان غير قانوني ما لم تكن حياة الأم أو صحتها في خطر، أو في حالة الاغتصاب، (وهي قضية تخضع حاليًا لمناقشة مكثفة في الكونغرس)، فإن تطور التشخيص قبل الولادة في الأماكن العامة راكد (Penchaszadeh، 2013). تم تصميم البرنامج الوطني لشبكة علم الوراثة في عام 2008 من خلال مرسوم صادر عن وزارة الصحة الوطنية (القرار 1227/2008). يهدف هذا البرنامج إلى بناء شبكة من الخدمات الوراثية من القطاع العام وتدريب المتخصصين في الرعاية الصحية في علم الوراثة الطبية. منذ عام 2012، عينت كل مقاطعة أخصائي رعاية صحية محلي للعمل مع التنسيق المركزي لهذا البرنامج الوطني. قام التنسيق المركزي للبرنامج بتدريب المهنيين الصحيين المختارين محليًا، مما أدى إلى تعزيز الخدمات الوراثية المحلية. من بين المبادرات الجديدة التي تعالج العيوب الخلقية في الأرجنتين، هناك مجال جديد يعمل على مسح وتشخيص وعلاج الأمراض النادرة، تم تنظيمه بعد سن قانون وطني حول هذا الموضوع (القانون الوطني 26.689، 2011). في الوقت الحاضر، تقوم معظم خدمات علم الوراثة بإجراء التشخيصات السريرية والخلايا الوراثية، ويقوم عدد قليل فقط بإجراء التشخيص الجزيئي لبعض الأمراض أحادية الجين المحددة. يصف فحص حديثي الولادة (NBS) الإجراءات التي، إذا تم إجراؤها خلال الساعات أو الأيام القليلة الأولى من حياة المولود، لديها القدرة على منع المشاكل الصحية الحادة، بما في ذلك الوفاة. استنادًا إلى الدراسات الكيميائية الحيوية تقليديًا، عزز تطور NBS في العصر الجيني، حيث أصبح في الوقت الحاضر قادرًا، من حيث المبدأ، على تغطية - أو اكتشاف - مئات الحالات التي يؤدي فيها الكشف المبكر والعلاج إلى تعديل النتيجة (Friedman et al.، 2017). في أمريكا اللاتينية، بدأ المكتب الوطني للإحصاء في أوائل السبعينيات بالتجربة الكوبية، وسرعان ما تبعته الأرجنتين ودول أخرى. (بوراجو، 2007 ؛ ثيريل وآدامز، 2007 ؛ ثيريل وآخرون.، 2015). يقدم كل بلد، اعتمادًا على الظروف الصحية والموارد المتاحة، برنامجًا مختلفًا فيما يتعلق بالاضطرابات والمنهجية واستراتيجيات الفحص. في الأرجنتين، بدأ برنامج فحص حديثي الولادة لقصور الغدة الدرقية الخلقي (CH) وبيلة الفينيل كيتون (PKU) الذي تنفذه "مؤسسة الغدد الصماء للرضع" (FEI)- وهي مؤسسة غير ربحية ترتبط ارتباطًا وثيقًا بشعبة أبحاث الغدد الصماء في مستشفى بوينس آيرس للأطفال R. Gutiérrez في أغسطس 1985 مع الكشف المنهجي عن هذه الأمراض في العديد من الأمهات في جميع أنحاء البلاد (Chiesa et al.، 2013). في البداية، لم يكن الفحص إلزاميًا بموجب القانون ؛ وبالتالي، تم تنفيذه عن طريق "الطلب"." إن شعار "قطرة دم واحدة يمكن أن تمنع بحر من الدموع" يهدف إلى لفت انتباه الآباء والأطباء حول الحاجة إلى اختبار كل طفل. مع نمو وعي الأطباء والسلطات الصحية، بدأت ممارسات الفحص في الزيادة، وأصبح الاتحاد الدولي للفروسية المنظمة المرجعية للمبادئ التوجيهية لتطوير النظام الوطني للإحصاء. في عام 1986، ألزم القانون الوطني (القانون رقم 23,413) بفحص كل مولود جديد للكشف عن بيلة الفينيل كيتون. تمت إضافة CH والتليف الكيسي (CF) أيضًا بموجب القانون في عامي 1990 و 1994، على التوالي. أخيرًا، مع الموافقة على قانون جديد في عام 2007 (القانون رقم 26279)، ذُكر أنه يجب اختبار كل مولود جديد في الأرجنتين للكشف عن وعلاج PKU و CH و CF و galactosemia و تضخم الغدة الكظرية الخلقي ونقص البيوتينيدات واعتلال الشبكية المبكر ومرض شاغاس والزهري. علاوة على ذلك، ينص القانون على أنه يجب فحص الأمراض الأخرى (الوراثية أو الأيضية أو الخلقية) غير الظاهرة عند الولادة إذا كان هناك مبرر طبي و/أو احتياجات صحية سياسية (MSAL 2011). تم عقد أول برنامج تمويل عام (PRODYTEC) للمكتب الوطني للإحصاء في عام 1995 من قبل المؤسسة الأرجنتينية للكيمياء الحيوية (FABA) في مقاطعة بوينس آيرس وفي عام 2001، بدأت حكومة مدينة بوينس آيرس برنامجها الخاص الذي يوفر تغطية كاملة للأطفال المولودين في مستشفيات الولادة العامة في المدينة. على الساحة الوطنية، تم عقد "البرنامج الوطني لتعزيز فحص حديثي الولادة" في عام 2006 بهدف مساعدة تلك المحافظات التي ليس لديها برامج NBS أو معها ولكنها تواجه صعوبات. على الرغم من أن كل مقاطعة لديها مختبر NBS خاص بها، فقد تم تنسيق التجربة مركزيًا في بوينس آيرس. باتباع الإرشادات الدولية، تم تضمين أمراض أخرى على التوالي في العديد من هذه البرامج. في الوقت الحاضر، يتم إجراء فحص لجميع الأمراض المذكورة سابقًا بشكل روتيني في جميع البرامج، في حين تم تضمين مرض البول بشراب القيقب (MSUD) في برامج مقاطعة بوينس آيرس والاتحاد الدولي للفروسية ومدينة بوينس آيرس. منذ عام 2014، مع توفر منهجية MS/MS، بدأ برنامج مدينة بوينس آيرس بفحص نقص نازعة هيدروجين الأسيل- CoA متوسطة السلسلة (MCAD). على الرغم من أن التغطية المقدرة لـ NBS في الأرجنتين تتجاوز 90 ٪ من الأطفال حديثي الولادة، فمن المهم الإشارة إلى ما يلي: (أ) لا يتم اختبار جميع الأطفال لنفس الاضطرابات أو يخضعون لنفس الإجراءات و (ب) لا تتبع جميع الدراسات بالضرورة اختبارًا تشخيصيًا جينيًا جزيئيًا دقيقًا (أي تحديد الطفرة المسؤولة عن تطور المرض). يوضح الجدول 2 عدد الأطفال حديثي الولادة الذين تم فحصهم ومتوسط معدل الإصابة المقدر لكل اضطراب منذ بدء برنامج فحص الجهاز العصبي الوطني للاتحاد الدولي للفروسية (1985)، وبرنامج فحص مؤسسة الكيمياء الحيوية (1995)، وبرنامج فحص مدينة بوينس آيرس (2001)، والبرنامج الوطني لتعزيز فحص حديثي الولادة (2006)، حتى ديسمبر 2017 (يرجى توفيره من قبل كل برنامج). قد تكون علامة المرض والمنهجية والقطع المختارة للكشف قد اختلفت بين البرامج وعلى مر السنين، ولكن البيانات تضمنت التفسير الصحيح والتأكيد لكل حالة. كما هو موضح، فإن CH الأولي، الذي تم فحصه بواسطة مستويات الهرمون المنبه للدرقية، هو الحالة الأكثر انتشارًا بين السكان. يتم الكشف عن تضخم الغدة الكظرية الخلقي - وخاصة أشكال هزال الملح - من خلال ارتفاع حديثي الولادة في 17 مستوى من هرمون البروجسترون OH، مما يدل على الحصار الأنزيمي. يعتمد البحث عن فرط فينيل ألانين الدم على تحديد مستويات الفينيل ألانين أو على نسبة الفينيل ألانين/التيروزين، عندما تكون منهجية MS/MS متاحة. يكون المرض أكثر تواترًا في السكان الذين لديهم أسلاف أوروبيون وأقل تواترًا في تلك المناطق ذات العرق الأصلي، لذلك يمكن العثور على اختلافات في الإصابة من خلال برامج مختلفة (بوراجو، 2007). CF سائد بين سكاننا وفحصه معقد لأن التربسين المناعي (IRT) هو علامة ضعيفة نسبيًا. لهذا السبب، يجب إضافة خطوة ثانية إلى استراتيجية الفحص. في بلدنا، يفضل اختبار آخر لـ IRT أو البروتين المرتبط بالتهاب البنكرياس (PAP) على الاختبار الجزيئي للتأكيد، نظرًا لانخفاض تكلفته. يسمح الجالاكتوز الكلي بتحديد حالة الجالاكتوز في الدم الناتجة عن أي من العيوب الأنزيمية الثلاثة في مسار الجالاكتوز. الكشف عن نقص البيوتينيداز يستحق الفحص في سكاننا حيث توجد أشكال كلية وجزئية. أخيرًا، لا يتكرر MSUD بين سكاننا، ولا يحتوي الفحص الذي تم تضمينه مؤخرًا لـ MCAD على عدد كافٍ من الأطفال الذين تم فحصهم ليعكس حدوثه الحقيقي. 1:31,087 1:31,754 C8 C10 العيوب الخلقية (BD)، وتسمى أيضًا التشوهات الخلقية، هي عيوب هيكلية أو وظيفية تنشأ خلال فترة ما قبل الولادة. BD غير متجانسة من الناحية المسببة، إما متعددة العوامل (جينات مهيئة يتم التعبير عنها في وجود محفزات بيئية)، أو وراثية في الغالب (تشوهات كروموسومية أو أحادية الجين)، أو بيئية في الغالب (التعرض قبل الولادة للعوامل المسخية) (Stevenson، Hall، & Goodman، 1993). يولد حوالي 94 ٪ من الأطفال حديثي الولادة المصابين بعيوب خلقية في البلدان المنخفضة والمتوسطة الدخل، مما يضع عبئًا إضافيًا على الأسر والمجتمعات والأنظمة الصحية (Christianon, Howson, & Modell, 2006). كما ذكرنا سابقًا، في الأرجنتين، يعد BD سببًا رئيسيًا لوفيات الرضع. من بين 7093 حالة وفاة للرضع حدثت في عام 2016، كان 2175 حالة (30 ٪) بسبب الإعاقة الذهنية (DEIS، 2016). في عام 2009، بدأ أعضاء CENAGEM تنفيذ الشبكة الوطنية للتشوهات الخلقية في الأرجنتين (RENAC). أهداف RENAC هي الرصد المستمر والمنهجي لتواتر BD ؛ الاستجابة للإنذارات المرتبطة بالأوبئة المحتملة للتشوهات الخلقية ؛ تقييم عوامل الخطر التي تساهم في حدوث BD في الأرجنتين وتأثير التدخلات السكانية الوقائية ؛ وتعزيز تدريب فرق صحة الأمومة للاعتراف بـ BD عند الأطفال حديثي الولادة وإحالتهم في الوقت المناسب إلى خدمات الرعاية (Groisman، Bidondo، Gili، Barbero، & Liascovich، 2013 ؛ Groisman، Bidondo، Barbero، et al.، 2013). RENAC هو نظام مراقبة رسمي ومستشفي، يضم 134 مستشفى عامًا و 26 مستشفى غير عام من 24 مقاطعة في البلاد. تبلغ التغطية السنوية حوالي 300000 ولادة، وهو ما يمثل 65 ٪ من قطاع الصحة العامة و 38 ٪ من جميع الولادات في البلاد (RENAC، 2017). منذ عام 2012، أصبحت RENAC عضوًا نشطًا في غرفة المقاصة الدولية لمراقبة وبحوث BD (ICBDSR)، وهي اتحاد دولي لبرامج مراقبة BD (Botto et al.، 2006). لضمان جمع البيانات بشكل صحيح، في كل مستشفى مشارك، يوجد اثنان من أبطال "RENAC"." هؤلاء الأخصائيون الصحيون المتحمسون (أطباء حديثي الولادة أو أطباء الأطفال أو الممرضات) مسؤولون عن جمع المعلومات حول الحالات المصابة وإرسال البيانات إلى تنسيق RENAC من خلال منتدى على شبكة الإنترنت. يسمح الموقع بإرسال البيانات والصور الفوتوغرافية وحل المشكلات التشغيلية وتوفير مراقبة جودة البيانات. يتمتع أعضاء تنسيق RENAC بخبرة في علم الوراثة الطبية وعلم الأوبئة. تتمتع أنظمة المراقبة بإمكانات كبيرة للكشف المبكر عن الرضع المصابين بالاضطراب السلوكي، مما يسمح بالإحالة إلى الخدمات الصحية الكافية (Botto & Mastroiacovo، 2000). كما ذكرنا سابقًا، فإن العديد من الأطباء غير مدربين على أساسيات علم الوراثة الطبية والأرجنتين لديها عدد قليل من الخدمات الوراثية المتناثرة، مع عدم وجود خدمة وراثية في بعض المقاطعات على الإطلاق (Liascovich et al.، 2006). في هذا السياق، وضعت RENAC مبادئ توجيهية للتشاور مع المرضى وتدريب المهنيين الصحيين في علم الوراثة الطبية. يمكن لأبطال RENAC الدخول إلى منتدى الويب في أي وقت ونشر الرسائل مع صور المرضى والأشعة السينية والنتائج المختبرية والدراسات الأخرى التي تسمح بمناقشة الحالة السريرية (Groisman، Bidondo، Gili، et al.، 2013). يساهم تنسيق RENAC في التشخيص، والكشف عن العيوب الخلقية المرتبطة بها، وتوفير أدوات للاستشارات الوراثية الأساسية، والإحالة إلى الخدمات الوراثية. من خلال الانتماء إلى RENAC، يمكن للفرق المحلية في مستشفيات الولادة تلقي المساعدة في تشخيص الحالات المعقدة ذات العيوب النادرة أو المتعددة، أو المعرضة لخطر الحياة، والتي تحتاج عائلاتها إلى الدعم والمشورة. هذا يحسن بشكل كبير صحة المرضى وأسرهم يغادرون أجنحة الولادة بتشخيص افتراضي يسمح برحلة تشخيصية أقصر ومتابعة مناسبة. فيما يتعلق بانتشار BD في البلاد، كان BD الأكثر شيوعًا الذي أبلغ عنه RENAC في عام 2016 هو متلازمة داون، والحنف، وعيوب القلب الخلقية الحرجة، وعيوب الأنبوب العصبي، والشفة المشقوقة مع الحنك المشقوق (الجدول 3). يوفر برنامج CENAGEM والبرنامج الوطني لمراقبة NBS و RENAC BD الركائز لتطبيق علم الوراثة الطبية في الأرجنتين بالإضافة إلى تنفيذ مبادرات تدريبية لأخصائيي الرعاية الصحية. إنها مناسبة بشكل مثالي ومن المتوقع أن تتبنى بشكل متزايد التقنيات الجينية الجديدة في السنوات القادمة. ومن المثير للاهتمام، وكما هو موضح أدناه، أن الدخول إلى العصر الجيني كان يتم في البداية من خلال مبادرات بحثية وأكاديمية. بهدف تنفيذ وتسوية أساس الدراسات الجينية في البلاد، في عام 2012، تم إنشاء المنصات الجينومية والمعلوماتية الحيوية الأرجنتينية كمشاريع أولية مدتها 4 سنوات، بمساعدة وتمويل من الوزارة الوطنية للعلوم والتكنولوجيا (MINCyT). كانت الأهداف الرئيسية لهذه المنصات هي تطوير ونقل المعرفة الجينية والمعلوماتية الحيوية بالإضافة إلى تسهيل تلك الخدمات للأطراف العامة والخاصة. خلال هذه الفترة، بالتعاون مع المستشفى المحلي "مستشفى دي أغودوس راموس ميخيا"، تم تسلسل الجينوم الكامل الثلاثة الأولى بالكامل في البلاد: قام المستشفى بالربط مع المرضى وعائلاتهم وحصل على موافقة خطية من جميع الأفراد المعنيين، وتم استخراج الحمض النووي وتسلسله في INDEAR (معهد التكنولوجيا الحيوية الزراعية في روزاريو)، كعضو في منصة التسلسل الجيني، وتم إجراء تحليل المعلوماتية الحيوية في منصة المعلوماتية الحيوية في بوينس آيرس (www.biargentina.com.ar). تتألف هذه الجينومات من ثلاثة أشقاء، جميعهم مصابون باضطراب طيف التوحد، أدى تحليلهم الدقيق أخيرًا إلى اكتشاف متغير جديد مشترك في جين شانك 3 (OMIM 606230، Genbank NM _033517) (Nemirovsky et al.، 2015). بعد هذا النجاح الأول، كان من المهم مواصلة توسيع نطاق تقنيات تسلسل الجيل الجديد والدراسات الجينية لتشمل مجموعة أوسع من المتخصصين الطبيين والمرضى الذين يعانون من أمراض وراثية نادرة وليس لديهم تشخيص جزيئي، في جميع أنحاء البلاد. مع وضع هذه الفكرة في الاعتبار، أطلقنا في عام 2016 مشروعًا جديدًا يهدف إلى تسلسل 100 إكسوم للمرضى الذين يعانون من اضطرابات وراثية نادرة في جميع أنحاء البلاد. تم تمويل وتنفيذ "حملة 100 Exomes" بشكل مشترك من قبل مجموعة بحثية من الدكتور مارتي والدكتور تورجانسكي في قسم الكيمياء البيولوجية بكلية العلوم بجامعة بوينس آيرس، و Bitgenia (www.bitgenia.com)، وهي شركة محلية لعلم الجينوم (Bitgenia، 2016). تم تسلسل الإكسومات دون أي تكلفة للمرضى وأسرهم، وقمنا بإجراء جميع التحليلات النهائية مجانًا أيضًا. تم إجراء تحديد متغير للأولويات، كلما أمكن ذلك، بالاشتراك مع أخصائيي الرعاية الصحية من أجل تدريبهم على تفسير البيانات الجينية. تم تقديم النتائج إلى الطبيب المسؤول، حتى يتمكنوا من تقديم المشورة الوراثية المناسبة للمرضى المشاركين في المشروع. طوال الحملة، شارك في المشروع 58 من المهنيين الصحيين العاملين في 32 مؤسسة عامة أو خاصة مختلفة، وشمل المرضى الذين يعانون من مجموعة متنوعة من التشخيصات السريرية مثل أمراض القلب، واضطرابات الجلد، والسرطان العائلي، واضطرابات النمو العصبي، وتشوهات الجمجمة، والأخطاء الخلقية في التمثيل الغذائي، واضطرابات الميتوكوندريا، واضطرابات الغدد الصماء، واضطرابات الامتصاص، ونقص المناعة الأولية أو اضطرابات المناعة الذاتية، على سبيل المثال لا الحصر. من بين 100 حالة تم تحليلها، بالنسبة لـ 31 حالة، وجدنا واحدًا أو أكثر من المتغيرات المسببة للأمراض المعروفة مع وجود أدلة مسجلة على ارتباطها بالتشخيص الأولي، بينما بالنسبة لـ 27 حالة أخرى، وجدنا متغيرات مسببة للأمراض محتملة جديدة في الجينات المرتبطة سابقًا بالمرض. ثم تم تأكيد أن بعض هذه المتغيرات تسبب المرض من خلال الدراسات الوظيفية بالتعاون مع مجموعات أخرى (Ma et al.، 2017). نحن نعتبر هذه الحالات، التي تمثل حوالي 50 ٪ من تلك المتسلسلة، تشخيصات ناجحة محتملة، مما يسلط الضوء بوضوح على إمكانات تسلسل الإكسوم الكامل لعلم الوراثة الطبية. أدت مبادرة موازية لتعزيز وتنسيق تطوير التقنيات الجينية ومشاركة البيانات إلى إنشاء النظام الوطني لبيانات الجينوم في الأرجنتين (SNDG باسمه باللغة الإسبانية: Sistema Nacional de Datos Genómicos، http://www.datosgenomicos.mincyt.gob.ar/) في عام 2015، تحت إشراف وزارة العلوم والتكنولوجيا والابتكار (القرار الوزاري 761/14). ظهرت SNDG كنتيجة طبيعية لمبادرات مختلفة - بما في ذلك منصة المعلوماتية الحيوية المذكورة - وبسبب إنشاء العديد من مجموعات أبحاث المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم المحلية. ومع أخذ ذلك في الاعتبار، أصبح تطوير نظام وطني لتنظيم البيانات الناتجة عن المشاريع المختلفة في جميع أنحاء البلاد هدفًا حتميًا. الهدف الرئيسي للنظام هو إنشاء قاعدة بيانات وطنية موحدة للمعلومات الجينية، لجميع الأنواع ذات الأهمية الإيكولوجية والزراعية والبيوتكنولوجية والصحية، المستمدة من البحوث والدراسات الاستقصائية التي تجريها الدولة أو تمولها، مما يضمن للباحثين الأرجنتينيين توافرها وإمكانية الوصول إليها . تشمل الأهداف الموازية أيضًا تدريب الباحثين المحليين على كيفية توليد وتحليل البيانات الجينية، وتوليد مجتمع محلي متعدد التخصصات وتعاوني من علماء المختبرات وعلماء المعلومات الحيوية، وتعزيز وتسهيل توليد المعلومات الجينية، وتوليد معايير الجودة لتوليد وتحليل البيانات الجينية، وتعزيز تطوير أدوات المعلوماتية الحيوية محليًا. منذ إنشائها، أدرجت SNDG أكثر من 20 مركزًا في جميع أنحاء البلاد، وقدمت منحًا لأكثر من 10 مشاريع تتعلق بعلم الجينوم، وأنشأت خط أنابيب وبوابة ويب لتحميل البيانات الجينية وتحليلها. في الوقت الحاضر، يغمر طب الجينوم الأرجنتين، نظرًا لأن معظم المبادرات التي تدعمها الحكومة من كل من الوكالات المركزية للصحة والعلوم ومؤسسات الرعاية الصحية الخاصة ومختبرات التشخيص السريري تقدم خدمات الجينوم، إما تحت إشراف متخصصي الرعاية الصحية أو مع نموذج مبيعات مباشر للمستهلك. تقدم هذه الخدمات الجينية إما اختبارات جزيئية دقيقة للأمراض المندلية (النادرة) (González - Morón et al.، 2017) - باستخدام كل من الإكسوم الكامل أو التسلسل القائم على اللوحة - ؛ تقييم خطر الإصابة بالسرطان - يعتمد بشكل أساسي على تحليل الجينات BRCA1/2 (OMIM 113705، NM _007300 ؛ OMIM 600185، NM _000059) (إسرائيل، 2013 )؛ أو اختبار ما قبل الولادة غير الجراحي (NIPT) (فاسكيز وآخرون، 2017) للشذوذ الكروموسومي. يتم إجراء التسلسل محليًا (يوجد حاليًا ما بين 10–20 جهاز تسلسل من الجيل التالي في المراكز الصحية في البلاد) أو الاستعانة بمصادر خارجية في الخارج. وينطبق الشيء نفسه على تحليل البيانات الأولية و/أو تفسير النتائج في سياق سريري، مع العديد من المؤسسات الصحية أو البحثية التي تؤوي خدمات تفسير علم الجينوم السريري (أو حتى مجموعات البحث، مثل مجموعتنا). تختلف الأسعار أيضًا اختلافًا كبيرًا، ربما بسبب الاختلافات المتأصلة في طبيعة الخدمة المقدمة. يمكن أن تصل إلى 2000 دولار أمريكي مقابل خدمة كاملة، بما في ذلك التسلسل والتفسير السريري، وربما لا تقل عن 400 دولار أمريكي. ومن المثير للاهتمام أنه لا توجد علاقة بين كمية البيانات المتسلسلة/المحللة والتكلفة الإجمالية (أي أن الإكسوم بأكمله ليس بالضرورة أكثر تكلفة من لوحة الجينات). إن الوصول الأوسع إلى الخدمات الجينومية (لكل من مقدمي الخدمات والمستهلكين)، جنبًا إلى جنب مع زيادة وجود المحتوى المتعلق بالجينوم في وسائل الإعلام المحلية، يخلق طلبًا متزايدًا على خدمات تفسير الجينوم في بلدنا، وهو ما يتناقض مع العدد النادر من المهنيين المدربين في علم الجينوم السريري والمجالات ذات الصلة. للتغلب على هذه المشكلة، ليست هناك حاجة فقط إلى دورات متخصصة في علم الجينوم للعلماء وأخصائيي الرعاية الصحية (مثل "كلية علم الجينوم السريري" التي تعقد كل أغسطس في قسم الكيمياء البيولوجية المحلي وتمولها Centro Latinoamericano de Formación Interdisciplinaria، CELFI، http://www.celfi.gob.ar/programas/detalle?p=100) ولكن سيتم الترحيب أيضًا بزيادة كبيرة في تدريب علم الوراثة الجزيئية في مناهج الأطباء الأساسية. ومع ذلك، فإن النقص الحالي في التنظيم المحلي لهذا النوع من الخدمات يشكل نكسة كبيرة، وهي حقيقة لا تؤثر فقط على جودة النتائج والقضايا الأخلاقية المتعلقة بحقوق المرضى ولكنها ترتبط أيضًا ارتباطًا وثيقًا بإمكانية وصول الناس في سياق نظام الرعاية الصحية في الأرجنتين. ويؤدي هذا الافتقار إلى التنظيم المناسب للخدمات الجينومية السريرية في نهاية المطاف إلى تحيز إمكانية الوصول نحو الطبقات ذات الدخل الأعلى في المجتمع. في عام 2017، أطلقت وزارة العلوم والتكنولوجيا الأرجنتينية منحة مبادرة الطب الدقيق التي تهدف إلى إنشاء المعرفة العلمية والبروتوكولات اللازمة لتنفيذ تقنيات "omic" في الممارسة السريرية، من خلال إجراء إثبات لمفهوم العملية في عدد قليل من المرضى. تم منح ثلاث منح، بما في ذلك منحنا التي استهدفت "علم الجينوم السريري لأمراض الأطفال"، واحدة تتعلق بإنشاء بنك حيوي وطني، والثالثة تتعلق بعلم الجينوم السرطاني. تشمل المشاريع كلاً من مؤسسات الرعاية الصحية التي تؤوي معدات الجيل التالي لتحديد التسلسل والمجموعات البحثية من الأوساط الأكاديمية، وبالتالي تظهر إمكانات عالية للتعاون التآزري. بدأ مشروعنا في أوائل عام 2018 ومن المتوقع أن يطور العديد من لوحات التسلسل المستهدفة لمجموعات أمراض الأطفال وتحليل مجموعة من حوالي 1000 مريض في السنوات التالية. تُظهر هذه المبادرة أن الطب الدقيق وعلم الجينوم جزء من الأجندة العلمية السياسية ؛ ومع ذلك، من الصعب تخمين التأثير الحقيقي لهذه المشاريع على نظام الرعاية الصحية الشامل. الأرجنتين بلد يعاني من عدم المساواة من حيث الرعاية الصحية، بما في ذلك علم الوراثة الطبية. على الرغم من أن جميع السكان (والمهاجرين) يحصلون بموجب القانون على الخدمات الصحية، فإن النظام المجزأ للضمان الاجتماعي العام والتمويل الخاص يساهم في تفاوتات واسعة في استخدام السكان الفعال للتكنولوجيات الرئيسية، لا سيما في مجال علم الوراثة وعلم الجينوم. يبدو أن استخدام الاختبارات الجينية في مجال الطب الشرعي لاستعادة الأحفاد الذين تم الاستيلاء عليهم والكفاح من أجل حقوق الإنسان لم يكن له تأثير يذكر على صحة الإنسان في الأرجنتين. حتى الآن، فإن الغالبية العظمى من الأطباء المدربين في البلاد لديهم معرفة قليلة بالوراثة والأساس الجزيئي الأساسي للأمراض البشرية. في هذا السياق، من المهم تسليط الضوء على جهود العديد من المنظمات العامة مثل BNDG و CENAGEM و RENAC و NBS Program والمستشفيات المحلية في تدريب المتخصصين في الرعاية الصحية في علم الوراثة الطبية والجزيئية وتطوير مبادرات جديدة متاحة للسكان الأرجنتينيين. فيما يتعلق بعلم الجينوم، فإن تسلسل الجينوم الأول وحملة "100 إكسوم" بمثابة دليل على المفهوم، وأنه من الممكن تنفيذ خدمة تشخيص جزيئي محلية تعتمد على تسلسل الجيل التالي للبحث والابتكار السريري. استند التنفيذ إلى معرفة وقدرات المهنيين المحليين. إنه مثال على كيفية وضع هذه المشاريع ثم توسيعها بطريقة وطنية، مع تكييف المبادئ التوجيهية والبروتوكولات من الخدمات المتاحة دوليًا الموجودة بالفعل لتلبية الاحتياجات الإقليمية. مفتاح نجاح أي من هذه التقنيات في الحياة اليومية للعلماء والأطباء هو إنشاء روابط بين عوامل التغيير المختلفة، لإنشاء فرق متعددة التخصصات قادرة على معالجة المشاكل التي من المؤكد أن تنشأ. تشمل الخطوات التالية لتعزيز جودة وتوافر هذه التحليلات الوراثية إنشاء قواعد بيانات وراثية بشرية محلية للترددات المتغيرة التي تمثل حقًا البصمة الوراثية للسكان الأرجنتينيين، وهي ممثلة تمثيلاً ناقصًا في قواعد البيانات الدولية، مع عنصر عرقي "لاتيني" مشكوك فيه، يفشل في تمثيل أصل الهنود الحمر في الأرجنتين وبلدان أمريكا اللاتينية الأخرى. في مجال الصحة العامة والمجال السياسي، هناك حاجة إلى مبادرات جديدة لتوسيع نطاق النتائج التي حققتها المشاريع الأولية في مجال علم الجينوم. حصلت بعض مستشفيات الأطفال العامة، مثل مستشفى دي نينوس الدكتور ريكاردو غوتييريز ومستشفى غاراهان، مؤخرًا على بعض أجهزة التسلسل من الجيل التالي وتستخدمها بالفعل لتشخيص الأمراض المختلفة. علاوة على ذلك، بدأت العديد من شركات التأمين الصحي في الاعتراف بفائدة هذه الاختبارات الجينية وتغطية تكاليف التشخيص باستخدام هذه التقنيات. ومع ذلك، هناك الكثير الذي يتعين القيام به لتوسيع نطاق الوصول إلى هذه الاختبارات ليشمل جميع السكان. يتم إحراز معظم التقدم في المنطقة الوسطى من البلاد، في حين أن المناطق الأخرى تتخلف عن الركب. في هذه الحالة، من الضروري أن يأخذ صانعو السياسات في البلاد في الاعتبار هذا الواقع وأن يعززوا الوصول إلى هذه الخدمات وتوافرها بطريقة أخلاقية ومتكافئة. نشكر الدكتور غوستافو بوراجو والدكتور غوستافو دراتلر على لطفهما في تزويدنا ببيانات برامج فحص حديثي الولادة. كما نشكر Bitgenia (www.bitgenia.com) على توفير الموارد لدراسات الجيل التالي لتحديد التسلسل. تم تمويل هذا العمل جزئيًا بمنحة FS - BIO2017 من الوكالة الوطنية للترويج العلمي والتقنية الممنوحة لـ MAM. لا يذكر المؤلفون أي تضارب في المصالح.

Translated Description (French)

Un résumé historique de la génétique et de la médecine génomique en Argentine. Nous passons en revue les réalisations et les difficultés dans la mise en œuvre des services génétiques et génomiques à la fois dans le milieu universitaire et dans les soins de santé. Située dans la région la plus méridionale de l'Amérique latine, l'Argentine est le plus grand pays hispanophone du monde avec une superficie estimée à 2 791 810 km2 de terres continentales (plus 969 464 km2 d'îles et de terres antarctiques). Elle est bordée à l'ouest par le Chili, au nord par la Bolivie et le Paraguay, et à l'est par le Brésil, l'Uruguay et l'océan Atlantique. D'un point de vue historique et géographique, l'Argentine peut être divisée en cinq régions : centrale (la plus peuplée), ouest (Cuyo), nord-ouest, nord-est et sud (Patagonie) (Figure 1). La zone continentale est divisée en 23 provinces plus la capitale, Buenos Aires, abritant une population totale estimée à 44 millions de personnes (INDEC, 2010 ; données des Nations Unies, 2017), vivant à 91 % dans les zones urbaines. Environ 65 % de la population est concentrée dans les provinces de la région centrale, en particulier dans la province de Buenos Aires, avec 38,95 % de la population du pays. La population argentine a fortement influencé mes nombreuses vagues de migration, principalement en provenance d'Europe, qui se sont mélangées aux communautés amérindiennes d'origine. Plusieurs études (Avena et al., 2012 ; Homburger et al., 2015 ; Seldin et al., 2007) ont conclu que la composition ethnique de l'Argentine est principalement composée d'ascendance européenne (52%–78%), suivie des Amérindiens (19%–31%), des Africains (2%–9%) et des Asiatiques (1%). Bien que l'empreinte génétique européenne soit élevée, on estime que la plupart des habitants ont un mélange amérindien. (Avena et al., 2012). En outre, en Argentine, il y avait plusieurs minorités ethniques telles que les Allemands, les Arabes, les Polonais, les Juifs, les Arméniens, les Péruviens, les Chiliens, les Uruguayens, les Japonais, les Chinois et les Coréens. Le système de santé en Argentine est divisé en trois contextes : public, sécurité sociale et assurance privée. Le système public est financé par les impôts et est accessible gratuitement à toute la population. Il s'occupe d'environ 46 % de la population, principalement des personnes à faible revenu, qui n'ont pas d'autre couverture santé. Le cadre de la sécurité sociale comprend une couverture syndicale, financée par des cotisations obligatoires des employeurs et des travailleurs enregistrés, couvrant environ 44 % de la population (travailleurs, employés et retraités). Le cadre de l'assurance privée (à but lucratif) est financé par des paiements spécifiques de l'assuré et dessert 10% de la population, principalement la fraction à revenu plus élevé. Les trois systèmes sont gérés de manière indépendante avec peu d'interaction entre eux, ce qui entraîne des chevauchements, une inefficacité et des dépenses de santé élevées (environ 6,61 % du produit intérieur brut). (DEIS, 2010). Le ministère national de la Santé joue un rôle de premier plan dans la politique de santé publique, étant responsable de l'introduction de réglementations spécifiques et de la gestion des programmes nationaux de santé (c'est-à-dire les vaccinations, les maladies non transmissibles, la santé sexuelle et reproductive et la santé maternelle et infantile). Les ministères provinciaux de la Santé sont autonomes en termes de planification et de prise de décision sur les ressources humaines, les achats, les infrastructures et d'autres actions pour fournir des services à leur population. Compte tenu de ses différents contextes et juridictions administratives, le système de santé argentin peut être considéré comme un modèle fragmenté (PNUD, 2011). Il existe plus de 25 000 centres de santé différents dans tout le pays. L'espérance de vie combinée à la naissance est de 76,7 ans, soit la troisième plus élevée de la région (80,4 ans pour les femmes et 73,0 ans pour les hommes) (OPS/OMS, 2017). Le taux de natalité et de mortalité adulte est de 17,9 et 7,7 pour 1000 habitants, et le taux de mortalité infantile est de 9,7 pour 1000 naissances (DEIS, 2015b). En 2015, 99,5 % des naissances ont eu lieu dans des centres de santé officiels, mettant en évidence un degré élevé d'accouchements institutionnalisés (Langou & Sachetti, 2017). Bien que le taux de mortalité infantile ait diminué régulièrement au cours des dernières décennies, principalement en raison de l'amélioration de la prévention et du traitement des maladies infectieuses et des facteurs nutritionnels prénatals et postnatals, la valeur est toujours élevée, les malformations congénitales étant une cause majeure (env. 26 %) (DEIS, 2015a). Entre 1976 et 1983, l'Argentine a connu l'une des dictatures militaires les plus cruelles et les plus sanglantes d'Amérique latine. Environ 30 000 personnes ont été enlevées, torturées et tuées, et leurs corps sont toujours portés disparus. En Argentine, ils sont appelés « Desaparecidos » car ils ont disparu ou ont disparu par le gouvernement de facto. (CONADEP, 1984). L'histoire de la génétique en Argentine est étroitement liée au développement médico-légal et aux applications qui ont contribué à résoudre les crimes d'identité commis pendant cette période sombre. De nombreuses femmes enceintes ou enlevées avec leurs enfants ont été emmenées dans des centres de détention clandestins, où elles ont été torturées, ont accouché dans des conditions inhumaines, séparées de leur progéniture, et finalement abattues ou poussées d'avions pour se noyer dans le fleuve Río de la Plata - ce qu'on appelait des « vols de la mort ». Environ 500 enfants enlevés n'ont jamais été rendus à leur famille biologique. Ils ont été abandonnés dans la rue, emmenés dans des foyers d'accueil ou donnés à des familles d'accueil de militaires (ou d'amis de ceux-ci), effaçant leur identité et les privant de leurs véritables liens biologiques et de leur histoire. Cette pratique répétée démontre qu'en Argentine, il existait un plan systématique d'appropriation et de vol de bébés par les forces armées (Nosiglia, 1985). L'année 1984 a marqué un point d'inflexion dans l'histoire de la science et des droits de l'homme, tant en Argentine que dans le monde. La démocratie a de nouveau été rétablie et les grands-mères des enfants disparus - rejoints par l'Asociación Abuelas de Plaza de Mayo - ont reçu la visite d'une délégation de l'American Association for the Advancement of Science (AASS) afin de développer une méthode scientifique qui permettrait d'identifier les petits-enfants volés, en particulier en l'absence des deux parents en raison d'une disparition forcée. La méthode était basée sur l'étude des antigènes d'histocompatibilité et du modèle d'hérédité des groupes sanguins et a conduit au développement de la première valeur statistique pour l '« indice de grandpaternité » (Di Lonardo, Darlu, Baur, Orrego et King, 1984). En décembre 1984, une fillette de 8 ans du nom de Paula Eva Logares Grinspon, précédemment enlevée avec ses parents à l'âge de 2 ans puis réappropriée par un membre des forces de l'ordre, a été rendue à sa famille biologique à l'aide de ces études génétiques. En 1987, par la loi nationale 23 511, a été créée la Banque nationale de données génétiques (BNDG), dont l'objectif est de collecter les profils génétiques de tous les proches des petits-enfants disparus afin de les comparer à des enfants potentiels « enlevés ». Cette banque a été la graine et l'inspiration de nombreuses autres banques génétiques qui ont germé au début des années 90 afin d'identifier les personnes disparues, les victimes de la traite des êtres humains et le vol d'enfants (ICMP 2018). Des techniques génétiques médico-légales différentes et nouvelles ont été employées et ajoutées au cours des années suivantes. Initialement, les études d'histocompatibilité et de lignée maternelle utilisant le séquençage de l'ADN mitochondrial ont permis la récupération des petits-enfants en Argentine (Orrego & King, 1990). Plus tard, la réaction en chaîne par polymérase (PCR) a également contribué au développement de nouveaux marqueurs génétiques, à la fois dans les chromosomes autosomiques et sexuels. (Ruitberg, Reeder et Butler, 2001). Trente ans après la création du BNDG, de nouvelles avancées mathématiques ont été appliquées à l'identification des personnes disparues (Kling, Egeland, Piñero et Vigeland, 2017) ainsi qu'un nouveau logiciel spécialisé dans la recherche massive de l'identification des personnes disparues (MPI) et de l'identification des victimes de catastrophes (DVI) (Brenner, 2006 ; CODIS 1990 ; Egeland, Mostad, Mevåg et Stenersen, 2000 ; Kling, Tillmar et Egeland, 2014). Le tableau 1 présente un résumé des méthodes employées au fil des ans. À ce jour, 127 identifications ont été réalisées, 50 d'entre elles ont été complétées sans nécessiter de test génétique (34 enfants étaient déjà nés lorsqu'ils ont été enlevés et directement reconnus par leurs familles, tandis que 16 autres ne sont jamais nés car leurs mères ont été retrouvées mortes et enterrées sous le nom de « No Name » et les dates d'enterrement étaient incompatibles avec leur accouchement avant d'être tuées). La figure 2 montre le nombre de récupérations de petits-enfants d'origine génétique effectuées par le BNDG au fil des ans. L'analyse postérieure de la documentation des 111 récupérations vivantes a démontré un modèle de comportement dans les crimes d'appropriation. Environ 70 % des enfants ont été enregistrés comme biologiques avec des certificats de naissance à domicile signés par des obstétriciens liés aux forces armées ou dans des cliniques associées au trafic de bébés. De plus, 85 % de ces bébés ont été appropriés par des couples appartenant aux forces armées ou apparentés. Les résultats obtenus par le BNDG ont également servi de preuve dans les nombreux procès pour crimes contre l'humanité perpétrés dans notre pays (Données fournies par Unidad especializada para casos de apropiación de niños durante el terrorismo de Estado. https://www.fiscales.gob.ar/unidad-de-apropiacion/). Les archives du BNDG témoignent de l'histoire et de l'évolution de la génétique médico-légale et sont uniques en ce sens qu'il n'existe pas d'autre base de données pour la recherche et l'identification des enfants appropriés dans le monde (Lerman, 2017). La lutte persistante menée par las Abuelas de Plaza de Mayo (Les Grand-mères de la Plaza de Mayo) a permis à la science de se tenir aux côtés des droits de l'homme, de ne pas être utilisée comme un outil de discrimination, mais pour le droit à l'identité et à la réparation des violations graves du genre humain. (Stern, mars 2013). Cette année 2018, las Abuelas de Plaza de Mayo ont été nominés pour la sixième fois au prix Nobel de la paix pour leur travail en faveur des droits de l'homme (Por los más de 40 años de lucha, 2018). Les premiers services de GÉNÉTIQUE médicale en Argentine ont commencé à la fin des années 1960 par des pédiatres et des obstétriciens formés à l'étranger. Le Centre national de génétique médicale (CENAGEM), relevant du ministère national de la Santé, a été créé en 1969, suivi d'autres services génétiques situés dans les principaux hôpitaux pédiatriques. Cependant, le développement des services de génétique médicale en Argentine manquait d'une stratégie planifiée. En 1979, le CENAGEM a lancé une résidence en génétique médicale, suivie de la résidence en cytogénétique. Au début du XXIe siècle, différentes enquêtes ont montré que les professionnels de la santé en Argentine avaient encore peu de connaissances en génétique médicale (Barbero et al.Dix des 24 juridictions n'avaient pas de services génétiques dans le secteur des soins de santé publics, la plupart des services étant installés dans la région centrale du pays (Liascovich, Rozental, Barbero, Alba et Ortiz, 2006) et aucune coordination entre les services en raison de la dépendance de plusieurs autorités (universitaires, municipales, provinciales et/ou nationales). Certaines pratiques, telles que le diagnostic prénatal, n'étaient proposées que dans un cadre privé. Il est important de noter que, puisque l'avortement a été illégal à moins que la vie ou la santé de la mère ne soit en danger, ou en cas de viol (une question qui fait actuellement l'objet d'un débat intense au congrès), le développement du diagnostic prénatal dans le cadre public stagne (Penchaszadeh, 2013). Promu par le CENAGEM, le Programme National du Réseau Génétique a été conçu en 2008 par un décret pris par le Ministère National de la Santé (Résolution 1227/2008). Ce programme visait à construire un réseau de services génétiques du secteur public et à former des professionnels de la santé en génétique médicale. Depuis 2012, chaque province a nommé un professionnel de la santé local pour travailler avec la coordination centrale de ce programme national. La coordination centrale du programme a formé des professionnels de la santé sélectionnés localement, ce qui a permis de renforcer les services génétiques locaux. Parmi les nouvelles initiatives visant à remédier aux malformations congénitales en Argentine, il existe un nouveau domaine de travail sur l'enquête, le diagnostic et le traitement des maladies rares, organisé après l'adoption d'une loi nationale sur le sujet (Loi nationale 26.689, 2011). De nos jours, la plupart des services de génétique établissent des diagnostics cliniques et cytogénétiques et seuls quelques-uns effectuent des diagnostics moléculaires pour certaines maladies monogéniques spécifiques. Le dépistage néonatal (NBS) décrit les procédures qui, si elles sont effectuées au cours des premières heures ou des premiers jours de la vie d'un nouveau-né, ont le potentiel de prévenir de graves problèmes de santé, y compris la mort. Traditionnellement basée sur des études biochimiques, l'évolution du NBS s'est accélérée à l'ère génomique, étant aujourd'hui capable, en principe, de couvrir ou de détecter des centaines de conditions pour lesquelles la détection précoce et le traitement modifient le résultat (Friedman et al.En Amérique latine, le NBS a commencé au début des années 70 avec l'expérience cubaine, rapidement suivie par l'Argentine et d'autres pays. (Borrajo, 2007 ; Therrell et Adams, 2007 ; Therrell et al., 2015). Chaque pays, en fonction des circonstances sanitaires et des ressources disponibles, offre un programme différent en ce qui concerne les troubles, la méthodologie et les stratégies de dépistage. En Argentine, le programme de dépistage néonatal de l'hypothyroïdie congénitale (CH) et de la phénylcétonurie (PKU) mené par la « Fundación de Endocrinología Infantil » (FEI)- une institution à but non lucratif étroitement liée à la Division de la recherche en endocrinologie de l'Hôpital pour enfants de Buenos Aires R. Gutiérrez a débuté en août 1985 avec la détection systématique de ces maladies dans plusieurs maternités du pays (Chiesa et al., 2013). Initialement, le filtrage n'était pas obligatoire par la loi ; ainsi, il a été mis en œuvre par « demande.« Le slogan « une seule goutte de sang peut éviter une mer de larmes » visait à attirer l'attention des parents et des médecins sur la nécessité de tester chaque bébé. Au fur et à mesure que la sensibilisation des médecins et des autorités sanitaires augmentait, les pratiques de dépistage ont commencé à augmenter et la FEI est devenue l'organisation de référence pour les lignes directrices pour le développement du NBS national. En 1986, la loi nationale (loi n ° 23.413) a obligé à tester chaque nouveau-né pour la PCU. La CH et la fibrose kystique (FK) ont également été ajoutées par la loi en 1990 et 1994, respectivement. Enfin, avec l'approbation d'une nouvelle loi en 2007 (loi n ° 26 279), il a été déclaré que chaque nouveau-né en Argentine devait être testé pour détecter et traiter la PCU, la CH, la FK, la galactosémie, l'hyperplasie congénitale des surrénales, le déficit en biotinidase, la rétinopathie prématurée, la maladie de Chagas et la syphilis. De plus, la loi stipulait que d'autres maladies (génétiques, métaboliques ou congénitales) inapparentes à la naissance devaient être dépistées s'il existait une justification médicale et/ou des besoins politiques en matière de santé (MSAL 2011). Le premier programme de financement public (PRODYTEC) pour le NBS a été organisé en 1995 par la Fondation biochimique argentine (FABA) dans la province de Buenos Aires et en 2001, le gouvernement de la ville de Buenos Aires a lancé son propre programme donnant une couverture complète aux bébés nés dans les maternités publiques de la ville. Dans l'arène nationale, le « National Program for Neonatal Screening Strengthening » s'est tenu en 2006 dans le but d'aider les provinces sans programmes NBS ou avec eux mais en difficulté. Bien que chaque province ait son propre laboratoire NBS, l'expérience a été coordonnée de manière centralisée à Buenos Aires. Conformément aux directives internationales, d'autres maladies ont été incluses consécutivement dans bon nombre de ces programmes. De nos jours, le dépistage de toutes les maladies déclarées précédemment est effectué régulièrement dans tous les programmes, tandis que la maladie urinaire du sirop d'érable (MSUD) a été incluse dans les programmes de la province de Buenos Aires, de la FEI et de la ville de Buenos Aires. Depuis 2014, avec la disponibilité de la méthodologie MS/MS, le programme de la ville de Buenos Aires a commencé par le dépistage de la carence en acyl-CoA déshydrogénase à chaîne moyenne (MCAD). Bien que la couverture estimée du NBS en Argentine dépasse 90 % des nouveau-nés, il est important de mentionner que : (a) tous les bébés ne sont pas testés pour les mêmes troubles ou subissent les mêmes procédures et (b) toutes les études ne suivent pas nécessairement un test de diagnostic génétique moléculaire précis (c'est-à-dire l'identification de la mutation responsable du développement de la maladie). Le tableau 2 montre le nombre de nouveau-nés dépistés et l'incidence moyenne estimée de chaque trouble depuis le début du programme de dépistage FEI NBS (1985), le programme de dépistage Biochemical Foundation (1995), le programme de dépistage de la ville de Buenos Aires (2001) et le programme national pour le renforcement du dépistage néonatal (2006), jusqu'en décembre 2017 (gracieusement fourni par chaque programme). Le marqueur de la maladie, la méthodologie et le seuil choisis pour la détection peuvent avoir varié entre les programmes et au fil des ans, mais les données incluses garantissent l'interprétation et la confirmation correctes de chaque cas. Comme indiqué, le CH primaire, dépisté par les taux de TSH, est l'affection la plus répandue dans la population. L'hyperplasie congénitale des surrénales - principalement les formes de perte de sel - est détectée par l'élévation néonatale des taux de 17 OH-progestérone, témoignant du blocage enzymatique. La recherche de l'hyperphénylalaninémie est basée sur la détermination des taux de phénylalanine ou sur le rapport phénylalanine/tyrosine, lorsque la méthodologie MS/MS est disponible. La maladie est plus fréquente dans les populations ayant des ancêtres européens et moins fréquente dans les régions ayant une origine ethnique plus autochtone, de sorte que des différences d'incidence peuvent être trouvées par différents programmes (Borrajo, 2007). La mucoviscidose est répandue dans notre population et son dépistage est complexe car la trypsine immunoréactive (IRT) est un marqueur relativement faible. Pour cette raison, une deuxième étape doit être ajoutée à la stratégie de dépistage. Dans notre pays, un autre test IRT ou PAP (pancreatitis-associated protein) est préféré aux tests moléculaires de confirmation, en raison de son coût inférieur. Le galactose total permet d'identifier l'état galactosémique produit par l'un des trois défauts enzymatiques de la voie du galactose. La détection d'un déficit en biotinidase vaut la peine d'être dépistée dans notre population où l'on trouve des formes totales et partielles. Enfin, le MSUD n'est pas fréquent dans notre population et le dépistage du MCAD récemment inclus n'a pas assez de bébés dépistés pour refléter son incidence réelle. 1:31 087 1:31 754 C8 C10 Les anomalies congénitales, également appelées anomalies congénitales, sont des anomalies structurelles ou fonctionnelles qui prennent naissance au cours de la période prénatale. Les BD sont étiologiquement hétérogènes, soit multifactorielles (gènes prédisposants qui s'expriment en présence de déclencheurs environnementaux), à prédominance génétique (anomalies chromosomiques ou monogéniques), soit à prédominance environnementale (exposition prénatale à des agents tératogènes) (Stevenson, Hall et Goodman, 1993). Environ 94 % des nouveau-nés atteints de malformations congénitales naissent dans des pays à revenu faible ou intermédiaire, ce qui impose un fardeau supplémentaire aux familles, aux communautés et aux systèmes de santé (Christianson, Howson et Modell, 2006). Comme indiqué précédemment, en Argentine, la BD est l'une des principales causes de mortalité infantile. Parmi les 7 093 décès de nourrissons survenus en 2016, 2 175 (30 %) étaient dus à la BD (DEIS, 2016). En 2009, les membres du CENAGEM ont commencé la mise en œuvre du Réseau national des anomalies congénitales de l'Argentine (RENAC). Les objectifs du RENAC sont de surveiller en permanence et systématiquement la fréquence de la maladie de Parkinson ; de répondre aux alarmes liées à d'éventuelles épidémies d'anomalies congénitales ; d'évaluer les facteurs de risque qui contribuent à la survenue de la maladie de Parkinson en Argentine et l'impact des interventions préventives auprès de la population ; et de promouvoir la formation des équipes de santé maternelle pour la reconnaissance de la maladie de Parkinson chez les nouveau-nés et leur orientation en temps opportun vers des services de soins (Groisman, Bidondo, Gili, Barbero et Liascovich, 2013 ; Groisman, Bidondo, Barbero et al., 2013). Le RENAC est un système de surveillance officiel et hospitalier, qui comprend 134 hôpitaux publics et 26 hôpitaux non publics des 24 provinces du pays. La couverture annuelle est d'environ 300 000 naissances, ce qui représente 65 % du secteur de la santé publique et 38 % de toutes les naissances dans le pays (RENAC, 2017). Depuis 2012, le RENAC est devenu un membre actif de l'International Clearinghouse for BD Surveillance and Research (ICBDSR), un consortium international de programmes de surveillance BD (Botto et al.Pour assurer une bonne collecte des données, dans chaque hôpital participant, il y a deux « champions » du RENAC.« Ces professionnels de santé motivés (néonatologistes, pédiatres ou infirmiers) sont chargés de collecter des informations sur les cas concernés et d'envoyer les données à la coordination du RENAC via un forum en ligne. Le site Web permet d'envoyer des données, des photographies, de résoudre des problèmes opérationnels et de contrôler la qualité des données. Les membres de la coordination du RENAC ont une expertise en génétique médicale et en épidémiologie. Les systèmes de surveillance ont un grand potentiel de détection précoce des nourrissons atteints de DB, permettant ainsi l'orientation vers des services de santé adéquats (Botto et Mastroiacovo, 2000). Comme déjà mentionné, de nombreux médecins ne sont pas formés aux bases de la génétique médicale et l'Argentine a peu de services génétiques dispersés, certaines provinces n'ayant aucun service génétique (Liascovich et al.Dans ce contexte, le RENAC a élaboré des lignes directrices pour la consultation des patients et la formation des professionnels de la santé en génétique médicale. Les champions du RENAC peuvent accéder au forum Web à tout moment et publier des messages avec des photographies de patients, des radiographies, des résultats de laboratoire et d'autres études permettant de discuter du cas clinique (Groisman, Bidondo, Gili et al., 2013). La coordination du RENAC contribue au diagnostic, à la détection des malformations congénitales associées, à la fourniture d'outils de conseil génétique de base et à l'orientation vers les services génétiques. En faisant partie du RENAC, les équipes locales des maternités peuvent recevoir de l'aide pour le diagnostic de cas complexes présentant des anomalies rares ou multiples, ou à risque pour la vie, dont les familles ont besoin de soutien et de conseils. Cela améliore considérablement la santé des patientes et de leurs familles qui quittent les maternités avec un diagnostic présumé qui permet un parcours diagnostique plus court et un suivi approprié. En ce qui concerne la prévalence de la BD dans le pays, les BD les plus fréquentes signalées par RENAC en 2016 étaient le syndrome de Down, les talipes, les malformations cardiaques congénitales critiques, les malformations du tube neural et la fente labiale avec fente palatine (tableau 3). Le CENAGEM et le programme national de surveillance NBS et RENAC BD fournissent les piliers de l'application de la génétique médicale en Argentine ainsi que des initiatives de formation pour les professionnels de la santé. Ils sont idéalement adaptés et devraient adopter de plus en plus les nouvelles technologies génomiques dans les années à venir. Fait intéressant, et comme nous le montrerons ci-dessous, l'entrée dans l'ère génomique a été initialement réalisée par des initiatives de recherche et universitaires. Dans le but de mettre en œuvre et de régler les bases des études génomiques dans le pays, en 2012, les plateformes génomiques et bioinformatiques argentines ont été créées en tant que projets initiaux de 4 ans, avec l'aide et le financement du ministère national de la Science et de la Technologie (MINCyT). Les principaux objectifs de ces plateformes étaient de développer et de transférer les connaissances génomiques et bioinformatiques ainsi que de faciliter ces services aux parties publiques et privées. C'est pendant cette période que, en collaboration avec l'hôpital local « Hospital de Agudos Ramos Mejia », les trois premiers génomes entiers ont été entièrement séquencés dans le pays : l'hôpital a fait le lien avec les patients et leur famille et a obtenu le consentement écrit de toutes les personnes impliquées, l'ADN a été extrait et séquencé dans INDEAR (Institut d'Agrobiotechnologie de Rosario), en tant que membre de la plateforme de séquençage génomique, et l'analyse bioinformatique a été effectuée dans la plateforme bioinformatique de Buenos Aires (www.biargentina.com.ar). Ces génomes comprenaient trois frères et sœurs, tous atteints de troubles du spectre autistique, dont l'analyse minutieuse a finalement conduit à la découverte d'un variant de novo partagé dans le gène SHANK3 (OMIM 606230, Genbank NM_033517) (Nemirovsky et al.Après ce premier succès, il était important de continuer à étendre la portée des technologies de séquençage de nouvelle génération et des études génomiques à un groupe plus large de spécialistes médicaux et de patients atteints de maladies génétiques rares et sans diagnostic moléculaire, dans tout le pays. Avec cette idée en tête, nous avons lancé en 2016 un nouveau projet dont l'objectif était de séquencer 100 exomes de patients atteints de maladies génétiques rares à travers le pays. La « Campagne 100 Exomes » a été cofinancée et réalisée par le groupe de recherche du Dr Marti et du Dr Turjanski au Département de chimie biologique de la Faculté des sciences de l'Université de Buenos Aires, et Bitgenia (www.bitgenia.com), une société locale de génomique (Bitgenia, 2016). Les exomes ont été séquencés sans frais pour les patients et leurs familles, et nous avons effectué toutes les analyses en aval également gratuitement. La priorisation des variants a été réalisée, dans la mesure du possible, conjointement avec les professionnels de santé afin de les former à l'interprétation des données génomiques. Les résultats ont été fournis au médecin responsable, afin qu'il puisse offrir un conseil génétique approprié aux patients impliqués dans le projet. Tout au long de la campagne, le projet a impliqué 58 professionnels de la santé travaillant dans 32 institutions publiques ou privées différentes, et a inclus des patients présentant une variété de diagnostics cliniques tels que les cardiopathies, les troubles de la peau, le cancer familial, les troubles neurodéveloppementaux, les malformations crâniennes, les erreurs innées du métabolisme, les troubles mitochondriaux, les troubles endocriniens, les troubles d'absorption et les immunodéficiences primaires ou les troubles auto-immuns, pour en nommer certains. Parmi les 100 cas analysés, pour 31, nous avons trouvé un ou plusieurs variants pathogènes connus avec des preuves rapportées d'association avec le diagnostic initial, tandis que pour 27 autres cas, nous avons trouvé de nouveaux variants pathogènes probables dans des gènes précédemment associés à la maladie. Certaines de ces variantes ont ensuite été confirmées comme causant la maladie par des études fonctionnelles en collaboration avec d'autres groupes (Ma et al., 2017). Nous considérons ces cas, qui représentent environ 50 % de ceux séquencés, comme des diagnostics potentiels réussis, mettant clairement en évidence le potentiel de la séquence entière de l'exome pour la génétique médicale. Une initiative parallèle visant à promouvoir et à coordonner le développement des technologies génomiques et le partage des données, a conduit à la création du Système national de données génomiques de l'Argentine (SNDG par son nom en espagnol : Sistema Nacional de Datos Genómicos, http://www.datosgenomicos.mincyt.gob.ar/) en 2015, sous l'égide du ministère de la Science, de la Technologie et de l'Innovation (Résolution ministérielle 761/14). Le SNDG est apparu comme une conséquence naturelle de différentes initiatives - y compris la plateforme bioinformatique mentionnée - et en raison de la création de plusieurs groupes de recherche locaux en bioinformatique et en génomique. En tenant compte de cela, le développement d'un système national pour organiser les données générées par les différents projets à travers le pays est devenu un objectif impératif. L'objectif principal du système est d'établir une base de données nationale unifiée d'informations génomiques, pour toutes les espèces d'intérêt écologique, agricole, biotechnologique et sanitaire, issues de recherches et d'enquêtes menées ou financées par le pays, garantissant aux chercheurs argentins leur disponibilité et leur accessibilité . Les objectifs parallèles comprennent également la formation de chercheurs locaux à la génération et à l'analyse de données génomiques, la création d'une communauté locale interdisciplinaire et coopérative de scientifiques de laboratoire et de bioinformaticiens, la promotion et la facilitation de la génération d'informations génomiques, la génération de normes de qualité à la fois pour la génération et l'analyse de données génomiques, et la promotion du développement d'outils bioinformatiques localement. Depuis sa création, le SNDG a incorporé plus de 20 centres à travers le pays, a accordé des subventions à plus de 10 projets liés à la génomique et a généré le pipeline et le portail Web pour télécharger et analyser les données génomiques. De nos jours, la médecine génomique inonde l'Argentine, car la plupart des initiatives soutenues par le gouvernement des agences centrales de la santé et des sciences, des établissements de santé privés et des laboratoires de diagnostic clinique offrent des services de génomique, soit supervisés par des professionnels de la santé, soit avec un modèle de vente directe aux consommateurs. Ces services génomiques offrent soit des tests moléculaires précis pour les maladies mendéliennes (rares) (González-Morón et al., 2017) - en utilisant à la fois l'exome entier ou le séquençage par panel - ; évaluation du risque de cancer - principalement basée sur l'analyse des gènes BRCA1/2 (OMIM 113705, NM_007300 ; OMIM 600185, NM_000059) (Israël, 2013) ; ou Test prénatal non invasif (NIPT) (Vázquez et al., 2017) des anomalies chromosomiques. Le séquençage est soit effectué localement (il existe actuellement entre 10 et 20 séquenceurs de nouvelle génération dans les centres de santé du pays), soit externalisé à l'étranger. Il en va de même pour l'analyse des données brutes et/ou l'interprétation des résultats dans un contexte clinique, plusieurs établissements de santé ou de recherche hébergeant des services d'interprétation en génomique clinique (ou même des groupes de recherche, comme le nôtre). Les prix varient également considérablement, peut-être en raison de différences inhérentes à la nature du service fourni. Ils peuvent atteindre 2 000 USD pour un service complet, y compris le séquençage et l'interprétation clinique, et peut-être pas moins de 400 USD. Fait intéressant, il n'y a pas de corrélation entre la quantité de données séquencées/analysées et le coût total (c'est-à-dire qu'un exome entier n'est pas nécessairement plus cher qu'un panel de gènes). L'accès plus large aux services de génomique (pour les fournisseurs et les consommateurs), ainsi que la présence accrue de contenu lié à la génomique dans les médias locaux, créent une demande croissante de services d'interprétation génomique dans notre pays, ce qui contraste avec le nombre limité de professionnels formés en génomique clinique et dans des domaines connexes. Pour surmonter ce problème, non seulement des cours spécialisés en génomique pour les scientifiques et les professionnels de la santé sont nécessaires (tels que l '« École de génomique clinique » qui se tient chaque mois d'août au département local de chimie biologique et est financée par le Centro Latinoamericano de Formación Interdisciplinaria, CELFI, http://www.celfi.gob.ar/programas/detalle?p=100), mais une augmentation significative de la formation en génétique moléculaire dans les programmes de base des médecins serait également bienvenue. Cependant, l'absence actuelle de réglementation locale de ce type de services constitue un grand revers, un fait qui a non seulement un impact sur la qualité des résultats et les questions éthiques liées aux droits des patients, mais qui est également étroitement lié à l'accessibilité des personnes dans le contexte du système de santé argentin. Ce manque de réglementation appropriée des services de génomique clinique entraîne en fin de compte un biais d'accessibilité en faveur des couches à revenu plus élevé de la société. En 2017, le ministère argentin de la Science et de la Technologie a lancé une subvention d'initiative en médecine de précision dont l'objectif était d'établir le savoir-faire scientifique et les protocoles nécessaires à la mise en œuvre des technologies « omiques » dans la pratique clinique, en effectuant une preuve de concept du processus chez un petit nombre de patients. Trois subventions ont été attribuées, dont la nôtre qui ciblait la « génomique clinique des maladies pédiatriques », une liée à la création d'une biobanque nationale et la troisième liée à la génomique du cancer. Les projets impliquent à la fois des établissements de santé hébergeant des équipements NGS et des groupes de recherche du monde universitaire, affichant ainsi un fort potentiel de collaboration synergique. Notre projet a débuté au début de 2018 et devrait développer plusieurs panels de séquençage ciblés pour les groupes de maladies pédiatriques et analyser une cohorte d'environ 1000 patients dans les années suivantes. Cette initiative montre que la médecine de précision et la génomique font partie de l'agenda politique scientifique ; cependant, il est difficile de deviner l'impact réel que ces projets vont avoir sur l'ensemble du système de santé. L'Argentine est un pays avec des inégalités en termes de soins de santé, y compris la génétique médicale. Bien que tous les habitants (et les immigrants) aient légalement accès aux services de santé, le système fragmenté de financement public, de sécurité sociale et privé contribue à de grandes disparités dans l'utilisation efficace des technologies clés par la population, en particulier dans le domaine de la génétique et de la génomique. L'utilisation des tests génétiques dans le domaine médico-légal pour la récupération des petits-enfants appropriés et la lutte pour les droits de l'homme semble avoir eu peu d'influence sur la santé humaine en Argentine. Jusqu'à présent, la grande majorité des médecins formés dans le pays ont peu de connaissances sur la génétique et la base moléculaire sous-jacente des maladies humaines. Dans ce contexte, il est important de souligner les efforts de plusieurs organisations publiques telles que le BNDG, le CENAGEM, le RENAC, le programme NBS et les hôpitaux locaux pour former les professionnels de la santé à la génétique médicale et moléculaire et développer de nouvelles initiatives disponibles pour la population argentine. Concernant la génomique, les premiers génomes séquencés et la campagne « 100 Exome » servent de preuve de concept, qu'il est possible de mettre en place un service de diagnostic moléculaire local basé sur le séquençage de nouvelle génération pour la recherche et l'innovation clinique. La mise en œuvre s'est appuyée sur les connaissances et les capacités des professionnels locaux. C'est un exemple de la façon dont ces projets peuvent être définis puis étendus à l'échelle nationale, avec des lignes directrices et des protocoles adaptés des services déjà disponibles à l'échelle internationale pour répondre aux besoins régionaux. La clé du succès de l'une de ces techniques dans la vie quotidienne des scientifiques et des médecins est de créer des liens entre les différents agents de changement, de créer véritablement des équipes interdisciplinaires capables de s'attaquer aux problèmes qui ne manqueront pas de se poser. Les prochaines étapes pour renforcer la qualité et la disponibilité de ces analyses génétiques comprennent la création de bases de données génétiques humaines locales de fréquences variantes qui représentent vraiment l'empreinte génétique de la population argentine, qui est sous-représentée dans les bases de données internationales, avec une composante ethnique « latino » douteuse, qui ne représente pas vraiment l'ascendance amérindienne de l'Argentine et d'autres pays d'Amérique latine. Dans le domaine de la santé publique et politique, de nouvelles initiatives sont nécessaires pour étendre les résultats obtenus par les projets initiaux dans le domaine de la génomique. Certains hôpitaux pédiatriques publics, tels que l'Hôpital de Niños Dr Ricardo Gutiérrez et l'Hôpital Garrahan, ont récemment acquis des séquenceurs de nouvelle génération et les utilisent déjà pour diagnostiquer différentes pathologies. De plus, plusieurs compagnies d'assurance maladie commencent à reconnaître l'utilité de ces tests génomiques et à couvrir les coûts de diagnostic à l'aide de ces technologies. Cependant, il y a beaucoup à faire pour étendre l'accès à ces tests à l'ensemble de la population. La plupart des progrès sont réalisés dans la région centrale du pays, tandis que les autres régions sont à la traîne. Dans ce cas, il est impératif que les décideurs politiques du pays prennent en compte cette réalité et promeuvent l'accès et la disponibilité de ces services de manière éthique et égalitaire. Nous remercions le Dr Gustavo Borrajo et le Dr Gustavo Dratler pour leur gentillesse en nous fournissant les données de leurs programmes de dépistage néonatal. Nous remercions également Bitgenia (www.bitgenia.com) d'avoir fourni des ressources pour les études NGS. Ce travail a été partiellement financé par la subvention FS-BIO2017 de l'Agencia Nacional de Promoción Cientifica y Tecnologica accordée à MAM. Les auteurs déclarent qu'il n'y a pas de conflit d'intérêts.

Translated Description (Spanish)

Un resumen histórico de la genética y la medicina genómica en Argentina. Pasamos por los logros y dificultades en la implementación de servicios genéticos y genómicos tanto en el ámbito académico como en el asistencial. Ubicado en la región más austral de América Latina, Argentina es el país de habla hispana más grande del mundo con una superficie estimada de 2.791.810 km2 de tierra continental (más 969.464 km2 de islas y tierra antártica). Limita al oeste con Chile, al norte con Bolivia y Paraguay, y al este con Brasil, Uruguay y el Océano Atlántico. Desde un punto de vista histórico y geográfico, Argentina se puede dividir en cinco regiones: central (la más poblada), oeste (Cuyo), noroeste, noreste y sur (Patagonia) (Figura 1). El área continental se divide en 23 provincias más la capital, Buenos Aires, que alberga una población total estimada de 44 millones de personas (INDEC, 2010; Datos de las Naciones Unidas, 2017), que viven el 91% en áreas urbanas. Alrededor del 65% de la población se concentra en las provincias de la región central, particularmente en la provincia de Buenos Aires, con el 38,95% de la población del país. La población argentina estuvo fuertemente influenciada por mis numerosas olas migratorias, principalmente de Europa, que se mezclaron con las comunidades amerindias originales. Varios estudios (Avena et al., 2012; Homburger et al., 2015; Seldin et al., 2007) concluyeron que la composición étnica de Argentina está compuesta principalmente por descendientes europeos (52%–78%), seguidos por amerindios (19%–31%), africanos (2%–9%) y asiáticos (1%). Aunque la huella genética europea es alta, se estima que la mayoría de los habitantes tienen alguna mezcla amerindia. (Avena et al., 2012). Además, en Argentina habitan varias minorías étnicas como la alemana, árabe, polaca, judía, armenia, peruana, chilena, uruguaya, japonesa, china y coreana. El sistema de salud en Argentina se divide en tres entornos: público, seguridad social y seguro privado. El sistema público se financia a través de impuestos y está disponible de forma gratuita para toda la población. Maneja aproximadamente el 46% de la población, principalmente los de menores ingresos, que carecen de otra cobertura de salud. El entorno de seguridad social se compone de una cobertura basada en sindicatos, financiada por contribuciones obligatorias de empleadores y trabajadores registrados, que cubre alrededor del 44% de la población (trabajadores, empleados y jubilados). El entorno de seguro privado (con fines de lucro) se financia mediante pagos específicos del asegurado y atiende al 10% de la población, principalmente a la fracción de ingresos más altos. Los tres sistemas se gestionan de forma independiente con poca interacción entre ellos, lo que resulta en superposición, ineficiencia y alto gasto en salud (alrededor del 6,61% del Producto Interno Bruto). (deis, 2010) El Ministerio de Salud Nacional tiene un rol protagónico en la política de salud pública, siendo responsable de introducir regulaciones específicas y ejecutar programas nacionales de salud (es decir, inmunizaciones, enfermedades no transmisibles, salud sexual y reproductiva y salud materno-infantil). Los ministerios provinciales de salud son autónomos en términos de planificación y toma de decisiones sobre recursos humanos, compras, infraestructura y otras acciones para brindar servicios a sus personas. Dadas sus diferentes configuraciones y jurisdicciones administrativas, el sistema de salud argentino puede considerarse un modelo fragmentado (PNUD, 2011). Hay más de 25 mil centros de salud diferentes en todo el país. La esperanza de vida combinada al nacer es de 76,7 años, que es la tercera más alta de la región (80,4 años para las mujeres y 73,0 para los hombres) (OPS/OMS, 2017). La tasa de natalidad y mortalidad adulta es de 17,9 y 7,7 por cada 1000 habitantes, y la tasa de mortalidad infantil es de 9,7 por cada 1000 nacimientos (deis, 2015b). En 2015, el 99.5% de los nacimientos ocurrieron en centros de salud oficiales, destacando un alto grado de partos institucionalizados (Langou & Sachetti, 2017). Aunque la tasa de mortalidad infantil ha ido disminuyendo de manera constante en las últimas décadas, principalmente debido a la mejora en la prevención y el tratamiento de enfermedades infecciosas y factores nutricionales pre y posnatales, el valor sigue siendo alto, siendo los defectos congénitos una causa importante (ca. 26%) (deis, 2015a) Entre los años 1976 y 1983, Argentina pasó por una de las dictaduras militares más crueles y sangrientas de América Latina. Unas 30.000 personas fueron secuestradas, torturadas y asesinadas, y sus cuerpos siguen desaparecidos. En Argentina se les llama "Desaparecidos" como desaparecidos o desaparecidos por el gobierno de facto. (CONADEP, 1984) La historia de la genética argentina está estrechamente relacionada con el desarrollo forense y las aplicaciones que contribuyeron a resolver los delitos de identidad realizados en este período oscuro. Muchas mujeres embarazadas o secuestradas junto con sus hijos eran llevadas a centros clandestinos de detención, donde eran torturadas, daban a luz en condiciones infrahumanas, separadas de sus crías y, en última instancia, disparadas o empujadas desde aviones para ahogarse en el Río de la Plata, lo que se llamaba "vuelos de la muerte". Unos 500 niños secuestrados nunca fueron devueltos a sus familias biológicas. Fueron abandonados en las calles, llevados a hogares de acogida o entregados a familias de acogida de militares (o amigos de ellos), borrando sus identidades y privándolos de sus verdaderos vínculos biológicos e históricos. Esta práctica repetida evidencia que, en Argentina, existía un plan sistemático de apropiación y robo de bebés por parte de las Fuerzas Armadas (Nosiglia, 1985). El año 1984 marcó un punto de inflexión en la historia de la Ciencia y los Derechos Humanos, tanto en Argentina como en el mundo. Volvió a restablecerse la democracia, y las abuelas de los niños desaparecidos -inscritas en la Asociación Abuelas de Plaza de Mayo- fueron visitadas por una delegación de la Asociación Americana para el Avance de la Ciencia (AASS) con el fin de desarrollar un método científico que permitiera la identificación de los nietos robados, especialmente ante la ausencia de ambos padres por desaparición forzada. El método se basó en el estudio del patrón de herencia de los antígenos de histocompatibilidad y los grupos sanguíneos y condujo al desarrollo del primer valor estadístico para el "índice de abuelidad" (Di Lonardo, Darlu, Baur, Orrego y King, 1984). En diciembre de 1984, una niña de 8 años llamada Paula Eva Logares Grinspon, previamente secuestrada junto a sus padres cuando tenía 2 años y luego apropiada por un miembro de las fuerzas policiales, fue devuelta a su familia biológica con la ayuda de estos estudios genéticos. En 1987 por Ley Nacional 23.511, se creó el Banco Nacional de Datos Genéticos (BNDG), cuyo objetivo es recopilar los perfiles genéticos de todos los familiares de nietos desaparecidos con el fin de compararlos con posibles hijos "secuestrados". Este banco fue la semilla y la inspiración para muchos otros bancos genéticos que surgieron a principios de los noventa con el fin de identificar a personas desaparecidas, víctimas de la trata de personas y el robo de niños (ICMP 2018). Durante los años siguientes se emplearon y añadieron diferentes y nuevas técnicas genéticas forenses. Inicialmente, los estudios de histocompatibilidad y linaje materno utilizando la secuenciación del ADN mitocondrial permitieron la recuperación de los nietos en Argentina (Orrego & King, 1990). Más tarde, la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) también contribuyó al desarrollo de nuevos marcadores genéticos, tanto en los cromosomas autosómicos como en los sexuales. (Ruitberg, Reeder y Butler, 2001). Treinta años después de la creación del BNDG, se aplicaron nuevos avances matemáticos a la identificación de personas desaparecidas (Kling, Egeland, Piñero y Vigeland, 2017), así como un nuevo software especializado en la búsqueda masiva de Identificación de Personas Desaparecidas (MPI) e Identificación de Víctimas de Desastres (DVI) (Brenner, 2006; CODIS 1990; Egeland, Mostad, Mevåg y Stenersen, 2000; Kling, Tillmar y Egeland, 2014). La Tabla 1 muestra un resumen de los métodos empleados a lo largo de los años. Hasta la fecha, se han logrado 127 identificaciones, 50 de ellas se completaron sin necesidad de pruebas genéticas, (34 niños ya habían nacido cuando fueron secuestrados y reconocidos directamente por sus familias, mientras que otros 16 nunca han nacido ya que sus madres fueron encontradas muertas y enterradas como "Sin Nombre" y las fechas de entierro eran incompatibles con que dieran a luz antes de ser asesinadas). La Figura 2 muestra el número de recuperaciones de nietos basadas en la genética realizadas por el BNDG a lo largo de los años. El análisis posterior de la documentación de las 111 recuperaciones vivas demostró un patrón de comportamiento en los delitos de apropiación. Alrededor del 70% de los niños estaban registrados como biológicos con certificados de nacimientos domiciliarios firmados por obstetras vinculados a las Fuerzas Armadas o en clínicas asociadas con el tráfico de bebés. Adicionalmente, el 85% de estos bebés fueron apropiados por parejas pertenecientes a las Fuerzas Armadas o relacionadas con ellas. Los resultados obtenidos por el BNDG también sirvieron como prueba en los numerosos juicios por crímenes de lesa humanidad perpetuados en nuestro país (Datos suministrados por la Unidad especializada para casos de apropiación de niños durante el terrorismo de Estado. https://www.fiscales.gob.ar/unidad-de-apropiacion/). Los archivos del BNDG evidencian la historia y evolución de la genética forense y son únicos de tal manera que no existe otra base de datos para la búsqueda e identificación de niños apropiados en el mundo (Lerman, 2017). La lucha persistente llevada a cabo por las Abuelas de Plaza de Mayo permitió que la ciencia estuviera al lado de los Derechos Humanos, para no ser utilizada como una herramienta de discriminación, sino para el derecho a la identidad y la reparación de graves violaciones a la humanidad. (Stern, marzo 2013) Este año 2018, las Abuelas de Plaza de Mayo han sido nominadas por sexta vez al Premio Nobel de la Paz por su labor en Derechos Humanos (Por los más de 40 años de lucha, 2018). Los primeros servicios médicos GENÉTICOS en Argentina comenzaron a fines de la década de 1960 traídos por pediatras y obstetras formados en el extranjero. El Centro Nacional de Genética Médica (CENAGEM), dependiente del Ministerio de Salud de la Nación, se estableció en 1969, seguido de otros servicios genéticos ubicados en los principales hospitales pediátricos. Sin embargo, el desarrollo de servicios de genética médica en Argentina carecía de una estrategia planificada. En 1979, el CENAGEM inició una residencia en genética médica, a la que siguió la residencia en citogenética. En los primeros años del siglo XXI, diferentes encuestas mostraron que los profesionales de la salud en Argentina aún tenían poco conocimiento de genética médica (Barbero et al., 2003). Diez de las 24 jurisdicciones no tenían servicios genéticos en el sector público de la salud, con la mayoría de los servicios establecidos en la región central del país (Liascovich, Rozental, Barbero, Alba y Ortiz, 2006) y sin coordinación entre los servicios debido a la dependencia de múltiples autoridades (académicas, municipales, provinciales y/o nacionales). Algunas prácticas, como el diagnóstico prenatal, solo se ofrecían en el ámbito privado. Es importante señalar que, dado que el aborto ha sido ilegal a menos que la vida o la salud de la madre esté en riesgo, o en caso de violación (un tema que actualmente se encuentra bajo intenso debate en el congreso), el desarrollo del diagnóstico prenatal en el entorno público está estancado (Penchaszadeh, 2013). Impulsado por el CENAGEM, el Programa Nacional de la Red Genética fue diseñado en 2008 a través de un decreto emitido por el Ministerio de Salud Nacional (Resolución 1227/2008). Este programa tuvo como objetivo construir una red de servicios genéticos del sector público y capacitar a profesionales de la salud en genética médica. Desde 2012, cada provincia designó a un profesional de la salud local para trabajar con la coordinación central de este Programa Nacional. La coordinación central del programa capacitó a profesionales de la salud seleccionados localmente, lo que llevó a fortalecer los servicios genéticos locales. Entre las nuevas iniciativas que abordan los defectos de nacimiento en Argentina, hay una nueva área que trabaja en la topografía, el diagnóstico y el tratamiento de enfermedades raras, organizada después de que se promulgó una ley nacional sobre el tema (Ley Nacional 26.689, 2011). Hoy en día, la mayoría de los servicios de genética realizan diagnósticos clínicos y citogenéticos y solo unos pocos realizan diagnósticos moleculares para algunas enfermedades monogénicas específicas. El cribado neonatal (NBS) describe los procedimientos que, si se realizan durante las primeras horas o días de vida de un recién nacido, tienen el potencial de prevenir problemas de salud graves, incluida la muerte. Tradicionalmente basada en estudios bioquímicos, la evolución de la NBS se ha impulsado en la era genómica, pudiendo hoy en día, en principio, cubrir o detectar cientos de afecciones para las cuales la detección temprana y el tratamiento modifican el resultado (Friedman et al.En América Latina, NBS comenzó a principios de los años 70 con la experiencia cubana, seguida rápidamente por Argentina y otros países. (Borrajo, 2007; Therrell & Adams, 2007; Therrell et al., 2015). Cada país, dependiendo de las circunstancias de salud y los recursos disponibles, ofrece un programa diferente en cuanto a trastornos, metodología y estrategias de detección. En Argentina, el programa de cribado neonatal de hipotiroidismo congénito (CH) y fenilcetonuria (PKU) llevado a cabo por la Fundación de Endocrinología Infantil (FEI) -institución sin ánimo de lucro estrechamente relacionada con la División de Investigación en Endocrinología del Hospital Infantil de Buenos Aires R. Gutiérrez- se inició en agosto de 1985 con la detección sistemática de estas enfermedades en varias maternidades del país (Chiesa et al., 2013) Inicialmente, el cribado no era obligatorio por ley; por lo tanto, se implementó mediante "solicitud"." El eslogan "una sola gota de sangre puede prevenir un mar de lágrimas" pretendía llamar la atención de padres y médicos sobre la necesidad de hacer pruebas a cada bebé. A medida que crecía la conciencia de los médicos y las autoridades sanitarias, las prácticas de detección comenzaron a aumentar, y la FEI se convirtió en la organización de referencia para las directrices para el desarrollo de NBS nacionales. En 1986, la ley nacional (Ley N ° 23.413) obligó a realizar pruebas de PKU a todos los recién nacidos. CH y Fibrosis Quística (FQ) se añadieron también por ley en 1990 y 1994, respectivamente. Finalmente, con la aprobación de una nueva ley en 2007 (Ley N ° 26.279), se estableció que cada recién nacido en Argentina debía ser examinado para detectar y tratar PKU, CH, CF, galactosemia, hiperplasia suprarrenal congénita, deficiencia de biotinidasa, retinopatía prematura, enfermedad de Chagas y sífilis. Además, la ley establecía que otras enfermedades (genéticas, metabólicas o congénitas) no aparentes al nacer debían examinarse si había una justificación médica y/o necesidades políticas de salud (MSAL 2011). El primer programa de financiamiento público (PRODYTEC) para NBS se llevó a cabo en 1995 por la Fundación Bioquímica Argentina (FABA) en la provincia de Buenos Aires y en 2001, el gobierno de la ciudad de Buenos Aires inició su propio programa dando cobertura total a los bebés nacidos en las maternidades públicas de la ciudad. En el ámbito nacional, en 2006 se llevó a cabo el "Programa Nacional de Fortalecimiento de la Detección Neonatal" con el objetivo de ayudar a aquellas provincias sin programas de SBN o con ellos pero con dificultades. Aunque cada provincia tenía su propio laboratorio de NBS, la experiencia se coordinó centralmente en Buenos Aires. Siguiendo las directrices internacionales, otras enfermedades se incluyeron consecutivamente en muchos de estos programas. Hoy en día, la detección de todas las enfermedades declaradas anteriormente se realiza de forma rutinaria en todos los programas, mientras que la enfermedad de la orina de jarabe de arce (MSUD) se incluyó en los programas de la Provincia de Buenos Aires, FEI y la Ciudad de Buenos Aires. Desde 2014, con la disponibilidad de la metodología MS/MS, el programa de la Ciudad de Buenos Aires comenzó con el cribado de deficiencia de acil-CoA deshidrogenasa de cadena media (MCAD). Aunque la cobertura estimada de NBS en Argentina supera el 90% de los recién nacidos, es importante mencionar que: (a) no todos los bebés se someten a pruebas para detectar los mismos trastornos o se someten a los mismos procedimientos y (b) no todos los estudios siguen necesariamente una prueba de diagnóstico genético molecular precisa (es decir, identificación de la mutación responsable del desarrollo de la enfermedad). La Tabla 2 muestra el número de recién nacidos cribados y la incidencia media estimada de cada trastorno desde el inicio del programa de cribado FEI NBS (1985), el programa de cribado de la Fundación Bioquímica (1995), el programa de cribado de la Ciudad de Buenos Aires (2001) y el Programa Nacional para el fortalecimiento del cribado neonatal (2006), hasta diciembre de 2017 (amablemente proporcionado por cada programa). El marcador de la enfermedad, la metodología y el punto de corte elegidos para la detección pueden haber variado entre los programas y a lo largo de los años, pero los datos incluidos aseguran la interpretación y confirmación correctas de cada caso. Como se muestra, el CH primario, evaluado por los niveles de TSH, es la afección más prevalente en la población. La hiperplasia suprarrenal congénita, principalmente las formas de pérdida de sal, se detecta por el aumento neonatal en 17 niveles de OH-progesterona, lo que evidencia el bloqueo enzimático. La búsqueda de hiperfenilalaninemia se basa en la determinación de los niveles de fenilalanina o en la relación fenilalanina/tirosina, cuando se dispone de la metodología MS/MS. La enfermedad es más frecuente en poblaciones con antepasados europeos y menos frecuente en aquellas regiones con más etnia autóctona, por lo que se pueden encontrar diferencias en la incidencia por diferentes programas (Borrajo, 2007). La FQ es prevalente en nuestra población y su cribado es complejo porque la tripsina inmunorreactiva (IRT) es un marcador relativamente débil. Por esa razón, se debe añadir un segundo paso a la estrategia de cribado. En nuestro país, se prefiere otro ensayo IRT o proteína asociada a la pancreatitis (PAP) sobre las pruebas moleculares para la confirmación, debido a su menor costo. La galactosa total permite identificar el estado galactosémico producido por cualquiera de los tres defectos enzimáticos en la vía de la galactosa. Vale la pena detectar la deficiencia de biotinidasa en nuestra población, donde se encuentran formas totales y parciales. Finalmente, MSUD no es frecuente en nuestra población y la detección recientemente incluida para MCAD no tiene suficiente número de bebés examinados para reflejar su incidencia real. 1:31,087 1:31,754 C8 C10 Los defectos de nacimiento (BD), también llamados anomalías congénitas, son defectos estructurales o funcionales que se originan durante el período prenatal. Las BD son etiológicamente heterogéneas, ya sean multifactoriales (genes predisponentes que se expresan en presencia de desencadenantes ambientales), predominantemente genéticas (anomalías cromosómicas o monogénicas) o predominantemente ambientales (exposición prenatal a agentes teratogénicos) (Stevenson, Hall y Goodman, 1993). Alrededor del 94% de los recién nacidos con defectos de nacimiento nacen en países de ingresos bajos y medios, lo que supone una carga adicional para las familias, las comunidades y los sistemas de salud (Christianson, Howson y Modell, 2006). Como se indicó anteriormente, en Argentina, los BD son una de las principales causas de muertes infantiles. Entre las 7.093 muertes infantiles ocurridas en 2016, 2.175 (30%) se debieron a BD (deis, 2016). En 2009, los miembros del CENAGEM iniciaron la implementación de la Red Nacional de Anomalías Congénitas de Argentina (RENAC). Los objetivos de RENAC son monitorear de manera continua y sistemática la frecuencia de BD; responder a las alarmas vinculadas a posibles epidemias de anomalías congénitas; evaluar los factores de riesgo que contribuyen a la ocurrencia de BD en Argentina y el impacto de las intervenciones preventivas de la población; y promover la capacitación de los equipos de salud materna para el reconocimiento de BD en recién nacidos y su derivación oportuna a los servicios de atención (Groisman, Bidondo, Gili, Barbero, & Liascovich, 2013; Groisman, Bidondo, Barbero, et al., 2013) .El RENAC es un sistema de vigilancia oficial y hospitalario, que incluye 134 hospitales públicos y 26 no públicos de las 24 provincias del país. La cobertura anual es de aproximadamente 300,000 nacimientos, lo que representa el 65% del sector de salud pública y el 38% de todos los nacimientos en el país (RENAC, 2017). Desde 2012, el RENAC se ha convertido en miembro activo del International Clearinghouse for BD Surveillance and Research (ICBDSR), un consorcio internacional de programas de vigilancia de BD (Botto et al., 2006) .Para asegurar una correcta recolección de datos, en cada hospital participante, hay dos "campeones" del RENAC." Estos motivados profesionales de la salud (neonatólogos, pediatras o enfermeros) se encargan de recopilar información sobre los casos afectados y enviar los datos a la coordinación del RENAC a través de un foro web. El sitio web permite enviar datos, fotografías, resolver problemas operativos y proporcionar control de calidad de los datos. Los miembros de la coordinación de RENAC tienen experiencia en genética médica y epidemiología. Los sistemas de vigilancia tienen un gran potencial para la detección temprana de bebés con DC, lo que permite la derivación a servicios de salud adecuados (Botto y Mastroiacovo, 2000). Como ya se mencionó, muchos médicos no están capacitados en los conceptos básicos de genética médica y Argentina tiene pocos y dispersos servicios genéticos, y algunas provincias no tienen ningún servicio genético (Liascovich et al., 2006) .En este contexto, RENAC ha desarrollado pautas para la consulta de pacientes y la formación de profesionales de la salud en genética médica. Los campeones de RENAC pueden ingresar al foro web en cualquier momento y publicar mensajes con fotografías de pacientes, radiografías, resultados de laboratorio y otros estudios que permitan la discusión del caso clínico (Groisman, Bidondo, Gili, et al., 2013). La coordinación de RENAC contribuye en el diagnóstico, la detección de defectos congénitos asociados, la provisión de herramientas para el asesoramiento genético básico y la derivación a servicios genéticos. Al pertenecer a RENAC, los equipos locales en los hospitales de maternidad pueden recibir ayuda en el diagnóstico de casos complejos con defectos raros o múltiples, o en riesgo de vida, cuyas familias requieren apoyo y asesoramiento. Esto mejora significativamente la salud de las pacientes y sus familias salen de las salas de maternidad con un diagnóstico presuntivo que permite un viaje de diagnóstico más corto y un seguimiento adecuado. Con respecto a la prevalencia de BD en el país, los BD más frecuentes informados por RENAC en 2016 fueron síndrome de Down, talipes, defectos cardíacos congénitos críticos, defectos del tubo neural y labio leporino con paladar hendido (Tabla 3). El CENAGEM y el programa nacional de vigilancia NBS y RENAC BD proporcionan los pilares para la aplicación de la genética médica en Argentina, además de llevar a cabo iniciativas de capacitación para profesionales de la salud. Son ideales y se espera que adopten cada vez más las nuevas tecnologías genómicas en los próximos años. Curiosamente, y como se mostrará a continuación, la entrada a la era genómica se realizó inicialmente por iniciativas de investigación y académicas. Con el objetivo de implementar y sentar las bases de los estudios genómicos en el país, en 2012 se crearon las Plataformas Genómicas y Bioinformáticas Argentinas como proyectos iniciales de 4 años, con la ayuda y financiamiento del Ministerio de Ciencia y Tecnología de la Nación (MINCyT). Los principales objetivos de estas plataformas eran desarrollar y transferir conocimientos genómicos y bioinformáticos, así como facilitar esos servicios a partes públicas y privadas. Fue durante este período que, en colaboración con el hospital local "Hospital de Agudos Ramos Mejía", los tres primeros genomas completos fueron secuenciados en su totalidad en el país: el hospital hizo el enlace con los pacientes y sus familias y obtuvo el consentimiento por escrito de todas las personas involucradas, el ADN fue extraído y secuenciado en INDEAR (Instituto de Agrobiotecnología de Rosario), como miembro de la plataforma de secuenciación genómica, y el análisis bioinformático se realizó en la plataforma bioinformática de Buenos Aires (www.biargentina.com.ar). Estos genomas comprendían tres hermanos, todos con trastorno del espectro autista, cuyo análisis cuidadoso finalmente condujo al descubrimiento de una variante de novo compartida en el gen SHANK3 (OMIM 606230, Genbank NM_033517) (Nemirovsky et al.Tras este primer éxito, fue importante continuar ampliando el alcance de las tecnologías de secuenciación de nueva generación y los estudios genómicos a un grupo más amplio de médicos especialistas y pacientes con enfermedades genéticas raras y sin diagnóstico molecular, en todo el país. Con esta idea en mente, en 2016 lanzamos un nuevo proyecto cuyo objetivo era secuenciar 100 exomas de pacientes con trastornos genéticos raros en todo el país. La "Campaña 100 Exomes" fue cofinanciada y realizada por el grupo de investigación del Dr. Martí y el Dr. Turjanski en el Departamento de Química Biológica de la Facultad de Ciencias de la Universidad de Buenos Aires, y Bitgenia (www.bitgenia.com), una empresa local de Genómica (Bitgenia, 2016). Los exomas se secuenciaron sin coste alguno para los pacientes y sus familias, y realizamos todos los análisis posteriores también de forma gratuita. La priorización de variantes se realizó, siempre que fue posible, conjuntamente con los profesionales sanitarios con el fin de capacitarlos en la interpretación de los datos genómicos. Los resultados se proporcionaron al médico a cargo, para que pudiera ofrecer un asesoramiento genético adecuado a los pacientes involucrados en el proyecto. A lo largo de la campaña, el proyecto involucró a 58 profesionales de la salud que trabajan en 32 instituciones públicas o privadas diferentes, e incluyó pacientes con una variedad de diagnósticos clínicos como cardiopatías, trastornos de la piel, cáncer familiar, trastornos del neurodesarrollo, malformaciones craneales, errores innatos del metabolismo, trastornos mitocondriales, trastornos endocrinos, trastornos de absorción e inmunodeficiencias primarias o trastornos autoinmunes, por nombrar algunos. Entre los 100 casos analizados, para 31, encontramos una o más variantes patógenas conocidas con evidencia reportada de asociación con el diagnóstico inicial, mientras que para otros 27 casos, encontramos nuevas variantes patógenas probables en genes previamente asociados con la enfermedad. A continuación, se confirmó que algunas de estas variantes causan la enfermedad mediante estudios funcionales en colaboración con otros grupos (Ma et al.Consideramos estos casos, que representan alrededor del 50% de los secuenciados, como posibles diagnósticos exitosos, destacando claramente el potencial de la secuencia completa del exoma para la genética médica. Una iniciativa paralela para promover y coordinar el desarrollo de tecnologías genómicas y el intercambio de datos, condujo a la creación del Sistema Nacional de Datos Genómicos de Argentina (SNDG) en 2015, bajo el Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación (Resolución Ministerial 761/14). El SNDG surgió como consecuencia natural de diferentes iniciativas, incluida la mencionada Plataforma de Bioinformática, y debido al establecimiento de varios grupos locales de investigación en bioinformática y genómica. Teniendo esto en cuenta, el desarrollo de un sistema nacional para organizar los datos generados por los diferentes proyectos en todo el país se convirtió en un objetivo imperativo. El objetivo principal del sistema es establecer una base de datos nacional unificada de información genómica, para todas las especies de interés ecológico, agrícola, biotecnológico y sanitario, derivada de investigaciones y encuestas realizadas o financiadas por el país, garantizando a los investigadores argentinos su disponibilidad y accesibilidad . Los objetivos paralelos también incluyen capacitar a investigadores locales en cómo generar y analizar datos genómicos, generar una comunidad local interdisciplinaria y cooperativa de científicos de laboratorio y bioinformáticos, promover y facilitar la generación de información genómica, generar estándares de calidad tanto para la generación como para el análisis de datos genómicos, y promover el desarrollo de herramientas bioinformáticas a nivel local. Desde su creación, el SNDG incorporó más de 20 centros en todo el país, otorgó subvenciones a más de 10 proyectos relacionados con la genómica y generó el canal y el portal web para cargar y analizar datos genómicos. Hoy en día, la medicina genómica está inundando Argentina, ya que la mayoría de las iniciativas apoyadas por el gobierno de las agencias centrales de Salud y Ciencia, las instituciones privadas de salud y los laboratorios de diagnóstico clínico ofrecen servicios genómicos, ya sea supervisados por profesionales de la salud o con un modelo de venta directa al consumidor. Estos servicios genómicos ofrecen pruebas moleculares precisas para enfermedades mendelianas (raras) (González-Morón et al., 2017), utilizando tanto el exoma completo como la secuenciación basada en paneles; evaluación del riesgo de cáncer, basada principalmente en el análisis de genes BRCA1/2 (OMIM 113705, NM_007300; OMIM 600185, NM_000059) (Israel, 2013); o pruebas prenatales no invasivas (NIPT) (Vázquez et al., 2017) de anomalías cromosómicas. La secuenciación se realiza localmente (actualmente hay entre 10 y 20 secuenciadores de próxima generación en los centros de salud del país) o se subcontrata en el extranjero. Lo mismo ocurre con el análisis de datos brutos y/o la interpretación de resultados en un contexto clínico, con varias instituciones basadas en la salud o en la investigación que albergan servicios de interpretación de genómica clínica (o incluso grupos de investigación, como el nuestro). Los precios también varían mucho, posiblemente debido a diferencias inherentes en la naturaleza del servicio prestado. Pueden costar hasta 2.000 USD por un servicio completo, incluida la secuenciación y la interpretación clínica, y posiblemente no menos de 400 USD. Curiosamente, no hay correlación entre la cantidad de datos secuenciados/analizados y el costo total (es decir, un exoma completo no es necesariamente más caro que un panel de genes). El mayor acceso a los servicios genómicos (tanto para proveedores como para consumidores), junto con una mayor presencia de contenido relacionado con la genómica en los medios locales, está creando una creciente demanda de servicios de interpretación genómica en nuestro país, lo que contrasta con el escaso número de profesionales capacitados en genómica clínica y áreas relacionadas. Para superar este problema, no solo se necesitan cursos especializados en genómica para científicos y profesionales de la salud (como la "Escuela de Genómica Clínica" que se celebra cada agosto en el Departamento local de Química Biológica y financiada por el Centro Latinoamericano de Formación Interdisciplinaria, CELFI, http://www.celfi.gob.ar/programas/detalle?p=100), sino que también se agradecería un aumento significativo de la capacitación en Genética Molecular en los planes de estudio de los médicos básicos. Sin embargo, la actual falta de regulación local de este tipo de servicios constituye un gran retroceso, hecho que no solo afecta la calidad de los resultados y las cuestiones éticas relacionadas con los derechos de los pacientes, sino que también está estrechamente relacionado con la accesibilidad de las personas en el contexto del sistema de salud de Argentina. Esta falta de regulación adecuada de los servicios genómicos clínicos resulta en última instancia en un sesgo de accesibilidad hacia los estratos de ingresos más altos de la sociedad. En 2017, el Ministerio de Ciencia y Tecnología de Argentina lanzó una Subvención de Iniciativa de Medicina de Precisión cuyo objetivo era establecer los conocimientos científicos y los protocolos necesarios para implementar tecnologías "ómicas" en la práctica clínica, mediante la realización de una prueba de concepto del proceso en un pequeño número de pacientes. Se otorgaron tres becas, incluida la nuestra, que se centró en "Genómica clínica de enfermedades pediátricas", una relacionada con la creación de un Biobanco Nacional y la tercera relacionada con la genómica del cáncer. Los proyectos involucran tanto a instituciones de salud que albergan equipos de NGS como a grupos de investigación de la academia, lo que muestra un alto potencial de colaboración sinérgica. Nuestro proyecto comenzó a principios de 2018 y se espera que desarrolle varios paneles de secuenciación específicos para grupos de enfermedades pediátricas y analice una cohorte de aproximadamente 1000 pacientes en los años siguientes. Esta iniciativa muestra que la medicina de precisión y la genómica forman parte de la agenda científica política; sin embargo, es difícil adivinar el impacto real que estos proyectos van a tener en el sistema de salud en general. Argentina es un país con desigualdades en materia de salud, incluida la genética médica. Aunque todos los habitantes (e inmigrantes) por ley tienen acceso a los servicios de salud, el sistema fragmentado de financiación pública, de seguridad social y privada contribuye a grandes disparidades en el uso efectivo de las tecnologías clave por parte de la población, especialmente en el área de la genética y la genómica. El uso de pruebas genéticas en el campo forense para la recuperación de nietos apropiados y la lucha por los derechos humanos parece haber tenido poca influencia en la salud humana en Argentina. Hasta ahora, la gran mayoría de los médicos formados en el país tienen poco conocimiento de la genética y las bases moleculares subyacentes de las enfermedades humanas. En este contexto, es importante destacar los esfuerzos de varias organizaciones públicas como BNDG, CENAGEM, RENAC, Programa NBS y hospitales locales en la capacitación de profesionales de la salud en genética médica y molecular y en el desarrollo de nuevas iniciativas disponibles para la población argentina. En cuanto a la genómica, los primeros genomas secuenciados y la campaña "100 Exome" sirven como prueba de concepto, que es posible implementar un servicio de diagnóstico molecular local basado en la secuenciación de próxima generación para la investigación y la innovación clínica. La implementación se basó en el conocimiento y la capacidad de los profesionales locales. Es un ejemplo de cómo estos proyectos pueden establecerse y luego expandirse de manera nacional, con pautas y protocolos adaptados de los servicios disponibles internacionalmente ya existentes para satisfacer las necesidades regionales. La clave del éxito de cualquiera de estas técnicas en la vida diaria de científicos y médicos es crear vínculos entre los diferentes agentes de cambio, para crear realmente equipos interdisciplinarios capaces de abordar los problemas que seguramente surgirán. Los próximos pasos para fortalecer la calidad y disponibilidad de estos análisis genéticos incluyen la creación de bases de datos genéticos humanos locales de frecuencias variantes que representen verdaderamente la huella genética de la población argentina, que está subrepresentada en las bases de datos internacionales, con un cuestionable componente étnico "latino", que no representa verdaderamente la ascendencia amerindia de Argentina y otros países latinoamericanos. En el ámbito de la salud pública y la política, se requieren nuevas iniciativas para ampliar los resultados alcanzados por los proyectos iniciales en el área de la genómica. Algunos hospitales pediátricos públicos, como el Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez y el Hospital Garrahan, han adquirido recientemente algunos secuenciadores de próxima generación y ya los están utilizando para diagnosticar diferentes patologías. Además, varias compañías de seguros de salud están empezando a reconocer la utilidad de estas pruebas genómicas y a cubrir los costos de diagnóstico utilizando estas tecnologías. Sin embargo, queda mucho por hacer para ampliar el acceso a estas pruebas a toda la población. La mayoría de los avances se realizan en la región central del país, mientras que las otras regiones se quedan atrás. En este caso, es imperativo que los responsables políticos del país tomen en consideración esta realidad y promuevan el acceso y la disponibilidad de estos servicios de manera ética e igualitaria. Agradecemos al Dr. Gustavo Borrajo y al Dr. Gustavo Dratler por su amabilidad al proporcionarnos los datos de sus programas de detección de recién nacidos. También agradecemos a Bitgenia (www.bitgenia.com) por proporcionar recursos para los estudios de NGS. Este trabajo fue parcialmente financiado con la subvención FS-BIO2017 de la Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica otorgada a MAM. Los autores no manifiestan ningún conflicto de intereses.

Files

mgg3.455.pdf

Files (15.9 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:df04c214df35f894e4b4351669de25f2
15.9 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
علم الوراثة والطب الجيني في الأرجنتين
Translated title (French)
Génétique et médecine génomique en Argentine
Translated title (Spanish)
Genética y medicina genómica en Argentina

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2883927588
DOI
10.1002/mgg3.455

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Argentina

References

  • https://openalex.org/W1493277429
  • https://openalex.org/W1970322253
  • https://openalex.org/W1996892377
  • https://openalex.org/W2024268322
  • https://openalex.org/W2051449346
  • https://openalex.org/W2083238406
  • https://openalex.org/W2086785053
  • https://openalex.org/W2091975883
  • https://openalex.org/W2094498976
  • https://openalex.org/W2097218580
  • https://openalex.org/W2107962273
  • https://openalex.org/W2121630714
  • https://openalex.org/W2140778122
  • https://openalex.org/W2149588035
  • https://openalex.org/W2164632261
  • https://openalex.org/W2189079163
  • https://openalex.org/W2437179176
  • https://openalex.org/W2580742043
  • https://openalex.org/W2591417052
  • https://openalex.org/W2720933772
  • https://openalex.org/W2748513467
  • https://openalex.org/W2760301894
  • https://openalex.org/W2883927588
  • https://openalex.org/W2980702103
  • https://openalex.org/W31079649