Published March 25, 2015 | Version v1
Publication Open

Subsistence strategies in traditional societies distinguish gut microbiomes

Creators

  • 1. University of Oklahoma
  • 2. University of Colorado Boulder
  • 3. Icahn School of Medicine at Mount Sinai
  • 4. University of California, San Diego
  • 5. Oklahoma Medical Research Foundation
  • 6. Instituto Nacional de Salud
  • 7. Old Dominion University
  • 8. Universidad Científica del Sur

Description

Recent studies suggest that gut microbiomes of urban-industrialized societies are different from those of traditional peoples. Here we examine the relationship between lifeways and gut microbiota through taxonomic and functional potential characterization of faecal samples from hunter-gatherer and traditional agriculturalist communities in Peru and an urban-industrialized community from the US. We find that in addition to taxonomic and metabolic differences between urban and traditional lifestyles, hunter-gatherers form a distinct sub-group among traditional peoples. As observed in previous studies, we find that Treponema are characteristic of traditional gut microbiomes. Moreover, through genome reconstruction (2.2-2.5 MB, coverage depth × 26-513) and functional potential characterization, we discover these Treponema are diverse, fall outside of pathogenic clades and are similar to Treponema succinifaciens, a known carbohydrate metabolizer in swine. Gut Treponema are found in non-human primates and all traditional peoples studied to date, suggesting they are symbionts lost in urban-industrialized societies.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تشير الدراسات الحديثة إلى أن ميكروبات الأمعاء في المجتمعات الحضرية الصناعية تختلف عن تلك الخاصة بالشعوب التقليدية. ندرس هنا العلاقة بين طرق الحياة والميكروبات المعوية من خلال التوصيف التصنيفي والوظيفي المحتمل لعينات البراز من الصيادين والمجتمعات الزراعية التقليدية في بيرو ومجتمع صناعي حضري من الولايات المتحدة. نجد أنه بالإضافة إلى الاختلافات التصنيفية والأيضية بين أنماط الحياة الحضرية والتقليدية، يشكل الصيادون وجامعو الثمار مجموعة فرعية متميزة بين الشعوب التقليدية. كما لوحظ في الدراسات السابقة، نجد أن اللولبية هي سمة من سمات ميكروبات الأمعاء التقليدية. علاوة على ذلك، من خلال إعادة بناء الجينوم (2.2-2.5 ميجابايت، عمق التغطية × 26-513) وتوصيف الإمكانات الوظيفية، نكتشف أن هذه اللولبية متنوعة، وتقع خارج الفروع المسببة للأمراض وتشبه اللولبية السكسينية، وهي مستقلب معروف للكربوهيدرات في الخنازير. توجد الأمعاء اللولبية في الرئيسيات غير البشرية وجميع الشعوب التقليدية التي تمت دراستها حتى الآن، مما يشير إلى أنها متكافلات مفقودة في المجتمعات الحضرية الصناعية.

Translated Description (French)

Des études récentes suggèrent que les microbiomes intestinaux des sociétés urbaines industrialisées sont différents de ceux des peuples traditionnels. Nous examinons ici la relation entre les modes de vie et le microbiote intestinal à travers la caractérisation taxonomique et fonctionnelle potentielle d'échantillons fécaux provenant de communautés de chasseurs-cueilleurs et d'agriculteurs traditionnels au Pérou et d'une communauté urbaine industrialisée des États-Unis. Nous constatons qu'en plus des différences taxonomiques et métaboliques entre les modes de vie urbains et traditionnels, les chasseurs-cueilleurs forment un sous-groupe distinct parmi les peuples traditionnels. Comme observé dans les études précédentes, nous constatons que le tréponème est caractéristique des microbiomes intestinaux traditionnels. De plus, grâce à la reconstruction du génome (2,2-2,5 Mo, profondeur de couverture × 26-513) et à la caractérisation du potentiel fonctionnel, nous découvrons que ces tréponèmes sont divers, sortent des clades pathogènes et sont similaires à Treponema succinifaciens, un métaboliseur connu des glucides chez le porc. On trouve le tréponème intestinal chez les primates non humains et chez tous les peuples traditionnels étudiés à ce jour, ce qui suggère qu'il s'agit de symbiotes perdus dans les sociétés urbaines industrialisées.

Translated Description (Spanish)

Estudios recientes sugieren que los microbiomas intestinales de las sociedades urbanas industrializadas son diferentes a los de los pueblos tradicionales. Aquí examinamos la relación entre las formas de vida y la microbiota intestinal a través de la caracterización potencial taxonómica y funcional de muestras fecales de comunidades de cazadores-recolectores y agricultores tradicionales en Perú y una comunidad urbana-industrializada de los EE. UU. Encontramos que además de las diferencias taxonómicas y metabólicas entre los estilos de vida urbanos y tradicionales, los cazadores-recolectores forman un subgrupo distinto entre los pueblos tradicionales. Como se ha observado en estudios anteriores, encontramos que el Treponema es característico de los microbiomas intestinales tradicionales. Además, a través de la reconstrucción del genoma (2.2-2.5 MB, profundidad de cobertura × 26-513) y la caracterización del potencial funcional, descubrimos que estos Treponema son diversos, quedan fuera de los clados patógenos y son similares a Treponema succinifaciens, un metabolizador de carbohidratos conocido en cerdos. El Treponema intestinal se encuentra en primates no humanos y en todos los pueblos tradicionales estudiados hasta la fecha, lo que sugiere que son simbiontes perdidos en sociedades urbanas industrializadas.

Files

ncomms7505.pdf.pdf

Files (907.2 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:8195a3707454582a0afa28e159dcac4e
907.2 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
استراتيجيات الكفاف في المجتمعات التقليدية تميز ميكروبات الأمعاء
Translated title (French)
Les stratégies de subsistance dans les sociétés traditionnelles distinguent les microbiomes intestinaux
Translated title (Spanish)
Las estrategias de subsistencia en las sociedades tradicionales distinguen los microbiomas intestinales

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2063890406
DOI
10.1038/ncomms7505

Is supplement to
https://openalex.org/W4318967632 (Other)
https://openalex.org/W4315487160 (Other)
https://openalex.org/W3139084279 (Other)
https://openalex.org/W3029664765 (Other)
https://openalex.org/W2620325226 (Other)
https://openalex.org/W2100575456 (Other)
https://openalex.org/W2094726830 (Other)
https://openalex.org/W2047511495 (Other)
https://openalex.org/W2023440367 (Other)
https://openalex.org/W1987476270 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Peru

References

  • https://openalex.org/W1811186957
  • https://openalex.org/W1978904049
  • https://openalex.org/W1988925586
  • https://openalex.org/W2010002522
  • https://openalex.org/W2029811702
  • https://openalex.org/W2045449780
  • https://openalex.org/W2049765765
  • https://openalex.org/W2054407804
  • https://openalex.org/W2055043387
  • https://openalex.org/W2055615060
  • https://openalex.org/W2060485250
  • https://openalex.org/W2069689025
  • https://openalex.org/W2072970694
  • https://openalex.org/W2087278385
  • https://openalex.org/W2087292184
  • https://openalex.org/W2096093282
  • https://openalex.org/W2097107919
  • https://openalex.org/W2105106534
  • https://openalex.org/W2108234281
  • https://openalex.org/W2111829451
  • https://openalex.org/W2111973517
  • https://openalex.org/W2124006710
  • https://openalex.org/W2124351063
  • https://openalex.org/W2130731460
  • https://openalex.org/W2131848047
  • https://openalex.org/W2137460360
  • https://openalex.org/W2139129413
  • https://openalex.org/W2142678478
  • https://openalex.org/W2143365718
  • https://openalex.org/W2144568881
  • https://openalex.org/W2146453644
  • https://openalex.org/W2162088497
  • https://openalex.org/W2166171121
  • https://openalex.org/W2170551349
  • https://openalex.org/W2171571559
  • https://openalex.org/W2911964244
  • https://openalex.org/W4241422942
  • https://openalex.org/W4242729757