Published November 28, 2023 | Version v1
Publication Metadata-only

Metabarcoding dataset of surface microbial eukaryotes in the Western Arctic Ocean (Canada Basin/Beaufort Sea)

Creators

  • 1. University of Exeter
  • 2. University of Oxford
  • 3. University of the Philippines System
  • 4. Université Laval

Description

Fasta file of amplicon sequence variant (ASV) sequences, ASV phylogeny in Newick format, ASV table of relative abundance in samples and table of taxonomic information associated with each ASV. Raw sequence data were processed using DADA2 v1.14 and taxonomic assignment of ASV sequences was done using the PR2 database v4.12.0. The table of standardised environmental metadata (z-scores) is also provided. Additionally, the OTU (98%) table of relative abundances in samples and phylogeny in Newick format is available.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

ملف Fasta لتسلسل متغير الأمبليكون (ASV)، وتطور سلالة ASV بتنسيق Newick، وجدول ASV للوفرة النسبية في العينات وجدول المعلومات التصنيفية المرتبطة بكل ASV. تمت معالجة بيانات التسلسل الخام باستخدام DADA2 v1.14 وتم التعيين التصنيفي لتسلسلات ASV باستخدام قاعدة بيانات PR2 v4.12.0. كما يتم توفير جدول البيانات الوصفية البيئية الموحدة (z - score). بالإضافة إلى ذلك، يتوفر جدول OTU (98 ٪) للوفرة النسبية في العينات والسلالات بتنسيق Newick.

Translated Description (French)

Fichier Fasta des séquences des variants de la séquence de l'amplicon (ASV), phylogénie de l'ASV au format Newick, tableau de l'abondance relative de l'ASV dans les échantillons et tableau des informations taxonomiques associées à chaque ASV. Les données de séquence brutes ont été traitées à l'aide de DADA2 v1.14 et l'attribution taxonomique des séquences ASV a été effectuée à l'aide de la base de données PR2 v4.12.0. Le tableau des métadonnées environnementales normalisées (z-scores) est également fourni. De plus, le tableau OTU (98 %) des abondances relatives dans les échantillons et la phylogénie au format Newick est disponible.

Translated Description (Spanish)

Archivo FATA de secuencias de variantes de secuencias de amplicones (ASV), filogenia de ASV en formato Newick, tabla ASV de abundancia relativa en muestras y tabla de información taxonómica asociada a cada ASV. Los datos de secuencia sin procesar se procesaron utilizando DADA2 v1.14 y la asignación taxonómica de secuencias ASV se realizó utilizando la base de datos Pr2 v4.12.0. También se proporciona la tabla de metadatos ambientales estandarizados (puntuaciones z). Además, está disponible la tabla OTU (98%) de abundancias relativas en muestras y filogenia en formato Newick.

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
مجموعة بيانات الترميز التلوي لحقيقيات النوى الميكروبية السطحية في غرب المحيط المتجمد الشمالي (حوض كندا/بحر بوفورت)
Translated title (French)
Ensemble de données de métabarcodage des eucaryotes microbiens de surface dans l'océan Arctique occidental (bassin du Canada/mer de Beaufort)
Translated title (Spanish)
Metabarcoding dataset of surface microbial eukaryotes in the Western Arctic Ocean (Canada Basin/Beaufort Sea)

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4393692705
DOI
10.5281/zenodo.7612767

Is supplement to
https://openalex.org/W845462333 (Other)
https://openalex.org/W4392434549 (Other)
https://openalex.org/W4252271679 (Other)
https://openalex.org/W3014679048 (Other)
https://openalex.org/W2974996863 (Other)
https://openalex.org/W2908728688 (Other)
https://openalex.org/W2525376455 (Other)
https://openalex.org/W244801747 (Other)
https://openalex.org/W2089208998 (Other)
https://openalex.org/W1495913520 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Philippines