Published October 21, 2019 | Version v1
Publication Open

Genome Report: <i>De novo</i> assembly of a high-quality reference genome for the Horned Lark (<i>Eremophila alpestris</i>)

Creators

  • 1. Cornell University
  • 2. Museum of Vertebrate Zoology
  • 3. University of California, Berkeley
  • 4. Universidad de Los Andes
  • 5. Clínica CES

Description

Abstract The Horned Lark ( Eremophila alpestris ) is a species of small songbird that exhibits remarkable geographic variation in appearance and habitat across an expansive distribution. While E. alpestris and related species have been the focus of many ecological and evolutionary studies, we still lack a highly contiguous genome assembly for horned larks and related taxa (Alaudidae). Here, we present CLO_EAlp_1.0, a highly contiguous assembly for horned larks generated from blood samples of a wild, male bird captured in the Altiplano Cundiboyacense of Colombia. By combining short-insert and mate-pair libraries with the ALLPATHS-LG genome assembly pipeline, we generated a 1.04 Gb assembly comprised of 2708 contigs with an N50 of 10.58 Mb and a L50 of 29. After polishing the genome, we were able to identify 94.5% of single-copy gene orthologs from an Aves data set and 97.7% of single-copy gene orthologs from a vertebrata data set, indicating that our de novo assembly is near complete. We anticipate that this genomic resource will be useful to the broader ornithological community and those interested in studying the evolutionary history and ecological interactions of a widespread, yet understudied lineage of songbirds.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

القبرة المقرنة (Eremophila alpestris) هي نوع من الطيور المغردة الصغيرة التي تظهر تباينًا جغرافيًا ملحوظًا في المظهر والموئل عبر توزيع واسع. في حين أن E. alpestris والأنواع ذات الصلة كانت محور العديد من الدراسات البيئية والتطورية، إلا أننا ما زلنا نفتقر إلى مجموعة جينوم متجاورة للغاية للقباب ذات القرون والأصناف ذات الصلة (Alaudidae). هنا، نقدم CLO_EAlp_1.0، وهو تجمع متجاور للغاية للقباب ذات القرون المتولدة من عينات دم من طائر بري ذكر تم التقاطه في Altiplano Cundiboyacense في كولومبيا. من خلال الجمع بين المكتبات قصيرة الإدراج ومكتبات الأزواج مع خط أنابيب تجميع جينوم ALLPATHS - LG، أنشأنا مجموعة 1.04 جيجابايت تتكون من 2708 جوارًا مع N50 من 10.58 ميجابايت و L50 من 29. بعد تلميع الجينوم، تمكنا من تحديد 94.5 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات AVES و 97.7 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات الفقرات، مما يشير إلى أن تجميعنا الجديد قد أوشك على الانتهاء. نتوقع أن يكون هذا المورد الجيني مفيدًا لمجتمع الطيور الأوسع والمهتمين بدراسة التاريخ التطوري والتفاعلات البيئية لسلالة واسعة النطاق من الطيور المغردة.

Translated Description (French)

Résumé L'Alouette cornée ( Eremophila alpestris ) est une espèce de petit oiseau chanteur qui présente des variations géographiques remarquables en termes d'apparence et d'habitat dans une aire de répartition étendue. Bien que E. alpestris et les espèces apparentées aient fait l'objet de nombreuses études écologiques et évolutives, il nous manque encore un assemblage génomique très contigu pour les alouettes à cornes et les taxons apparentés (Alaudidae). Nous présentons ici CLO_EAlp_1.0, un assemblage très contigu d'alouettes à cornes généré à partir d'échantillons de sang d'un oiseau sauvage mâle capturé dans l'Altiplano Cundiboyacense de Colombie. En combinant des bibliothèques d'inserts courts et de paires de partenaires avec le pipeline d'assemblage du génome ALLPATHS-LG, nous avons généré un assemblage de 1,04 Gb composé de 2708 contigs avec un N50 de 10,58 Mb et un L50 de 29. Après polissage du génome, nous avons pu identifier 94,5 % d'orthologues géniques à copie unique à partir d'un ensemble de données Aves et 97,7 % d'orthologues géniques à copie unique à partir d'un ensemble de données vertébrés, ce qui indique que notre assemblage de novo est presque terminé. Nous prévoyons que cette ressource génomique sera utile à la communauté ornithologique au sens large et à ceux qui s'intéressent à l'étude de l'histoire évolutive et des interactions écologiques d'une lignée d'oiseaux chanteurs répandue, mais peu étudiée.

Translated Description (Spanish)

Resumen La alondra cornuda ( Eremophila alpestris ) es una especie de pequeño pájaro cantor que exhibe una notable variación geográfica en apariencia y hábitat a través de una distribución expansiva. Si bien E. alpestris y especies relacionadas han sido el foco de muchos estudios ecológicos y evolutivos, todavía carecemos de un ensamblaje de genoma altamente contiguo para alondras cornudas y taxones relacionados (Alaudidae). Aquí, presentamos CLO_EAlp_1.0, un conjunto altamente contiguo para alondras cornudas generado a partir de muestras de sangre de un ave macho silvestre capturada en el Altiplano Cundiboyacense de Colombia. Al combinar bibliotecas de insertos cortos y pares de apareamiento con la tubería de ensamblaje del genoma ALLPATHS-LG, generamos un ensamblaje de 1.04 Gb compuesto por 2708 cóntigos con un N50 de 10.58 Mb y un L50 de 29. Después de pulir el genoma, pudimos identificar el 94,5% de los ortólogos de genes de una sola copia de un conjunto de datos de Aves y el 97,7% de los ortólogos de genes de una sola copia de un conjunto de datos de vertebrados, lo que indica que nuestro ensamblaje de novo está casi completo. Anticipamos que este recurso genómico será útil para la comunidad ornitológica en general y para aquellos interesados en estudiar la historia evolutiva y las interacciones ecológicas de un linaje de pájaros cantores generalizado pero poco estudiado.

Files

811745.full.pdf.pdf

Files (184.7 kB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:5b68ec406766490265532d4053687cd0
184.7 kB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تقرير الجينوم<i>: تجميع جديد</i> لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (<i>Eremophila alpestris</i>)
Translated title (French)
Rapport sur le génome&nbsp;: Assemblage de <i>novo</i> d'un génome de référence de haute qualité pour l'Alouette cornée (<i>Eremophila alpestris</i>)
Translated title (Spanish)
Informe del genoma: Ensamblaje de <i>novo</i> de un genoma de referencia de alta calidad para la alondra cornuda (<i>Eremophila alpestris</i>)

Identifiers

Other
https://openalex.org/W2980461123
DOI
10.1101/811745

Is supplement to
https://openalex.org/W54719527 (Other)
https://openalex.org/W4381279187 (Other)
https://openalex.org/W4250462852 (Other)
https://openalex.org/W3167837387 (Other)
https://openalex.org/W2885619582 (Other)
https://openalex.org/W2380089835 (Other)
https://openalex.org/W2163302769 (Other)
https://openalex.org/W2089480001 (Other)
https://openalex.org/W2020006618 (Other)
https://openalex.org/W1973073311 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Colombia

References

  • https://openalex.org/W1982855075
  • https://openalex.org/W1986227201
  • https://openalex.org/W1988447947
  • https://openalex.org/W2022986961
  • https://openalex.org/W2037412015
  • https://openalex.org/W2068021352
  • https://openalex.org/W2081104942
  • https://openalex.org/W2087508554
  • https://openalex.org/W2101466802
  • https://openalex.org/W2103441770
  • https://openalex.org/W2108234281
  • https://openalex.org/W2118970626
  • https://openalex.org/W2119837484
  • https://openalex.org/W2122876253
  • https://openalex.org/W2131648469
  • https://openalex.org/W2135621733
  • https://openalex.org/W2137756176
  • https://openalex.org/W2141748016
  • https://openalex.org/W2142678478
  • https://openalex.org/W2142749416
  • https://openalex.org/W2155628349
  • https://openalex.org/W2327409469
  • https://openalex.org/W2514921635
  • https://openalex.org/W2529838505
  • https://openalex.org/W2624171075
  • https://openalex.org/W2753532849
  • https://openalex.org/W2802901719
  • https://openalex.org/W2808352813
  • https://openalex.org/W2906966778
  • https://openalex.org/W2951257985
  • https://openalex.org/W2971754282
  • https://openalex.org/W2975114333
  • https://openalex.org/W3102220209
  • https://openalex.org/W4302844260