Published January 14, 2023
| Version v1
Publication
Open
A high-quality chromosome-level genome assembly of rohu carp,<i>Labeo rohita</i>, and its utilization in SNP-based exploration of gene flow and sex determination
Creators
- 1. Mississippi State University
- 2. Iowa State University
- 3. Bangladesh Agricultural University
- 4. WorldFish
Description
Labeo rohita (rohu) is a carp important to aquaculture in South Asia, with a production volume close to Atlantic salmon. While genetic improvements to rohu are ongoing, the genomic methods commonly used in other aquaculture improvement programs have historically been precluded in rohu, partially due to the lack of a high-quality reference genome. Here we present a high-quality de novo genome produced using a combination of next-generation sequencing technologies, resulting in a 946 Mb genome consisting of 25 chromosomes and 2,844 unplaced scaffolds. Notably, while approximately half the size of the existing genome sequence, our genome represents 97.9% of the genome size newly estimated here using flow cytometry. Sequencing from 120 individuals was used in conjunction with this genome to predict the population structure, diversity, and divergence in three major rivers (Jamuna, Padma, and Halda), in addition to infer a likely sex determination mechism in rohu. These results demonstrate the utility of the new rohu genome in modernizing some aspects of rohu genetic improvement programs.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
Labeo rohita (rohu) هو شبوط مهم لتربية الأحياء المائية في جنوب آسيا، بحجم إنتاج قريب من سمك السلمون الأطلسي. في حين أن التحسينات الجينية للروهو مستمرة، فإن الطرق الجينية المستخدمة بشكل شائع في برامج تحسين الاستزراع المائي الأخرى قد تم استبعادها تاريخيًا في الروهو، ويرجع ذلك جزئيًا إلى عدم وجود جينوم مرجعي عالي الجودة. نقدم هنا جينوم دي نوفو عالي الجودة تم إنتاجه باستخدام مزيج من تقنيات التسلسل من الجيل التالي، مما أدى إلى جينوم 946 ميجابايت يتكون من 25 كروموسوم و 2844 سقالة غير موضوعة. والجدير بالذكر أنه في حين أن ما يقرب من نصف حجم تسلسل الجينوم الموجود، فإن جينومنا يمثل 97.9 ٪ من حجم الجينوم المقدر حديثًا هنا باستخدام قياس التدفق الخلوي. تم استخدام التسلسل من 120 فردًا بالتزامن مع هذا الجينوم للتنبؤ بالبنية السكانية والتنوع والاختلاف في ثلاثة أنهار رئيسية (جامونا وبادما وهالدا)، بالإضافة إلى استنتاج آلية تحديد الجنس المحتملة في روهو. تُظهر هذه النتائج فائدة جينوم الروهو الجديد في تحديث بعض جوانب برامج التحسين الوراثي للروهو.Translated Description (French)
Labeo rohita (rohu) est une carpe importante pour l'aquaculture en Asie du Sud, avec un volume de production proche du saumon atlantique. Bien que les améliorations génétiques du rohu soient en cours, les méthodes génomiques couramment utilisées dans d'autres programmes d'amélioration de l'aquaculture ont toujours été exclues du rohu, en partie en raison de l'absence d'un génome de référence de haute qualité. Nous présentons ici un génome de novo de haute qualité produit à l'aide d'une combinaison de technologies de séquençage de nouvelle génération, résultant en un génome de 946 Mb composé de 25 chromosomes et de 2 844 échafaudages non placés. Notamment, alors qu'environ la moitié de la taille de la séquence génomique existante, notre génome représente 97,9% de la taille du génome nouvellement estimée ici en utilisant la cytométrie de flux. Le séquençage de 120 individus a été utilisé en conjonction avec ce génome pour prédire la structure de la population, la diversité et la divergence dans trois grands fleuves (Jamuna, Padma et Halda), en plus d'inférer un probable mécanisme de détermination du sexe chez le rohu. Ces résultats démontrent l'utilité du nouveau génome du rohu dans la modernisation de certains aspects des programmes d'amélioration génétique du rohu.Translated Description (Spanish)
Labeo rohita (rohu) es una carpa importante para la acuicultura en el sur de Asia, con un volumen de producción cercano al salmón del Atlántico. Si bien las mejoras genéticas al rohu están en curso, los métodos genómicos comúnmente utilizados en otros programas de mejora de la acuicultura se han excluido históricamente en el rohu, en parte debido a la falta de un genoma de referencia de alta calidad. Aquí presentamos un genoma de novo de alta calidad producido utilizando una combinación de tecnologías de secuenciación de próxima generación, lo que resulta en un genoma de 946 Mb que consta de 25 cromosomas y 2.844 andamios no colocados. En particular, aunque aproximadamente la mitad del tamaño de la secuencia del genoma existente, nuestro genoma representa el 97,9% del tamaño del genoma recién estimado aquí mediante citometría de flujo. La secuenciación de 120 individuos se utilizó junto con este genoma para predecir la estructura de la población, la diversidad y la divergencia en tres ríos principales (Jamuna, Padma y Halda), además de inferir un probable mecanismo de determinación del sexo en rohu. Estos resultados demuestran la utilidad del nuevo genoma de rohu en la modernización de algunos aspectos de los programas de mejora genética de rohu.Files
jkad009.pdf.pdf
Files
(93 Bytes)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
|
93 Bytes | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- تجميع جينوم عالي الجودة على مستوى الكروموسوم لسمك الشبوط روهو،<i>Labeo rohita</i>، واستخدامه في الاستكشاف القائم على SNP لتدفق الجينات وتحديد الجنس
- Translated title (French)
- Un assemblage génomique de haute qualité au niveau chromosomique de la carpe rohu,<i>Labeo rohita</i>, et son utilisation dans l'exploration basée sur le SNP du flux génique et de la détermination du sexe
- Translated title (Spanish)
- Un ensamblaje del genoma a nivel cromosómico de alta calidad de la carpa rohu,<i>Labeo rohita</i>, y su utilización en la exploración basada en SNP del flujo génico y la determinación del sexo
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W4315977633
- DOI
- 10.1093/g3journal/jkad009
References
- https://openalex.org/W1487554690
- https://openalex.org/W1491162316
- https://openalex.org/W1504726546
- https://openalex.org/W1528053196
- https://openalex.org/W1976167484
- https://openalex.org/W1982855075
- https://openalex.org/W1982888816
- https://openalex.org/W1996689072
- https://openalex.org/W2017160962
- https://openalex.org/W2032078813
- https://openalex.org/W2044454023
- https://openalex.org/W2057485008
- https://openalex.org/W2065467877
- https://openalex.org/W2096128575
- https://openalex.org/W2099753867
- https://openalex.org/W2100305481
- https://openalex.org/W2101291993
- https://openalex.org/W2102190537
- https://openalex.org/W2102619694
- https://openalex.org/W2107530674
- https://openalex.org/W2110748202
- https://openalex.org/W2122888731
- https://openalex.org/W2126419817
- https://openalex.org/W2131271579
- https://openalex.org/W2142678478
- https://openalex.org/W2143485490
- https://openalex.org/W2144504271
- https://openalex.org/W2171751600
- https://openalex.org/W2418447146
- https://openalex.org/W2563823796
- https://openalex.org/W2564827734
- https://openalex.org/W2575750030
- https://openalex.org/W2582743722
- https://openalex.org/W2589379462
- https://openalex.org/W2789843538
- https://openalex.org/W2949086752
- https://openalex.org/W2949891274
- https://openalex.org/W2950986437
- https://openalex.org/W2951278111
- https://openalex.org/W2952908383
- https://openalex.org/W2956958527
- https://openalex.org/W2959872456
- https://openalex.org/W2964849163
- https://openalex.org/W2969330652
- https://openalex.org/W2980212815
- https://openalex.org/W2988396470
- https://openalex.org/W2990427812
- https://openalex.org/W2992976869
- https://openalex.org/W2995527562
- https://openalex.org/W2998268114
- https://openalex.org/W2999466628
- https://openalex.org/W3017049640
- https://openalex.org/W3017461113
- https://openalex.org/W3026197541
- https://openalex.org/W3034633526
- https://openalex.org/W3045058472
- https://openalex.org/W3082052676
- https://openalex.org/W3112376646
- https://openalex.org/W3119887886
- https://openalex.org/W3119984181
- https://openalex.org/W3120572454
- https://openalex.org/W3123129704
- https://openalex.org/W3131055609
- https://openalex.org/W3186309583
- https://openalex.org/W3201432004
- https://openalex.org/W3217106791
- https://openalex.org/W4206915833
- https://openalex.org/W4213076626
- https://openalex.org/W42285119
- https://openalex.org/W4311928790
- https://openalex.org/W4312085455
- https://openalex.org/W4394666350