Published January 4, 2021 | Version v1
Publication Open

The identification and determination of toxin genes of Vibrio strains causing hemorrhagic disease on red drum (Sciaenops ocellatus) using PCR

Creators

  • 1. Hue University of Agriculture and Forestry
  • 2. Hue University

Description

Abstract Data were collected from 30 strains of Vibrio and sampled on different organs (brain, hemorrhagic site and digestive tract) of Sciaenops ocellatus infection. The results showed that the nucleotide sequences 16S rRNA region are highly similar to those of V. alginolyticus , V. azureus , V. fluvialis, V. natriengens and V. orientalis, which were published on Genbank and other, ranging from 98.05 to 100%. The digestive tract has the most common Vibrio strains ( V. alginolyticus [16] V. azureu s [7] and V. fluvialis ). Thereout, 25 of 30 strains of Vibrio contained 1 to 3 toxin genes, except V. parahaemolyticus . Six parameters were used to measure the DNA polymorphism of 33 homologous DNA sequences in this Vibrio bacteria population. The results indicated that number of separate polymorphic sites (S), total number of mutant sites (Eta), number of haplotype (h), haplotype diversity (Hd), average number of nucleotide differences (k), nucleotide diversity (Pi) were 98 (S), 103 (Eta), 9 (h), 0.887 ± 0.032 (Hd), 25.789 (k) and 17.980 × 10–3 ± 0.003 (Pi), respectively (P < 0,05). The G + C content above 1434 sites positions of nucleotide sequences accounted for 0.542. The phylogenetic tree showed that these strains are divided into six groups. As observed, the appearance of isolated Vibrio on 3 organs of fish ( S. ocellatus ) hemorrhagic are V. azureus (27,67%), V. alginolyticus (50%), V. orientalis (6,67%) and V. fluvialis (16,67%). Through this result, we found that the diversity of Vibrio species that appeared on the red drum was used in the 16S rRNA region and the presence of toxin genes in these Vibrio species.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تم جمع البيانات المجردة من 30 سلالة من الضمة وأخذ عينات من أعضاء مختلفة (الدماغ والموقع النزفي والجهاز الهضمي) من عدوى Sciaenops ocellatus. أظهرت النتائج أن متواليات النوكليوتيدات 16S rRNA تشبه إلى حد كبير متواليات V. alginolyticus و V. azureus و V. fluvialis و V. natriengens و V. orientalis، والتي تم نشرها على Genbank وغيرها، والتي تتراوح من 98.05 إلى 100 ٪. يحتوي الجهاز الهضمي على سلالات الضمة الأكثر شيوعًا ( V. alginolyticus [16] V. azureu s [7] و V. fluvialis ). هناك، 25 من أصل 30 سلالة من الضمة تحتوي على 1 إلى 3 جينات سامة، باستثناء V. parahaemolyticus . تم استخدام ستة معلمات لقياس تعدد أشكال الحمض النووي لـ 33 تسلسل حمض نووي متماثل في مجموعة بكتيريا الضمة هذه. أشارت النتائج إلى أن عدد المواقع المنفصلة متعددة الأشكال (S)، والعدد الإجمالي للمواقع المتحولة (ETA)، وعدد الأنماط الفردية (h)، وتنوع الأنماط الفردية (Hd)، ومتوسط عدد اختلافات النيوكليوتيدات (k)، وتنوع النيوكليوتيدات (Pi) كان 98 (S)، 103 (ETA)، 9 (h)، 0.887 ± 0.032 (Hd)، 25.789 (k) و 17.980 × 10–3 ± 0.003 (Pi)، على التوالي (P < 0,05). يمثل محتوى G + C فوق 1434 موقعًا لمواقع متواليات النيوكليوتيدات 0.542. أظهرت شجرة تطور السلالات أن هذه السلالات تنقسم إلى ست مجموعات. كما لوحظ، فإن ظهور الضمة المعزولة على 3 أعضاء من الأسماك ( S. ocellatus ) النزفية هي V. azureus (27,67 ٪)، V. alginolyticus (50 ٪)، V. orientalis (6,67 ٪) و V. fluvialis (16,67 ٪). من خلال هذه النتيجة، وجدنا أن تنوع أنواع الضمة التي ظهرت على الأسطوانة الحمراء تم استخدامه في منطقة الحمض النووي الريبوزي الريبوزي 16S ووجود جينات سامة في هذه الأنواع من الضمة.

Translated Description (French)

Résumé Les données ont été recueillies auprès de 30 souches de Vibrio et échantillonnées sur différents organes (cerveau, site hémorragique et tube digestif) de l'infection à Sciaenops ocellatus. Les résultats ont montré que les séquences nucléotidiques de la région de l'ARNr 16S sont très similaires à celles de V. alginolyticus , V. azureus , V. fluvialis, V. natriengens et V. orientalis, qui ont été publiées sur Genbank et autres, allant de 98,05 à 100 %. Le tube digestif présente les souches de Vibrio les plus courantes ( V. alginolyticus [16], V. azureu s [7] et V. fluvialis ). Au total, 25 des 30 souches de Vibrio contenaient 1 à 3 gènes de toxine, à l'exception de V. parahaemolyticus . Six paramètres ont été utilisés pour mesurer le polymorphisme de l'ADN de 33 séquences d'ADN homologues dans cette population de bactéries Vibrio. Les résultats ont indiqué que le nombre de sites polymorphes séparés (S), le nombre total de sites mutants (Eta), le nombre d'haplotypes (h), la diversité des haplotypes (Hd), le nombre moyen de différences nucléotidiques (k), la diversité nucléotidique (Pi) étaient respectivement de 98 (S), 103 (Eta), 9 (h), 0,887 ± 0,032 (Hd), 25,789 (k) et 17,980 × 10–3 ± 0,003 (Pi) (P < 0,05). La teneur en G + C au-dessus de 1434 positions de sites de séquences nucléotidiques représentait 0,542. L'arbre phylogénétique a montré que ces souches sont divisées en six groupes. Comme observé, l'apparition de Vibrio isolé sur 3 organes de poissons ( S. ocellatus ) hémorragiques sont V. azureus (27,67%), V. alginolyticus (50%), V. orientalis (6,67%) et V. fluvialis (16,67%). Grâce à ce résultat, nous avons constaté que la diversité des espèces de Vibrio apparues sur le tambour rouge était utilisée dans la région de l'ARNr 16S et la présence de gènes de toxine chez ces espèces de Vibrio.

Translated Description (Spanish)

Resumen Se recopilaron datos de 30 cepas de Vibrio y se tomaron muestras de diferentes órganos (cerebro, sitio hemorrágico y tracto digestivo) de la infección por Sciaenops ocellatus. Los resultados mostraron que las secuencias de nucleótidos de la región ARNr 16S son muy similares a las de V. alginolyticus , V. azureus , V. fluvialis, V. natriengens y V. orientalis, que se publicaron en Genbank y otros, que van desde 98.05 a 100%. El tracto digestivo tiene las cepas más comunes de Vibrio ( V. alginolyticus [16] V. azureus [7] y V. fluvialis ). Sin embargo, 25 de las 30 cepas de Vibrio contenían de 1 a 3 genes de toxinas, excepto V. parahaemolyticus . Se utilizaron seis parámetros para medir el polimorfismo de ADN de 33 secuencias de ADN homólogas en esta población de bacterias Vibrio. Los resultados indicaron que el número de sitios polimórficos separados (S), el número total de sitios mutantes (Eta), el número de haplotipos (h), la diversidad de haplotipos (Hd), el número promedio de diferencias de nucleótidos (k), la diversidad de nucleótidos (Pi) fueron 98 (S), 103 (Eta), 9 (h), 0.887 ± 0.032 (Hd), 25.789 (k) y 17.980 × 10–3 ± 0.003 (Pi), respectivamente (P < 0,05). El contenido de G + C por encima de 1434 posiciones de sitios de secuencias de nucleótidos representó 0.542. El árbol filogenético mostró que estas cepas se dividen en seis grupos. Como se observa, la aparición de Vibrio aislado en 3 órganos de peces ( S. ocellatus ) hemorrágicos son V. azureus (27,67%), V. alginolyticus (50%), V. orientalis (6,67%) y V. fluvialis (16,67%). A través de este resultado, encontramos que la diversidad de especies de Vibrio que aparecieron en el tambor rojo se utilizó en la región de ARNr 16S y la presencia de genes de toxinas en estas especies de Vibrio.

Files

s13568-020-01161-w.pdf

Files (1.2 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:b644cbade5d579d36b4f43832d1d1d01
1.2 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تحديد وتحديد الجينات السامة لسلالات الضمة المسببة للمرض النزفي على الأسطوانة الحمراء (Sciaenops ocellatus) باستخدام PCR
Translated title (French)
L'identification et la détermination des gènes de toxine des souches de Vibrio causant une maladie hémorragique sur le tambour rouge (Sciaenops ocellatus) à l'aide de la PCR
Translated title (Spanish)
La identificación y determinación de genes de toxinas de cepas de Vibrio que causan enfermedad hemorrágica en el tambor rojo (Sciaenops ocellatus) mediante PCR

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3116044023
DOI
10.1186/s13568-020-01161-w

Is supplement to
https://openalex.org/W2993222151 (Other)
https://openalex.org/W2782471151 (Other)
https://openalex.org/W2549762511 (Other)
https://openalex.org/W2424504066 (Other)
https://openalex.org/W2398560202 (Other)
https://openalex.org/W2395683811 (Other)
https://openalex.org/W2394792867 (Other)
https://openalex.org/W2259762711 (Other)
https://openalex.org/W1983851482 (Other)
https://openalex.org/W1545783162 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Vietnam

References

  • https://openalex.org/W1644456518
  • https://openalex.org/W1972613341
  • https://openalex.org/W1975662202
  • https://openalex.org/W2013753628
  • https://openalex.org/W2014403186
  • https://openalex.org/W2022552933
  • https://openalex.org/W2030966943
  • https://openalex.org/W2046323146
  • https://openalex.org/W2090243301
  • https://openalex.org/W2097382368
  • https://openalex.org/W2109717217
  • https://openalex.org/W2112704704
  • https://openalex.org/W2121677860
  • https://openalex.org/W2132393729
  • https://openalex.org/W2140784970
  • https://openalex.org/W2159480438
  • https://openalex.org/W2229604057
  • https://openalex.org/W2799524357
  • https://openalex.org/W2806630094
  • https://openalex.org/W2959100526
  • https://openalex.org/W2991320872
  • https://openalex.org/W3007879133
  • https://openalex.org/W3029165223
  • https://openalex.org/W4235103064