Published December 17, 2020 | Version v1
Publication Open

Evaluation of Pneumococcal Serotyping of Nasopharyngeal-Carriage Isolates by Latex Agglutination, Whole-Genome Sequencing (PneumoCaT), and DNA Microarray in a High-Pneumococcal-Carriage-Prevalence Population in Malawi

Creators

  • 1. Malawi-Liverpool-Wellcome Trust Clinical Research Programme
  • 2. University of Liverpool
  • 3. University College London
  • 4. Johns Hopkins University
  • 5. University of Malawi
  • 6. The Queen's Medical Research Institute
  • 7. University of Edinburgh
  • 8. Ministry of Health
  • 9. St George's, University of London

Description

Accurate assessment of the serotype distribution associated with pneumococcal colonization and disease is essential for evaluating and formulating pneumococcal vaccines and for informing vaccine policy. For this reason, we evaluated the concordance between pneumococcal serotyping results by latex agglutination, whole-genome sequencing (WGS) with PneumoCaT, and DNA microarray for samples from community carriage surveillance in Blantyre, Malawi. Nasopharyngeal swabs were collected according to WHO recommendations between 2015 and 2017 by using stratified random sampling among study populations.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

يعد التقييم الدقيق لتوزيع النمط المصلي المرتبط باستعمار المكورات الرئوية ومرضها أمرًا ضروريًا لتقييم وصياغة لقاحات المكورات الرئوية ولإبلاغ سياسة اللقاح. لهذا السبب، قمنا بتقييم التوافق بين نتائج التنميط المصلي للمكورات الرئوية عن طريق تراص اللاتكس، وتسلسل الجينوم الكامل (WGS) مع PneumoCaT، ومصفوفة الحمض النووي الدقيقة للعينات من مراقبة النقل المجتمعي في بلانتاير، ملاوي. تم جمع مسحات البلعوم الأنفي وفقًا لتوصيات منظمة الصحة العالمية بين عامي 2015 و 2017 باستخدام عينات عشوائية طبقية بين مجموعات الدراسة.

Translated Description (French)

Une évaluation précise de la distribution des sérotypes associée à la colonisation et à la maladie par le pneumocoque est essentielle pour évaluer et formuler les vaccins antipneumococciques et pour éclairer la politique vaccinale. Pour cette raison, nous avons évalué la concordance entre les résultats du sérotypage du pneumocoque par agglutination au latex, le séquençage du génome entier (WGS) avec PneumoCaT et le microréseau d'ADN pour les échantillons provenant de la surveillance du transport communautaire à Blantyre, au Malawi. Des écouvillons nasopharyngés ont été collectés selon les recommandations de l'OMS entre 2015 et 2017 en utilisant un échantillonnage aléatoire stratifié parmi les populations de l'étude.

Translated Description (Spanish)

La evaluación precisa de la distribución del serotipo asociada con la colonización neumocócica y la enfermedad es esencial para evaluar y formular vacunas neumocócicas y para informar la política de vacunas. Por esta razón, evaluamos la concordancia entre los resultados de serotipificación neumocócica por aglutinación de látex, secuenciación del genoma completo (WGS) con PneumoCaT y micromatriz de ADN para muestras de vigilancia de transporte comunitario en Blantyre, Malawi. Los hisopos nasofaríngeos se recolectaron de acuerdo con las recomendaciones de la OMS entre 2015 y 2017 mediante el uso de muestreo aleatorio estratificado entre las poblaciones de estudio.

Files

Journal%20of%20Clinical%20Microbiology-2020-Swarthout-JCM.02103-20.full.pdf.pdf

Files (1.2 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:174e448cff904cadbc26953fc129d74a
1.2 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
تقييم التنميط المصلي للمكورات الرئوية لعزلات نقل البلعوم الأنفي عن طريق تراص اللاتكس، وتسلسل الجينوم الكامل (PneumoCaT)، ومصفوفة الحمض النووي الدقيقة في مجموعة عالية الانتشار من المكورات الرئوية في ملاوي
Translated title (French)
Evaluation of Pneumococcal Serotyping of Nasopharyngeal-Carriage Isolates by Latex Agglutination, Whole-Genome Sequencing (PneumoCaT), and DNA Microarray in a High-Pneumococcal-Carriage-Prevalence Population in Malawi
Translated title (Spanish)
Evaluación del serotipado neumocócico de aislados de transporte nasofaríngeo mediante aglutinación con látex, secuenciación del genoma completo (PneumoCaT) y micromatriz de ADN en una población de alta prevalencia de transporte neumocócico en Malawi

Identifiers

Other
https://openalex.org/W3094286739
DOI
10.1128/jcm.02103-20

Is supplement to
https://openalex.org/W4289711865 (Other)
https://openalex.org/W4251126559 (Other)
https://openalex.org/W4236759531 (Other)
https://openalex.org/W3041790489 (Other)
https://openalex.org/W2808407520 (Other)
https://openalex.org/W2218750465 (Other)
https://openalex.org/W2084990120 (Other)
https://openalex.org/W2059763361 (Other)
https://openalex.org/W1892260341 (Other)
https://openalex.org/W1601684588 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Malawi

References

  • https://openalex.org/W1964697646
  • https://openalex.org/W1971205889
  • https://openalex.org/W1971935056
  • https://openalex.org/W1987447861
  • https://openalex.org/W2024826193
  • https://openalex.org/W2033905576
  • https://openalex.org/W2037422530
  • https://openalex.org/W2043801100
  • https://openalex.org/W2075467457
  • https://openalex.org/W2098332275
  • https://openalex.org/W2137984629
  • https://openalex.org/W2147711865
  • https://openalex.org/W2150562212
  • https://openalex.org/W2157583453
  • https://openalex.org/W2158109932
  • https://openalex.org/W2166348867
  • https://openalex.org/W2180378587
  • https://openalex.org/W2411476636
  • https://openalex.org/W2520501427
  • https://openalex.org/W2808668519
  • https://openalex.org/W2889824384
  • https://openalex.org/W2952568525
  • https://openalex.org/W3023870144
  • https://openalex.org/W3094286739
  • https://openalex.org/W4230710519
  • https://openalex.org/W4240765269
  • https://openalex.org/W65113864