Published February 1, 2020
| Version v1
Publication
Open
<i>De Novo</i> Assembly of a High-Quality Reference Genome for the Horned Lark (<i>Eremophila alpestris</i>)
- 1. Cornell University
- 2. Museum of Vertebrate Zoology
- 3. University of California, Berkeley
- 4. Universidad de Los Andes
- 5. Clínica CES
Description
The Horned Lark (Eremophila alpestris) is a small songbird that exhibits remarkable geographic variation in appearance and habitat across an expansive distribution. While E. alpestris has been the focus of many ecological and evolutionary studies, we still lack a highly contiguous genome assembly for the Horned Lark and related taxa (Alaudidae). Here, we present CLO_EAlp_1.0, a highly contiguous assembly for E. alpestris generated from a blood sample of a wild, male bird captured in the Altiplano Cundiboyacense of Colombia. By combining short-insert and mate-pair libraries with the ALLPATHS-LG genome assembly pipeline, we generated a 1.04 Gb assembly comprised of 2713 scaffolds, with a largest scaffold size of 31.81 Mb, a scaffold N50 of 9.42 Mb, and a scaffold L50 of 30. These scaffolds were assembled from 23685 contigs, with a largest contig size of 1.69 Mb, a contig N50 of 193.81 kb, and a contig L50 of 1429. Our assembly pipeline also produced a single mitochondrial DNA contig of 14.00 kb. After polishing the genome, we identified 94.5% of single-copy gene orthologs from an Aves data set and 97.7% of single-copy gene orthologs from a vertebrata data set, which further demonstrates the high quality of our assembly. We anticipate that this genomic resource will be useful to the broader ornithological community and those interested in studying the evolutionary history and ecological interactions of larks, which comprise a widespread, yet understudied lineage of songbirds.
Translated Descriptions
⚠️
This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%
Translated Description (Arabic)
قبرة القرن (Eremophila alpestris) هي طائر مغرد صغير يظهر تباينًا جغرافيًا ملحوظًا في المظهر والموئل عبر توزيع واسع. في حين أن E. alpestris كان محور العديد من الدراسات البيئية والتطورية، إلا أننا ما زلنا نفتقر إلى مجموعة جينوم متجاورة للغاية للقبرة المقرنة والأصناف ذات الصلة (Alaudidae). هنا، نقدم CLO_EAlp_1.0، وهو تجمع متجاور للغاية لـ E. alpestris تم توليده من عينة دم من طائر بري ذكر تم التقاطه في Altiplano Cundiboyacense في كولومبيا. من خلال الجمع بين المكتبات قصيرة الإدراج ومكتبات الأزواج مع خط أنابيب تجميع جينوم ALLPATHS - LG، أنشأنا مجموعة 1.04 جيجابايت تتكون من 2713 سقالة، مع أكبر حجم سقالة يبلغ 31.81 ميجابايت، وسقالة N50 تبلغ 9.42 ميجابايت، وسقالة L50 تبلغ 30. تم تجميع هذه السقالات من 23685 مجاور، مع أكبر حجم مجاور يبلغ 1.69 ميجابايت، و N50 مجاور يبلغ 193.81 كيلوبايت، و L50 مجاور لعام 1429. أنتج خط أنابيب التجميع الخاص بنا أيضًا اتصالًا واحدًا للحمض النووي للميتوكوندريا يبلغ 14.00 كيلو بايت. بعد تلميع الجينوم، حددنا 94.5 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات AVES و 97.7 ٪ من تقويم العظام الجيني أحادي النسخة من مجموعة بيانات الفقرات، مما يدل على الجودة العالية لتجميعنا. نتوقع أن يكون هذا المورد الجيني مفيدًا لمجتمع الطيور الأوسع والمهتمين بدراسة التاريخ التطوري والتفاعلات البيئية للقبور، والتي تشكل سلالة واسعة النطاق، ولكن غير مدروسة من الطيور المغردة.Translated Description (French)
L'Alouette cornée (Eremophila alpestris) est un petit oiseau chanteur qui présente des variations géographiques remarquables en termes d'apparence et d'habitat sur une vaste aire de répartition. Bien que E. alpestris ait fait l'objet de nombreuses études écologiques et évolutives, il nous manque encore un assemblage génomique très contigu pour l'Alouette hausse-col et les taxons apparentés (Alaudidae). Ici, nous présentons CLO_EAlp_1.0, un assemblage très contigu pour E. alpestris généré à partir d'un échantillon de sang d'un oiseau sauvage mâle capturé dans l'Altiplano Cundiboyacense de Colombie. En combinant des bibliothèques d'inserts courts et de paires de partenaires avec le pipeline d'assemblage du génome ALLPATHS-LG, nous avons généré un assemblage de 1,04 Gb composé de 2713 échafaudages, avec une plus grande taille d'échafaudage de 31,81 Mb, un échafaudage N50 de 9,42 Mb et un échafaudage L50 de 30. Ces échafaudages ont été assemblés à partir de 23685 contigs, avec une plus grande taille de contig de 1,69 Mb, un contig N50 de 193,81 kb et un contig L50 de 1429. Notre pipeline d'assemblage a également produit un seul contig d'ADN mitochondrial de 14,00 kb. Après polissage du génome, nous avons identifié 94,5 % d'orthologues géniques à copie unique à partir d'un ensemble de données Aves et 97,7 % d'orthologues géniques à copie unique à partir d'un ensemble de données Vertébrés, ce qui démontre davantage la haute qualité de notre assemblage. Nous prévoyons que cette ressource génomique sera utile à la communauté ornithologique au sens large et à ceux qui s'intéressent à l'étude de l'histoire évolutive et des interactions écologiques des alouettes, qui constituent une lignée d'oiseaux chanteurs répandue, mais peu étudiée.Translated Description (Spanish)
La alondra cornuda (Eremophila alpestris) es un pequeño pájaro cantor que exhibe una notable variación geográfica en apariencia y hábitat en una distribución expansiva. Si bien E. alpestris ha sido el foco de muchos estudios ecológicos y evolutivos, todavía carecemos de un ensamblaje del genoma altamente contiguo para la alondra cornuda y los taxones relacionados (Alaudidae). Aquí, presentamos CLO_EAlp_1.0, un ensamblaje altamente contiguo para E. alpestris generado a partir de una muestra de sangre de un ave macho silvestre capturada en el Altiplano Cundiboyacense de Colombia. Al combinar bibliotecas de insertos cortos y pares de apareamiento con la tubería de ensamblaje del genoma ALLPATHS-LG, generamos un ensamblaje de 1.04 Gb compuesto por 2713 andamios, con un tamaño de andamio más grande de 31.81 Mb, un andamio N50 de 9.42 Mb y un andamio L50 de 30. Estos andamios se ensamblaron a partir de 23685 cóntigos, con un tamaño de cóntigo más grande de 1.69 Mb, un cóntigo N50 de 193.81 kb y un cóntigo L50 de 1429. Nuestra tubería de ensamblaje también produjo un único cóntigo de ADN mitocondrial de 14.00 kb. Después de pulir el genoma, identificamos el 94,5% de los ortólogos de genes de una sola copia de un conjunto de datos de Aves y el 97,7% de los ortólogos de genes de una sola copia de un conjunto de datos de vertebrados, lo que demuestra aún más la alta calidad de nuestro ensamblaje. Anticipamos que este recurso genómico será útil para la comunidad ornitológica en general y para aquellos interesados en estudiar la historia evolutiva y las interacciones ecológicas de las alondras, que comprenden un linaje de pájaros cantores generalizado pero poco estudiado.Files
g3journal0475.pdf.pdf
Files
(93 Bytes)
| Name | Size | Download all |
|---|---|---|
|
md5:b0d506893d4802090edf1644f5f082cd
|
93 Bytes | Preview Download |
Additional details
Additional titles
- Translated title (Arabic)
- مجموعة <i>دي نوفو</i> لجينوم مرجعي عالي الجودة للقبرة القرنية (<i>Eremophila alpestris</i>)
- Translated title (French)
- Assemblage <i>De Novo</i> d'un génome de référence de haute qualité pour l'Alouette cornée (<i>Eremophila alpestris</i>)
- Translated title (Spanish)
- Ensamblaje de<i> novo</i> de un genoma de referencia de alta calidad para la alondra cornuda (<i>Eremophila alpestris</i>)
Identifiers
- Other
- https://openalex.org/W2995922597
- DOI
- 10.1534/g3.119.400846
References
- https://openalex.org/W1982855075
- https://openalex.org/W1986227201
- https://openalex.org/W1988447947
- https://openalex.org/W2022986961
- https://openalex.org/W2037412015
- https://openalex.org/W2068021352
- https://openalex.org/W2081104942
- https://openalex.org/W2087508554
- https://openalex.org/W2103441770
- https://openalex.org/W2108234281
- https://openalex.org/W2118970626
- https://openalex.org/W2119837484
- https://openalex.org/W2122876253
- https://openalex.org/W2131648469
- https://openalex.org/W2135621733
- https://openalex.org/W2137756176
- https://openalex.org/W2141748016
- https://openalex.org/W2142678478
- https://openalex.org/W2142749416
- https://openalex.org/W2155628349
- https://openalex.org/W2327409469
- https://openalex.org/W2442179356
- https://openalex.org/W2514921635
- https://openalex.org/W2529838505
- https://openalex.org/W2535995078
- https://openalex.org/W2624171075
- https://openalex.org/W2753532849
- https://openalex.org/W2769044480
- https://openalex.org/W2802901719
- https://openalex.org/W2906966778
- https://openalex.org/W2951257985
- https://openalex.org/W2971754282
- https://openalex.org/W2975114333
- https://openalex.org/W3084343522
- https://openalex.org/W3102220209
- https://openalex.org/W4297723515