Published July 21, 2023 | Version v1
Publication Open

Genomic assessment of invasion dynamics of SARS-CoV-2 Omicron BA.1

Creators

  • 1. University of Oxford
  • 2. University of Edinburgh
  • 3. Helix (United States)
  • 4. University of Exeter
  • 5. Institut Pasteur
  • 6. Université Paris Cité
  • 7. French National Centre for Scientific Research
  • 8. University of KwaZulu-Natal
  • 9. Stellenbosch University
  • 10. Yale University
  • 11. Imperial College London
  • 12. Google (United States)
  • 13. BlueDot (Canada)
  • 14. University of Toronto
  • 15. Public Health Wales
  • 16. Genomics (United Kingdom)
  • 17. Cardiff University
  • 18. Quadram Institute
  • 19. University of Birmingham
  • 20. Institut Pierre Louis d'Épidémiologie et de Santé Publique
  • 21. Inserm
  • 22. Sorbonne Université
  • 23. Tulane University
  • 24. Universidad San Francisco de Quito
  • 25. Université Libre de Bruxelles
  • 26. Rega Institute for Medical Research
  • 27. KU Leuven
  • 28. Royal Veterinary College
  • 29. University of California, Los Angeles

Description

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) variants of concern (VOCs) now arise in the context of heterogeneous human connectivity and population immunity. Through a large-scale phylodynamic analysis of 115,622 Omicron BA.1 genomes, we identified >6,000 introductions of the antigenically distinct VOC into England and analyzed their local transmission and dispersal history. We find that six of the eight largest English Omicron lineages were already transmitting when Omicron was first reported in southern Africa (22 November 2021). Multiple datasets show that importation of Omicron continued despite subsequent restrictions on travel from southern Africa as a result of export from well-connected secondary locations. Initiation and dispersal of Omicron transmission lineages in England was a two-stage process that can be explained by models of the country's human geography and hierarchical travel network. Our results enable a comparison of the processes that drive the invasion of Omicron and other VOCs across multiple spatial scales.

⚠️ This is an automatic machine translation with an accuracy of 90-95%

Translated Description (Arabic)

تنشأ الآن المتغيرات المثيرة للقلق (VOCs) للمتلازمة التنفسية الحادة الوخيمة التاجية 2 (SARS - CoV -2) في سياق الاتصال البشري غير المتجانس ومناعة السكان. من خلال تحليل ديناميكي سلالي واسع النطاق لجينوم أوميكرون BA.1 البالغ 115,622، حددنا أكثر من 6000 إدخال للمركبات العضوية المتطايرة المتميزة مولدياً في إنجلترا وحللنا تاريخ انتقالها وانتشارها المحلي. نجد أن ستة من أكبر ثماني سلالات أوميكرون الإنجليزية كانت تنتقل بالفعل عندما تم الإبلاغ عن أوميكرون لأول مرة في الجنوب الأفريقي (22 نوفمبر 2021). تُظهر مجموعات البيانات المتعددة أن استيراد أوميكرون استمر على الرغم من القيود اللاحقة على السفر من جنوب إفريقيا نتيجة للتصدير من مواقع ثانوية متصلة جيدًا. كان بدء وتشتيت سلالات نقل أوميكرون في إنجلترا عملية من مرحلتين يمكن تفسيرها بنماذج الجغرافيا البشرية للبلاد وشبكة السفر الهرمية. تتيح نتائجنا مقارنة العمليات التي تدفع غزو أوميكرون والمركبات العضوية المتطايرة الأخرى عبر نطاقات مكانية متعددة.

Translated Description (French)

Des variantes préoccupantes (COV) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) apparaissent maintenant dans le contexte de la connectivité humaine hétérogène et de l'immunité de la population. Grâce à une analyse phylodynamique à grande échelle de 115 622 génomes d'Omicron BA.1, nous avons identifié plus de 6 000 introductions de COV antigéniquement distincts en Angleterre et analysé leur histoire locale de transmission et de dispersion. Nous constatons que six des huit plus grandes lignées anglaises d'Omicron transmettaient déjà lorsque Omicron a été signalé pour la première fois en Afrique australe (22 novembre 2021). Plusieurs ensembles de données montrent que l'importation d'Omicron s'est poursuivie malgré les restrictions ultérieures sur les voyages en provenance d'Afrique australe en raison de l'exportation à partir d'emplacements secondaires bien connectés. L'initiation et la dispersion des lignées de transmission Omicron en Angleterre ont été un processus en deux étapes qui peut être expliqué par des modèles de géographie humaine et de réseau de voyage hiérarchique du pays. Nos résultats permettent une comparaison des processus qui conduisent à l'invasion d'Omicron et d'autres COV à travers de multiples échelles spatiales.

Translated Description (Spanish)

Las variantes de preocupación (COV) del coronavirus 2 del síndrome respiratorio agudo grave (SARS-CoV-2) ahora surgen en el contexto de la conectividad humana heterogénea y la inmunidad de la población. A través de un análisis filodinámico a gran escala de 115.622 genomas de Omicron BA.1, identificamos >6.000 introducciones de los COV antigénicamente distintos en Inglaterra y analizamos su historial de transmisión y dispersión local. Encontramos que seis de los ocho linajes Omicron ingleses más grandes ya estaban transmitiendo cuando se informó por primera vez de Omicron en el sur de África (22 de noviembre de 2021). Múltiples conjuntos de datos muestran que la importación de Omicron continuó a pesar de las restricciones posteriores a los viajes desde el sur de África como resultado de la exportación desde ubicaciones secundarias bien conectadas. La iniciación y dispersión de los linajes de transmisión ómicron en Inglaterra fue un proceso de dos etapas que puede explicarse mediante modelos de la geografía humana del país y la red jerárquica de viajes. Nuestros resultados permiten una comparación de los procesos que impulsan la invasión de Omicron y otros COV en múltiples escalas espaciales.

Files

2023-05-04_Omicron_BA1.pdf.pdf

Files (2.6 MB)

⚠️ Please wait a few minutes before your translated files are ready ⚠️ Note: Some files might be protected thus translations might not work.
Name Size Download all
md5:cecfeb61437fc37ecc108040a7bca81b
2.6 MB
Preview Download

Additional details

Additional titles

Translated title (Arabic)
التقييم الجيني لديناميكيات غزو فيروس كورونا 2 المرتبط بمتلازمة الجهاز التنفسي الحادة الوخيمة أوميكرون BA.1
Translated title (French)
Évaluation génomique de la dynamique d'invasion du SARS-CoV-2 Omicron BA.1
Translated title (Spanish)
Evaluación genómica de la dinámica de invasión del SARS-CoV-2 Omicron BA.1

Identifiers

Other
https://openalex.org/W4384926396
DOI
10.1126/science.adg6605

Is supplement to
https://openalex.org/W4388363453 (Other)
https://openalex.org/W4377164308 (Other)
https://openalex.org/W3112881275 (Other)
https://openalex.org/W2896271600 (Other)
https://openalex.org/W2835754784 (Other)
https://openalex.org/W2745540247 (Other)
https://openalex.org/W2001207513 (Other)
https://openalex.org/W1998440774 (Other)
https://openalex.org/W1974204627 (Other)
https://openalex.org/W1972293988 (Other)

GreSIS Basics Section

Is Global South Knowledge
Yes
Country
Ecuador

References

  • https://openalex.org/W1743429370
  • https://openalex.org/W1964558588
  • https://openalex.org/W1991288592
  • https://openalex.org/W2098232873
  • https://openalex.org/W2124209874
  • https://openalex.org/W2139166200
  • https://openalex.org/W2140763962
  • https://openalex.org/W2156537900
  • https://openalex.org/W2566415269
  • https://openalex.org/W2586060375
  • https://openalex.org/W2605343262
  • https://openalex.org/W2801159594
  • https://openalex.org/W2807308836
  • https://openalex.org/W2911964244
  • https://openalex.org/W2923908630
  • https://openalex.org/W2951878836
  • https://openalex.org/W2969476445
  • https://openalex.org/W3005235420
  • https://openalex.org/W3013594674
  • https://openalex.org/W3014086881
  • https://openalex.org/W3024290817
  • https://openalex.org/W3030389200
  • https://openalex.org/W3031432927
  • https://openalex.org/W3033301286
  • https://openalex.org/W3043124965
  • https://openalex.org/W3092541222
  • https://openalex.org/W3119321472
  • https://openalex.org/W3121139527
  • https://openalex.org/W3136588845
  • https://openalex.org/W3158882006
  • https://openalex.org/W3160568774
  • https://openalex.org/W3176596141
  • https://openalex.org/W3183741867
  • https://openalex.org/W3204344076
  • https://openalex.org/W3210167380
  • https://openalex.org/W3215284766
  • https://openalex.org/W4200322511
  • https://openalex.org/W4206109384
  • https://openalex.org/W4206693794
  • https://openalex.org/W4210308999
  • https://openalex.org/W4210588460
  • https://openalex.org/W4214655580
  • https://openalex.org/W4220673385
  • https://openalex.org/W4220868760
  • https://openalex.org/W4220987557
  • https://openalex.org/W4225590988
  • https://openalex.org/W4225691034
  • https://openalex.org/W4226356622
  • https://openalex.org/W4233413206
  • https://openalex.org/W4281392549
  • https://openalex.org/W4283321093
  • https://openalex.org/W4284886202
  • https://openalex.org/W4288420760
  • https://openalex.org/W4289550427
  • https://openalex.org/W4291016546
  • https://openalex.org/W4293116279
  • https://openalex.org/W4294057178
  • https://openalex.org/W4296831823
  • https://openalex.org/W4309194291
  • https://openalex.org/W4309338001
  • https://openalex.org/W4315628741
  • https://openalex.org/W4321019564
  • https://openalex.org/W4379615702
  • https://openalex.org/W4382318764